電子前線基金會由約翰·佩裏·巴洛和米奇·卡普爾於1990年7月成立。1990年初，執法機構的壹些行為，促使他們成立這樣壹個組織。因為當局對網絡通訊的新形式嚴重無知，而保護互聯網公民自由的這壹需要卻不斷增加。
1990年4月，巴洛受到美國聯邦調查局有關Macintosh系列ROM源代碼盜竊和分發的調查。巴洛將這次來訪描述為“由於聯邦調查機構對計算機技術的不熟悉使得事件復雜化了。我立刻意識到，在我能證明我的清白之前，我必須首先向他解釋什麽才是犯罪。”巴洛感覺到，這次事件帶給他的教訓是“當政府處在壹個認知混亂的時期，個人的自由將收到威脅”。
巴洛將這壹段經歷發給了THE WELL在線社區 ，曾碰到過類似經歷的米奇·卡普爾和他進行了聯絡。兩人壹致認為，有必要在互聯網上保護公民自由。卡普爾同意為這樣的辯護提供資助，這兩個人聯系了紐約律師Rabinowitz、Boudin、Standard、Krinsky和Lieberman，為那些來自Harper 雜誌論壇的計算機黑客和曾成為特勤局目標的那些人辯護。這產生了大量的宣傳，約翰吉·爾摩和史蒂夫·沃茲尼亞克為這個組織提供財政支持。巴洛和卡普爾繼續研究政府和技術之間的沖突，並在1990年6月巴洛公布了在當時網上極有影響力的文章，題為“罪與罰”。在這篇文章中，巴洛宣布，他和卡普爾計劃創建壹個組織“為教育、遊說和訴訟與網上言論相關的領域以及關於憲法進入網絡空間的擴充籌集和支付經費。
這篇文章為巴洛和卡普爾帶來更多的反應和支持。當年6月下旬，巴洛主持了計算機行業的那些主要人物在舊金山的晚餐，並為這些明顯的威脅制定了壹項協調壹致的回應。巴洛認為：“在美國聯邦調查局和特勤處的行動是壹個日益嚴重的社會危機出現的癥狀：未來的沖擊。美國正進入對信息傳遞本身沒有法律保護的信息時代。”巴洛認為，面對這些需要壹個正式的組織，並聘請了凱西·庫克為新聞協調員，並開始創建後來的電子前線基金會。
電子前線基金會，由卡普爾、約翰吉爾摩和巴洛，正式成立於1990年7月10日。初始資金由卡普爾，史蒂夫·沃茲尼亞克和壹個匿名人士提供。
1990年，邁克·戈德溫成為加入該組織的第壹個律師。接著於1991年加入Esther Dyson和傑裏·伯曼成為了電子前線基金會的董事。到1992年，克裏夫菲·加洛成為電子前線基金會劍橋分會的新董事，傑裏·伯曼於1992年12月成為代理執行主席。 該組織的成立是由美國特勤局在1990年年初對史蒂夫·傑克遜遊戲公司執行大規模搜查和扣押這壹事件促發的。在當時，作為邦州聯合的Operation Sundevil行動的壹部分，沒有法律支持的突然搜查在美國到處可見，然而，史蒂夫傑克遜遊戲公司案例，成為電子前線基金會的第壹個引人註目的案件，成為電子前線基金會開始推動計算機和互聯網公民自由的主要著力點。1993年，他們的辦公室搬到華盛頓區，同年出版了題為“互聯網指南”，並提供免費下載。
電子前線基金會的第二大案件是由Cindy Cohn主導的伯恩斯坦訴美國政府 。程序員兼教授丹尼爾·伯恩斯坦起訴政府許可分發他的加密軟件，Snuffle，而且提供了描述該軟件的文件。最近，該組織壹直致力於為Edward Felten，Jon Lech Johansen和Dmitry Sklyarov辯護。 電子前線基金會設置了兩個獎項，推廣符合其宗旨和目標的工作：
電子前線基金會先鋒獎，每年頒發壹次，以表揚在其個人“拓展了電子前哨的自由和創新”。2009年，獲此殊榮的是Limor Fried ， Harri Hursti和Carl Malamud。
電子前線基金會參與設置的計算獎項，旨在“鼓勵普通互聯網用戶幫助解決巨大的科學問題”，獎勵第壹個個人或團體發現了壹個具有重大意義的十進制編號的素數。該獎項的經費由匿名人士或團體提供。該獎項是：
1，5萬美元，第壹個人或團體發現至少有壹百萬個十進制數字組成的質數-頒獎於2000年4月6日。
2，10萬美元，第壹個人或團體發現至少有壹千萬個十進制數字組成的質數-頒獎於2009年10月14日。
3，15萬美元，第壹個人或團體誰發現至少有1億個十進制數字組成的質數。
4，25萬美元第壹個人或團體誰發現至少有10億個十進制數字組成的質數。 該基金會收到來自其董事會成員約翰·巴克曼（主席），帕米拉·薩繆爾森 （副主席），約翰·佩裏·巴洛，Lorrie Cranor，戴維·J·伯，愛德華·費爾頓，約翰·吉爾摩，布魯斯特·卡爾，喬·克勞斯和Brad Templeton的支持。該組織經常收到來自其他人的無償援助，如來自教授Eben Moglen法律援助。
在2004年2月18日，電子前線基金會宣布，它已收到了倫納德·朱布科夫地產商120萬美元的捐贈。它將使用100萬美元為數字公民自由成立電子前線基金會捐贈基金。
慈善導航為電子前線基金會的財政效率和能力給出了最高四星級的打分