該制度分為總則、財務管理制度、預算管理、收入管理、支出管理、結轉和結余管理、專項資金管理、資產管理、負債管理、成本費用管理、財務清算、財務報告和財務分析、財務監督、附則，共14章76條，2013至1。1997年6月23日財政部、原國家教委頒布的《高等學校財務制度》同時廢止。
通則
第壹條為進壹步規範高等學校財務行為，加強財務管理和監督，提高資金使用效益，促進高等教育健康發展，根據《事業單位財務規則》(財政部令第68號)和國家有關法律制度，結合高等學校特點，制定本制度。
第二條本制度適用於各級人民政府舉辦的全日制普通高等學校和成人高等學校(以下簡稱高等學校)。其他社會組織和個人舉辦的上述學校可參照本制度執行。
第三條高等學校財務管理的基本原則是:執行國家有關法律、法規和財務規章制度；堅持勤儉辦學的方針；正確處理事業發展需要與資金供給的關系，社會效益與經濟效益的關系，國家、學校和個人利益的關系。
第四條高等學校財務管理的主要任務是:合理編制學校預算，有效控制預算執行，完整準確地編制學校決算，真實反映學校財務狀況；依法多渠道籌集資金，努力節約開支；建立健全學校財務制度，加強經濟核算，實施績效評價，提高資金使用效率；加強資產管理，真實完整地反映資產使用情況，合理配置和有效使用資產，防止資產流失；加強對學校經濟活動的財務控制和監督，防範財務風險。