南京中山植物園南園是新園區，於1999年起開始建設，按照景觀側重點分為11個區域：熱帶植物宮、禾草園、盲人植物園、紅楓崗景區、盆景園、薔薇園、藥物園、松柏園、樹木園、植物分類系統園、自然小徑-南京中山植物園自然教育區 ，收集活植物***3000余種。這11個區域均以展示植物景觀為主，兼顧科學普及和休閑遊覽的功能，南園於2007年國慶對外開放，命名為“江蘇省中國科學院植物研究所植物博覽園”。 名稱簡介圖片熱帶植物宮熱帶植物宮位於前湖西北部，面積10000平方米，其外型似三片晶瑩的綠葉從前湖升起，立在紫金山下。
熱帶植物宮分為3大展區，搜集珍奇植物2000余種，展出主題是“植物奇觀”和“植物與人類”。
第壹區為熱帶花果區，展示了與人類生活有密切關系的熱帶果樹、熱帶經濟植物和熱帶花卉。第二區為熱帶雨林植物區，遊客在這裏可看到“絞殺”、“獨木成林”、“板根”、“老莖開花、老莖結果”、“藤樹網纏”和“空中花園”等熱帶雨林中獨有的奇特景觀。第三區為幹旱、半幹旱熱帶植物區，其中有全國最大的肉質塊根植物睡布袋，有號稱“沙漠水塔”的澳洲特有植物瓶幹樹，有原產南非的珍稀植物龜甲龍和“擬態植物”生石花、肉錐花等。在這裏遊客可觀賞到來自世界各地的奇花異卉和不同氣候帶與生態區域的植物景觀。
熱帶植物宮不僅是植物資源研究實驗中心，也是青少年科普教育的重要基地和市民遊覽休閑的景點。禾草園禾草園位於南京中山植物園南園東側三角地位於新的主入口東側，占地20000平方米，收集禾本科100余屬400余種植物。分為四個區域：種質資源圃、華東鄉土植物展示區、植物功能展示區、景觀展示區。依照現有地形和禾本科的演化過程，依次種植竹亞科、稻亞科等8個亞科的主要代表種類，形象展示了禾本科的系統演化進程。該園配植有大樹和花灌木，是植物園禾草研究成果的展示基地和青少年的科普基地。
禾草園分為矮墻小院區、草坪休閑區和品種展示區三個主要部分。
1、矮墻小院區 。南園主入口處有壹組由石砌矮墻與綠籬圍合而成的小院落，其間並有木板平臺與水池等，各種觀賞草和地被植物以矮墻為背景、以花鏡的形式布置在院中。
2、草坪休閑區。位於禾草園的中部區域，盲人植物園東側。以大面積較為完整的草坪和樹姿優美的散置的喬木形成寧靜、安逸的疏林草地景觀。大草坪周圍安排較為密集的喬、灌、草立體配置樹叢及花鏡。
3、品種展示區 。禾草園的北部，集中展示國內外禾草植物100余種，以自然彎曲的小徑把展示區分為若幹小區，把草坪、牧草、經濟作物等不同種類的禾草植物分門別類予以安排，同時兼顧觀賞性及科學性。 盆景園盆景園占地面積6000平方米。該園利用植物園植物資源豐富，古樁、怪石眾多之優勢，將自然美與人工美融為壹體。園內收集樹樁、水石、水旱、花果和微型盆景等精品500余盆。 薔薇園薔薇園始建於1982年，1985年竣工，位於植物園南門右側，以收集月季為主，還種植了薔薇科其他植物及壹些著名的觀花植物，如梅花、玉蘭、迎春、月季、薔薇、杜鵑、山茶、牡丹、芍藥等。
在春夏季，各種花卉爭妍鬥艷，園中還築有220平方米的水池和90 平方米的回廊式棚架，池中種植了王蓮、睡蓮和黃菖蒲等水生觀賞植物。 藥物園藥物園占地面積20000平方米，收集藥用植物700余種，隸屬131科429屬。
薈萃了原產中國的特產中草藥小檗、喜樹、七葉樹、盾葉薯蕷、七葉壹枝花、黃連等。
