合夥企業股權轉讓由合夥人分別繳納個人所得稅。
截止2019年2月，《國家稅務總局關於切實加強高收入者個人所得稅征管的通知》規定：
對個人獨資企業和合夥企業從事股權(票)、期貨、基金、債券、外匯、貴重金屬、資源開采權及其他投資品 交易取得的所得，應全部納入生產經營所得，依法征收個人所得稅。
《財政部國家稅務總局關於印發投資者征收個人所得稅的規定>的通知》規定：
個人獨資企業和合夥企業(以下簡稱企業)每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的"個體工商戶的生產經營所得"應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。?
按照上述文件的規定可以判定，合夥企業的股權轉讓所得屬於合夥企業的生產經營所得，依據合夥企業生產經營所得采取"先分後稅"的原則。
對於個人投資人，比照個人所得稅法的"個體工商戶的生產經營所得"應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅;對於法人企業投資者，應當按適用稅率繳納企業所得稅。
擴展資料
合夥企業的股息紅利所得如何納稅。
根據《 國家稅務總局關於個人獨資企業和合夥企業投資者征收個人所得稅的規定>執行口徑的通知》規定：
關於個人獨資企業和合夥企業對外投資分回利息、股息、紅利的征稅問題個人獨資企業和合夥企業對外投資分回的利息或者股息、紅利，不並入企業的收入，而應單獨作為投資者個人取得的利息、股息、紅利所得，按"利息、股息、紅利所得應稅項目計算繳納個人所得稅。?
以合夥企業名義對外投資分回利息或者股息、紅利的，應按《通知》所附規定的第五條精神確定各個投資者的利息、股息、紅利所得，分別按"利息、股息、紅利所得"應稅項目計算繳納個人所得稅。
根據《中華人民***和國個人所得稅法》第三條第五款規定：
特許權使用費所得，利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得，偶然所得和其他所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。 因此，自然人通過合夥企業持股時，從合夥企業投資的企業取得的股息紅利，適用個人所得稅率為20%.