我國股市現在實行的是核準制，核準制是指發行人在發行股票時，不僅要充分公開企業的真實狀況，而且還必須符合有關法律和證券管理機關規定的必備條件，還對發行人是否符合發行條件進行實質審核。作為兩種完全不同的證券發行監管制度，註冊制與核準制從理念、實施效果、具體操作等層面皆有所區別，各有利弊。那註冊制與核準制有哪些區別呢？
1、二者理念不同
註冊制和核準制作為兩種不同的證券發行監管制度，反映了不同的政府監管理念，實質就是政府在證券發行過程中到底應該扮演什麽樣的角色、發揮怎樣的作用。在核準制看來，無論是證券發行者還是投資人都是有優劣之分的，不是所有人都有能力做出準確判斷，因此需要政府進行裁決;而在註冊制的支持者看來，在既定的制度下，只要個人和企業都具有完全的信息，也具有完全的理性，個人追求效用最大化，企業追求利潤最大化，各種稀缺的資源在競爭中可以達到均衡狀態。但無論是個人還是企業的理性同時也都是有限的，有限理性意味著沒有人能夠預見競爭市場中誰優誰劣，也就是說，在市場中證券的發行人與投資者處於平等對稱的位置，沒有人有資格對其優劣做出評判，包括政府。註冊制下，政府不通過對證券質量的審查來決定是否批準證券發行，而是要求證券發行人提供全面的信息，由投資者自己來判斷證券發行人及其發行的證券是否具有投資價值。這種理念充分尊重市場經濟的自由、市場主體行為的自主、監管部門的規範與效率。
2、二者實施效果不同
註冊制與核準制各有優劣，這也是二者長期並存的根源。註冊制的優點在於：對證券發行者而言，所有有發行證券意願的公司可以公平地獲得發行證券的機會;對證券監管部門而言，形式審查縮短了證券審核和發行的時間，提高了監管部門的效率，降低了制度運行成本;對投資者而言，把證券的發行交由市場來選擇有助於市場機制的培育和成熟，培養和提高投資者接受信息能力和理性投資能力，投資者的成熟理性是證券市場理性的根本所在。
核準制的優點在於：由於政府部門對證券市場的實質性監管，可以在壹定程度上克服市場失靈，阻止經營管理不善的垃圾股票發行上市，並可通過發行證券實現產業傾斜，從而實現國家對經濟的宏觀調控。在市場經濟發展初期，這種做法有助於穩定證券市場秩序，保障投資者利益。但是，政府進行實質性審核的缺點在於政府的理性也是有限的，存在監管失靈情形。姑且不論這種審核需要的技術性與專業性，即便不存在任何可以避免的失誤，自由市場意味著不同個體對市場做出自己的主觀判斷，個體判斷的差異性也正是自由市場值得向往的原因，因為自由的市場能夠為個體充分展現自己全部的可能性提供足夠的空間。在這個意義上，如果認為政府能夠代替所有人思考判斷就是對自由市場的否定。既然不當審核確實無法避免，而其結果可能是導致壹些合格甚至優秀公司無法正常和公平地從證券市場籌資，也會讓壹些劣質公司進入市場，損害投資者利益和社會整體福利。另外，對投資者而言，政府對證券發行進行實質性的審核相當於政府對發行證券的隱形擔保和背書，使投資者習慣性地形成投資判斷依賴，在投資時容易受政府行為的影響，不進行審慎、獨立的判斷，難以建立自己的投資判斷和責任意識。壹旦政府審查有誤，投資人難免蒙受損失。
3、二者具體操作不同
由於理念不同、特征不同，註冊制與核準制在法律基礎、市場結構、監管方式、審核機構、審核內容等方面都有所區別。