南先生以見地、修證與行願三大綱要來統貫全部佛法修證的理與事，且根據“體實非二，用固不壹”觀點，將大小乘各宗各派乃至外道宗派的教理和修證，都融入修證的三綱要之中，形成壹兼容並包的佛學思想體系。下分三部分略作介紹，限於智識及學歷，對南先生思想的曲解在所難免，望方家指正。
壹、事與理圓融無礙
中國佛教至唐代玄奘廣譯佛典，整個佛教界研習教理之風盛行，致使壹般佛子尋行數墨，皓首窮經，終生困於義理，泛海而忘歸，迷途而不返，於佛法修證，無半分相應。唐代中期以後，禪宗自南至北大行於世。禪宗自稱“教外別傳，不立文字，直指人心，見性成佛”，正是針對此種流弊而起的革命。宗下諸師多呵斥研習教理者，因為禪宗首重事人，以修證為上。若修行事至，自然能達理事圓通之境。
然而，後世參禪直求修證的人，多在意根下立定足根，於行證並不肯深入，卻又不肯印證，得少為足，便以為是，自鳴為高。而壹般研習教理而識見粗淺者，自己對教理未加修證體認，便說禪宗的明心見性是邪說。兩方各執壹端，割裂了理與事的關系，都犯了莫大的錯誤。及至當代，信仰佛教的僧俗四眾，亦多有人以修行相標榜，自是非他，尤其對壹般佛教學者，自感佛法在他們壹邊，而佛教學者則以修行的真實證明相發難。其結果是造成學、教兩界的隔閡，對佛教的未來發展至為不利。南懷瑾先生對佛法之理與事的基本看法對於各種偏執之見具有消解的作用。
南先生以為，壹切宗教、哲學、乃至科學等，其最高目的，都是為了追求人生和宇宙的真理。但真理必須是絕對的，真實不虛的，並且是可以由智慧而尋思求證得到的。[1]佛學就是這樣的真理。凡是佛學理論，有此理，就壹定有此事，是事理合壹的。[2]佛家所說的形而上和萬有世間的壹切認識與本體論，都可以從人人身心性命上去實驗證得，並且可以拿得出證據，不只是壹種思想論辯。[3]故南懷瑾經常強調，佛法實乃超科學、哲學之壹大實驗事。
既雲實驗，須有方法。佛法教人，由凡夫而至成佛，以教、理、行、果為其壹定次第。教須由多聞而堅此信，理須由思而解，行果須由修慧而證得。[4]故學佛行人，應取知行合壹，努力修證。而其入門方法，各宗雖有不同，“要皆以擇善而固執，由壹門而深人，莫非以定為柱杖，理人於事為梯航也。”[5]
然而，佛教高深形而上道的學理，以及切實修行求證的方法，隨著時代的演變，發展出許多宗教的形式，以及教條式重重束縛的教義。在這種情況下，擺脫了傳統限制的禪宗，脫穎而出，直接從純粹唯心——“心能轉物”的大前提中，求得大智慧的解脫，絕對自由自在的心證。唯有禪宗的精神和求證的方法，才真正能使人們擺脫物質欲望的困擾，達到精神心靈的真實升華。這對於今天人類被物質文明所困惑，理性被人欲所淹沒的世界，應該是壹絕妙的消炎劑、清涼藥。[6]南懷瑾更進壹步指出，今日的佛學已經不是停留在過去十九世紀的佛法與哲學的層面，已邁向佛學與科學結合的新趨勢。[7]論及如何學禪，他鮮明地提出：“科學時代要科學禪，要把心理分析得清清楚楚，今天科學愈發達，對我們學佛學道愈有幫助。這個時代的人修道，應該比過去的人容易才對，因為有許多科學的理論，給予事實上的幫助。”[8]可是壹般學佛之人，往往以佛學為高，對科學不能給予應有的重視，可悲可嘆!
