1979至今，任助理研究員、副研究員、研究員。在1981和1991分別以訪問學者和客座教授的身份訪問了德國聯邦輻射與環境研究中心和美國俄亥俄大學愛迪生動物生物技術研究所。現任中國科學院水生所學術委員會副主任、博士生導師。1991以來，兼職國際水生遺傳學會秘書長、國家自然科學基金終審專家、淡水生態與生物技術國家重點實驗室學術委員會副主任、農業部漁業局專家組顧問。
吳青江是國內外著名的魚類遺傳育種專家。在魚類遺傳育種、分類學和種群生態學三個重要領域做出了突出貢獻。特別是在魚類遺傳育種應用基礎研究方面取得了許多成果，取得了顯著的推廣應用效果。多次被國外學術機構邀請做學術報告。發表學術論文近百篇，其中16篇被SCI收錄。專著1部，參與撰寫和編輯專著4部。發明專利1。主持多項國家重點研究項目、“863”項目和國家自然科學基金、中科院及省重點項目，在鯉魚遺傳學、魚類孤雌生殖及快速繁殖技術、性別控制、人工多倍體育種技術等方面取得多項國際研究成果，為魚類育種開辟了新的技術途徑。
吳青江在魚類遺傳育種方面的科技成果主要包括:
1，鯉魚遺傳標記與種間雜種優勢利用。70年代初，他研究了鯉魚體色、漿片、蛋白質的遺傳，以及種間雜種優勢，選育出第壹代雜交種“豐鯉”，在國內率先將魚類種間雜種優勢應用於生產。為了保證雜種優勢的穩定性，防止可能的遺傳汙染，提出了隱性純合基因作為選擇和鑒定純系親本的遺傳標記，促進了我國魚類經濟雜交的研究和利用。“豐鯉”在全國23個省市推廣面積超過300萬畝，年產值超過8000萬元。該項目曾獲全國科技大會獎和中國科學院科技進步三等獎。
2.將人工孤雌生殖與性別控制相結合，建立魚類快速繁殖的生物工程新途徑。他在國內外首次完成了人工雌核發育與性別控制相結合的方法，並迅速建立了魚類純系的新途徑。他的相關論文分別比美國和西班牙同行發表的同類論文早半年和三年發表。在此基礎上，他培育了紅鯉8305新品系。利用免疫遺傳學、蛋白質位點多態性和分子生物學建立魚類品種鑒定技術。這種育種方法已成為國際水產動物育種的有效途徑，為大規模經濟魚類的快速繁殖奠定了堅實的基礎。研究成果獲國務院第三屆委員會首屆重點研究獎、中國科學院自然科學二等獎。
3.全雌鯉的培育與推廣。他研究了鯉魚的性別生長差異和性別決定機制，將人工雌核發育與性別控制相結合，培育出增產效果顯著的全雌鯉魚，建立了壹整套全雌魚生產技術。全雌鯉生長速度比普通雜交鯉快20%以上，已在全國19省市推廣，養殖面積超過50萬畝，是世界上首次將全雌鯉大規模應用於生產實踐的案例。該成果獲湖北省科技進步壹等獎、國家科技進步三等獎，並被國家科委確定為八五、九五重點推廣項目。這壹研究成果引起了國際同行的關註。美以聯合基金會計劃建立類似的科研項目，並特別邀請吳青江作為主要評審人。
4.提出魚類人工多倍體的壹些新論點，並應用於育種實踐。國際水產遺傳育種界普遍認為人工三倍體魚是不育的。然而，吳青江早在20世紀70年代末就提出了通過誘導人工雜交三倍體來防止雜種分離和退化的大膽設想。他通過大量實驗，提出了具有三套完整染色體的人工三倍體可能具有可育性的論點。經過10多年的反復實驗，發現人工三倍體鯉魚的部分雌卵能夠成熟，缺乏第壹次減數分裂。通過育種首次獲得了具有自然雌核發育特征的復合三倍體鯉魚孤雌生殖無性系。然後發現少數人工三倍體雌性的成熟卵核可以與近精子樣核融合，通過基因組疊加形成異源四倍體孤雌生殖克隆。這兩個克隆系統中的個體都是具有天然雌核發育能力的雌性，其雌核發育後代具有不分離的雌性父母的遺傳特征。提出了基因組重疊與魚類繁殖方式的關系，為低等脊椎動物的育種開辟了新的途徑，為國際水產遺傳育種做出了重大貢獻。他的研究成果獲得了中國科學院自然科學二等獎。
吳青江致力於魚類分類、種群生態學和種群遺傳學的研究，也取得了很大的成就。其科研成果獲國家自然科學獎二等獎。他不愧為著名的水產專家。
從65438到0992，吳青江享受國務院政府特殊津貼。同年被授予湖北省博士生導師、有突出貢獻中青年專家稱號。
他十分重視培養人才，關心學生，為國家培養了壹批高級科技人才。他的學生和碩士研究生有9人獲得博士學位，其中2人獲得中科院院長獎，分別獲得1地奧壹等獎，1名研究員晉升，7人晉升副教授或副研究員。
2001，中國科學院水生生物研究所強烈推薦吳青江為中國工程院院士候選人。
雖然吳青江已經六十多歲了，但他仍然戰鬥在中國水上生活的第壹線，竭盡全力為祖國和人類做貢獻。