中央財政將國家自然科學基金的經費列入預算。第四條 國家自然科學基金資助工作遵循公開、公平、公正的原則，實行尊重科學、發揚民主、提倡競爭、促進合作、激勵創新、引領未來的方針。第五條 確定國家自然科學基金資助項目（以下簡稱基金資助項目），應當充分發揮專家的作用，采取宏觀引導、自主申請、平等競爭、同行評審、擇優支持的機制。第六條 國務院自然科學基金管理機構（以下簡稱基金管理機構）負責管理國家自然科學基金，監督基金資助項目的實施。
國務院科學技術主管部門對國家自然科學基金工作依法進行宏觀管理、統籌協調。國務院財政部門依法對國家自然科學基金的預算、財務進行管理和監督。審計機關依法對國家自然科學基金的使用與管理進行監督。第二章 組織與規劃第七條 基金管理機構應當根據國民經濟和社會發展規劃、科學技術發展規劃以及科學技術發展狀況，制定基金發展規劃和年度基金項目指南。基金發展規劃應當明確優先發展的領域，年度基金項目指南應當規定優先支持的項目範圍。國家自然科學基金應當設立專項資金，用於培養青年科學技術人才。
基金管理機構制定基金發展規劃和年度基金項目指南，應當廣泛聽取高等學校、科學研究機構、學術團體和有關國家機關、企業的意見，組織有關專家進行科學論證。年度基金項目指南應當在受理基金資助項目申請起始之日30日前公布。第八條 中華人民***和國境內的高等學校、科學研究機構和其他具有獨立法人資格、開展基礎研究的公益性機構，可以在基金管理機構註冊為依托單位。
本條例施行前的依托單位要求註冊為依托單位的，基金管理機構應當予以註冊。
基金管理機構應當公布註冊的依托單位名稱。第九條 依托單位在基金資助管理工作中履行下列職責：
（壹）組織申請人申請國家自然科學基金資助；
（二）審核申請人或者項目負責人所提交材料的真實性；
（三）提供基金資助項目實施的條件，保障項目負責人和參與者實施基金資助項目的時間；
（四）跟蹤基金資助項目的實施，監督基金資助經費的使用；
（五）配合基金管理機構對基金資助項目的實施進行監督、檢查。
基金管理機構對依托單位的基金資助管理工作進行指導、監督。第三章 申請與評審第十條 依托單位的科學技術人員具備下列條件的，可以申請國家自然科學基金資助：
（壹）具有承擔基礎研究課題或者其他從事基礎研究的經歷；
（二）具有高級專業技術職務（職稱）或者具有博士學位，或者有2名與其研究領域相同、具有高級專業技術職務（職稱）的科學技術人員推薦。
從事基礎研究的科學技術人員具備前款規定的條件、無工作單位或者所在單位不是依托單位的，經與在基金管理機構註冊的依托單位協商，並取得該依托單位的同意，可以依照本條例規定申請國家自然科學基金資助。依托單位應當將其視為本單位科學技術人員，依照本條例規定實施有效管理。
申請人應當是申請基金資助項目的負責人。第十壹條 申請人申請國家自然科學基金資助，應當以年度基金項目指南為基礎確定研究項目，在規定期限內通過依托單位向基金管理機構提出書面申請。
申請人申請國家自然科學基金資助，應當提交證明申請人符合本條例第十條規定條件的材料；年度基金項目指南對申請人有特殊要求的，申請人還應當提交符合該要求的證明材料。
申請人申請基金資助的項目研究內容已獲得其他資助的，應當在申請材料中說明資助情況。申請人應當對所提交申請材料的真實性負責。第十二條 基金管理機構應當自基金資助項目申請截止之日起45日內，完成對申請材料的初步審查。符合本條例規定的，予以受理，並公布申請人基本情況和依托單位名稱、申請基金資助項目名稱。有下列情形之壹的，不予受理，通過依托單位書面通知申請人，並說明理由：
（壹）申請人不符合本條例規定條件的；
（二）申請材料不符合年度基金項目指南要求的；
（三）申請人申請基金資助項目超過基金管理機構規定的數量的。