甘肅莫高實業發展股份有限公司前身為甘肅飲馬啤酒原料股份有限公司，經甘肅省人民政府以甘政函[1995]29 號文批準於1995 年12 月29 日成立的, 股本為1500 萬元。1998 年3月30日，經甘肅省人民政府甘政函[1998]20 號文件批準，本公司股本增至2100 萬元，新增股本600 萬元，全部以貨幣資金投入，按1 :1 的比例折股。 1999 年12 月18 日，經甘肅省人民政府甘政函[1999]123 號文件批準，公司股本增至8240萬元，新增股本6140 萬元。全部由新增股東投入，其中甘肅黃羊河農工商(集團)有限責任公司以經評估確認後的部分凈資產5145.70 萬元按1.36:1的比例折股3769 萬股，占變更後股份總額的45.74 %；甘肅省國營八壹農場以經評估確認後的部分凈資產1918.55 萬元按1.36:1 的比例折股1410 萬股，占變更後股份總額的17.11%；
甘肅省國營祁連山制藥廠以經評估確認後的部分凈資產982 萬元按1.36:1 的比例折股721 萬股，占變更後股份總額的8.75%；其他股東以貨幣資金投資326.40 萬元，按1.36:1的比例折股240 萬股,占變更後股份總額的2.91%。(增資擴股時，本公司資產經甘肅弘信會計師事務所甘弘會評字(1999)第035 號評估報告評估，經評估確認後的每股凈資產為1.36 元,故各股東新投入資本均按1.36 :1 的比例折股。)本公司股東甘肅省飲馬實業公司收購原發起設立時其余四家股東的股權後持股2100 萬股，占變更後股份總額的25.49%。公司增資後，於1999 年12月22日更名為甘肅莫高實業發展股份有限公司,領取6200001050045 號企業法人營業執照，股本為人民幣8240 萬元。
2004 年3月9日，根據2000年度股東大會決議和修改後章程的規定並經中國證監會證監發行字[2004]5 號文核準，公司以全部向二級市場投資者定價配售的方式成功發行了5600 萬股人民幣普通股(A 股)，每股面值1 元，發行價格 5.68 元。變更後本公司註冊資本為13840 萬元，截至2004 年4月12 日止本公司已辦理完工商變更登記，領取6200001050045(2－2)號企業法人營業執照。2004 年3 月 24 日，經上海證券交易所上證上字[2004]25 號《關於甘肅莫高實業發展股份有限公司人民幣普通股股票上市交易的通知》的批準，本公司5600 萬股社會公眾股在上海證券交易所上市交易。 根據2007 年12 月19 日召開的第五屆董事會第六次會議及2007 年第二次臨時股東大會決議，公司擬向特定對象非公開發行股票，發行數量為3,000 萬股--4,000 萬股，向單個投資者發行股票的數量不超過800 萬股，募集資金主要用途為莫高國際酒莊項目、葡萄酒營銷網絡建設項目及新增2 萬畝釀酒葡萄基地及榨汁發酵站項目。2008 年4月28 日經中國證券監督管理委員會證監發行2008735 號文核準公司委托首發證券有限責任公司非公開發行A 股股票不超過4,000萬股。
公司於2008 年6月26日向江西省嘉園投資管理有限公司、江西國際信托投資股份有限公司、華寶信托投資有限責任公司、中融國際信托有限公司、三亞中海灣房地產開發有限公司、吳榮荃、王毅發行40 00 萬股人民普通股(A股)。發行後，公司總股本變更為178,400,000 元。2008 年7 月1 8 日，本公司領取620000000004866(2-2)號企業法人營業執照。公司結構：本公司所屬的分公司有六家，包括甘肅莫高實業發展股份有限公司生態農業示範種植園區、甘肅莫高實業發展股份有限公司黃羊河貿易分公司、甘肅莫高實業發展股份有限公司祁連山制藥廠、甘肅莫高實業發展股份有限公司飲馬麥芽廠、甘肅莫高實業發展股份有限公司金昌麥芽廠、甘肅莫高實業發展股份有限公司葡萄酒廠；本公司的控股子公司包括甘肅中農草業科技有限公司、蘭州同漢物業管理有限公司、甘肅莫高國際酒莊有限公司、武威莫高葡萄酒銷售有限公司和甘肅莫高文化傳播有限公司。