在交易規則上，除上市首日增加停牌指標外，創業板與主板相同。當創業板股票上市首日盤中成交價格較當日開盤價首次上漲或下跌達到或超過20%時，深交所可對該股實施臨時停牌30分鐘；首次上漲或下跌達到或超過50%時，深交所可對其實施臨時停牌30分鐘；首次上漲或下跌達到或超過80%時，深交所可對其實施臨時停牌至14時57分。臨時停牌期間，投資者可以繼續申報，也可以撤銷申報。股票臨時停牌至或跨越14時57分的，深交所將於14時57分將其復牌並對停牌期間已接受的申報進行復牌集合競價，然後進行收盤集合競價。
另外在停牌制度方面，相對主板，創業板主要在三方面加以改進：壹是披露年度報告、業績預告等重大事項不實行壹小時例行停牌；二是出現異常情況如預計重大事項策劃階段不能保密、市場有傳聞且出現股價異動的情況等，公司可主動提出停牌申請或由深交所直接實施盤中停牌；三是長期停牌公司每5個交易日必須披露停牌原因及相應進展情況