概言之，佛教是壹種具有高深的哲學理論和科學實驗的宗教。它的哲學理論常常超出宗教範疇，它的科學的實證方法是從人生本位去證驗宇宙。它的哲學，是以科學為基礎，去否定狹義的宗教；它的科學，是用哲學的論據，去為宗教作證明。[9]佛教學者往往只註重佛教哲學理論的探究，而實證方面比較欠缺；佛教信仰者多為宗教情感所局限，雖意在修證，精神可嘉，而科學的精神和素養不足，在修證上終難有所作為，在科學發達的現時代，實不能讓人肅然起敬。針對目前情況，有識之士應當精研佛典，挖掘這壹科學的豐富寶藏，驗之於身心，以此為基來闡揚佛法的哲理，介紹其科學的修證方法，如此方可自立於天下，造福於人類。
二、見、修、行三位壹體
佛法之真理，可以而且必須由個人經真修實證而得。可以說，修證乃是佛法的真生命。然而今日之中國佛教，說理者多，修證者少，更由於修證的缺乏而產生許多歪曲的理論，這是壹種極其可怕，自毀教門的危機，應當切實修整觀念，急速自省自證[10]。若欲走修證之路，首先要發心，上求佛道，下化眾生，不證菩提，誓不退轉。故學佛乃大丈夫事，非帝王將相之所能為。其次當廓其胸襟，廣其識見，窮理於諸說，行腳遍天下，然後以教乘戒行，滋茂福德，使能自成法器。[11]
南懷瑾以見地、修證與行願三大綱要來統貫全部佛法修證的理與事。見地就是理；行願同修證是事，照佛學的成語來說，就是“事相”，以禪宗的講法，就是功用，普通叫作功夫。佛法是理事合壹的，故見、修、行三位壹體，缺壹不可。[12]
見地是中國的佛學觀念，禪宗稱“具見”，就是具備見解。[13]真正的見地，並不是普通的見解，而是見到了“道諦”，也稱“真諦”。真見到了道諦的話，後面的修證、行願就會成功。[14]所以，佛經只談見地的理，真正的見地到了，功夫壹定到。換言之，妳見地到了，功夫沒有到，那個見解不是真的見解。[15]
行願就是修正自己的心理行為。[16]修正心理，必須在心理的結使上下功夫。心理的結使解脫到什麽程度，就得什麽果位，果位的差別就在於此。[17]若以行願來講，“行”才是真見地，行不到，見地沒有用。[18]行到了，見地才會圓滿，修證功夫才會證果。古人證果的多，就是在行願。[19]所以，真正的修行是行願，就是徹底修正自己的心性行為，此即是做為壹個修行人至死不渝的生命主題，必須永遠追求達成的生命事業。[20]所謂“眾生業盡，我願未盡”正是菩薩行願的真實寫照。
佛法修證的三綱要與佛法所講的“三身成就”密切相關。永嘉禪師，把天臺宗與禪宗的精華加以綜合，明白的指出，由凡夫到成佛，壹定要修到“三身成就”——法身、報身、化身圓滿。三身之說，各經論解釋不壹。南懷瑾說，法身即法性身，乃佛與眾生宇宙萬有同壹之如來藏性(即本體)，證得法身，有斷德，能斷除壹切煩惱習氣。報身也叫自受用身，比如我們的身體，是法身因無明而轉化所生，是報身，[21]如果悟了道，就轉成自受用身，具有五種神通，智慧圓滿，有五種妙用。化身，順應所化眾生之機性而顯現之身，為壹切眾生化身千百億，教化度人。
南懷瑾認為，“見地到了就是法身；修證到了就是報身；行願到了就是化身。三身都在壹念之間。”[22]壹念回機，心能轉物，今生得以成辦此事，圓滿成就三身。然而，佛說由凡夫而至成佛，須經三大阿僧祗劫(極其久遠)，今生成佛都難做到，何以更說“三身都在壹念之間”呢?他解釋道：佛謂壹句彌陀，能滅八十億劫生死重罪。又常贊嘆定德，為功德叢林，能消多劫之業。經復雲“劫數無定。”又雲：地位互通，如“初地即通十地”。佛所說時間空間等法，皆為心法之所內涵。若心念專誠，立心向道，即生成辦之事，縱我不能，人或能之，安得以片概全乎![23]此“壹念之間”蓋指當下證悟如來藏真心，此心圓滿具足法、報、化三身。