承擔的項目1993.3— 1994.7，參加自然科學基金重大項目： 中國主要瀕危植物保護生物學研究
1994.9— 1997.7，參加國家科委攀登項目“毛烏素沙地生物多樣性的生態學保護”及中國科學院”八五”基礎研究重點課題： 分子適應進化；
1997.9— 1999. 7，國家科委攀登課題“玉米C型細胞質雄性不育的分子基礎”；
1997.12—1999.12，九五國家重點科技項目（攻關）計劃“專題生物安全研究”， GEF項目“中國生物安全國家框架”；
2000.1—2002年3月，973項目“長江流域生物多樣性變化、可持續利用與區域生態安全”之“生物入侵的生態學效應與生態安全”課題中，“轉基因棉花對土壤根際微生物多樣性的影響及其生物安全”專題；
2002年4月—現在，主持中國科學院院長基金：轉基因及其表達產物在環境中的留存與轉移；
2003年1月—現在，主持自然科學基金面上項目；轉基因抗蟲棉花對害蟲天敵影響機理的研究。
國際合作與交流2000.5—2001.4，英國洛桑國際資助項目：轉基因抗蟲作物對非靶標生物體的影響；
2004年1月—2006年12月，主持自然科學基金面上項目“轉基因適合度代價的研究”
2004年1月—2007年12月，參加自然科學基金重點項目“西部高原植物克隆生活史的適應進化”並主持其課題之壹“青藏高原克隆植物的分子適應”
2004年10月—2006年10月，參加中國科學院知識創新方向性項目“轉基因油菜外源基因的逃逸及其適合度”並主持其中壹個課題“轉基因油菜基因流及轉基因適合度的研究”
2006年3月—現在，主持中法先進性計劃（PRA）合作項目 “轉基因油菜的基因流及其對生物多樣性影響的評價和模型管理”（中方負責人）
2006年9月—2007年8月，主持歐盟第六框架項目（Agro-folio）的中方工作內容
2006年12月—2008年11月，主持歐盟第六框架項目（DIVERSEEDS) 的中方工作內容
2007年1月—2009年12月，主持自然科學基金面上項目“種子大小對轉基因適合度的影響”
2008年7月—2010年12月，轉基因生物新品種培育科技重大專項“轉基因生物檢測和監測新技術”子專題“主要轉基因植物的光譜特征及其種植信息監測”。
2009年1月—2011年12月，主持中奧NSFC-FWF合作項目“中國和奧地利合成生物學生物安全和風險評價的合作研究”。
2009年1月—2013年12月，973項目“幹旱區鹽堿土碳過程與全球變化”專題“地下有機碳與無機碳轉化的微生物途徑與機制”。
2010年1月—2010年12月，主持自然科學基金面上項目“作物與野生近緣種基因漸滲的生態學後果”。