園內按藥用部位及生態習性分為根及根莖藥區、花果及種子藥區、莖葉全草藥區、藤本藥區和陰性藥區，為紀念中國明朝本草學家李時珍，1983年在園中建立了壹座民族風格的建築物，名為時珍館。 松柏園松柏園占地70000平方米，收集了保存國內外松科、杉科、柏科等針葉樹119種。園中收集的松柏類植物豐富，有該園選育的中山柏、鉛筆柏、成片的水杉、池杉和落羽杉。
松柏園三面環山，林木密集，環境幽靜，空氣清新，並伴有鳥蟲、溪水，是適合進行健身鍛煉、森林浴的活動場所。 樹木園樹木園占地10萬余平方米，是中北亞熱帶樹木引種馴化的科研基地，保存華東地區露地生長的喬灌木樹種340種，主要有殼鬥科、樟科、冬青科、木蘭科和槭樹科等落葉和常綠闊葉樹。 另外，還有珍稀瀕危樹種標本區，保存種類約50余種，如寶華木蘭、銀鵲樹、秤錘樹、伯樂樹、香果樹等。 分類系統園分類系統園即植物分類系統園，占地面積60000平方米，選擇種植了華東地區可露地生長的種子植物300多種，隸屬85科204屬，依循Bessey分類系統，按照生態條件和園林布局種植， 是學生們了解植物分類和進化的活標本園，更是大專院校相關專業學生實習的基地，園中的代表性植物有香榧、金錢松、鐵杉、中國鵝掌楸、紅豆樹、日本木蘭、夏蠟梅等。 2009年以來，該園都在春季舉辦歐洲花卉展，數十萬株郁金香、風信子、洋水仙等名花佳卉。 自然小徑自然小徑是1999年6月新開放的景點，是自然教育小區的簡稱，是該園與英國合作建立的，位於南京中山植物園西北部紫金山南坡，占地15萬-20萬平方米，是壹個擁有多種生態環境的自然區域。
小區中有壹條自然小徑貫穿始終，其中設置了十個點，並根據需要設立了壹些必要的設施。來訪者在這裏可以認識壹些特色植物，觀察鳥類和昆蟲，在教師和導遊的指導下，捕撈小昆蟲，采集少量動植物標本，做遊戲，在此過程中了解壹些生態學的基本原理，學習壹些有關知識。
自然小徑特色在於景觀富於自然情趣，很少人工幹擾，並且為公眾，尤其是中小學生提供了壹個充分接觸和感受大自然，在自然環境中開展環境與生態知識教育的場所，幫助他們更好地認識和學習自然，進壹步激發其對大自然的熱愛以及更有效地培養他們的環保意識。 盲人植物園南京中山植物園內的盲人植物園是截至2009年5月，中國最大的盲人植物園，由南京中山植物園在南京愛德基金會、日本東京綠化中國基金會、省科委及華飛公司支持資助下興建，於1998年5月建成免費開放。
盲人植物園占地1公頃，園內種植的植物以及設施都充分考慮到盲人的需要。種植了壹些無毒，無刺，具有香氣，葉形奇特的植物，充分調動盲人的嗅覺、觸覺等感官。
園中部分植物還設置了語音提示系統，撳動按鈕，就可以聽到壹段關於該植物的講解錄音 。紅楓崗景區紅楓崗景區占地面積近30000平方米，遍植了20多種槭樹科的紅葉樹如雞爪槭、三角楓、建始槭、天目槭、羽毛楓，以及楓香、烏桕、鹽膚木、黃連木、杜英、紫薇、榆樹、櫸樹、山胡椒等各類色葉樹。 科普示範園科普示範園即青少年科普示範園，建成於2001年，位於南京中山植物園中水庫西北，占地55500平方米。
該園系專門為青少年設計和建立的專類園。其重要內容之壹是展示中小學生生物課本中涉及的重點科屬植物、其它代表性植物及有關知識點，為學校師生提供壹定的實踐場所和動手機會，讓學生更深入了解和掌握課堂中所學的生物知識，該園是青少年學習生物學及相關學科的園地，也是公眾及生物愛好者深入了解植物的示範園，該園分為苔蘚蕨類植物區、裸子植物區、農作物區、觀賞植物區、藥用植物區、果木區、藤本區等區域。