盡管基金本身有壹定的風險防禦能力，但對證券市場的整體系統性風險也難以完全避免。這類風險主要包括：
壹是政策風險。主要是指因財政政策、貨幣政策、產業政策、地區發展政策等國家宏觀政策發生明顯變化，導致基金市場大幅波動，影響基金收益而產生的風險。
二是經濟周期風險。指隨著經濟運行的周期性變化，證券市場的收益水平呈周期性變化，基金投資的收益水平也會隨之變化。
三是利率風險。金融市場利率的波動會導致證券市場價格和收益率的變動。基金投資於債券和股票，其收益水平會受到利率變化的影響。
四是通貨膨脹風險。如果發生通貨膨脹，基金投資於證券所獲得的收益可能會被通貨膨脹抵消，從而影響基金資產的保值增值。
五是流動性風險。基金投資組合中的股票和債券會因各種原因面臨較高的流動性風險，使證券交易的執行難度提高，買入成本或變現成本增加。 非系統性風險主要包括：
壹是上市公司經營風險。如果基金公司所投資的上市公司經營不善，其股票價格可能下跌，或者能夠用於分配的利潤減少，使基金投資收益下降。
二是操作風險和技術風險。基金的相關當事人在各業務環節的操作過程中，可能因內部控制不到位或者人為因素造成操作失誤或違反操作規程而引發風險。此外，在開放式基金的後臺運作中，可能因為系統的技術故障或者差錯而影響交易的正常進行甚至導致基金份額持有人利益受到影響。
三是基金未知價的風險。投資者購買基金後，如果正值證券市場的階段性調整行情，由於投資者對價格變動的難以預測性，投資者將會面臨購買基金被套牢的風險。
四是管理和運作風險。基金管理人的專業技能、研究能力及投資管理水平直接影響到其對信息的占有、分析和對經濟形勢、證券價格走勢的判斷，進而影響基金的投資收益水平。
五是信用風險。即基金在交易過程中可能發生交收違約或者所投資債券的發行人違約、拒絕支付到期本息等情況，從而導致基金資產損失。