1.海事局(交通運輸部海事局)履行水上交通安全監督管理、船舶及相關水上設施檢查登記、船舶汙染防治、海上保安等行政執法職責，海警履行海上維權執法職責，執行打擊海上違法犯罪活動、維護海上公共秩序和安全等任務。
2.中華人民共和國海事局和中國人民武裝警察部隊海警隊，簡稱中國海警局，統壹履行海上維權執法職責。它們是不同的職能機構，各自的船有不同的功能、定位和用途。海警:隸屬公安邊防職能:負責維護我國領海、毗連區乃至專屬經濟區的公共秩序。
中華人民共和國海事局(交通運輸部海事局)履行水上交通安全監督管理、船舶及相關水上設施檢驗登記、防治船舶汙染、海上保安等行政執法職責。主要職責如下:
1.制定並組織實施國家水上交通安全監督管理的方針、政策、法規、技術規範和標準，船舶及相關水上設施的檢驗和登記，船舶汙染防治和航行保障。
2、統壹管理水上交通安全和防治船舶汙染。
3、負責船舶和海上設施檢驗行業管理以及船舶適航和船舶技術管理；管理船舶和海上設施的法定檢驗和認證；審批船舶檢驗機構和驗船師的資格，負責監督管理外國船舶檢驗機構在中國設立代表機構；負責中國船舶的登記、發證、檢驗和出入境簽證；負責對進出我國國境和在我國港口、水域的外國船舶的監督管理；負責船舶保安和反海盜管理；負責載運危險貨物和其他貨物船舶的安全監管。
4、負責船員、引航員、磁羅經校正器適任培訓、考試、發證管理。
5.管理導航順序和導航環境。
6、負責海上保安工作。
7.組織實施國際海事條約；履行“船旗國”、“港口國”、“沿海國”的監督管理義務，依法維護國家主權；負責與海事業務相關的國際組織事務和國際合作與交流事宜。
8、組織編制全國海事系統中長期發展規劃和相關計劃；管理下屬單位的基建、財務、教育、科技、人事、勞動工資和精神文明建設；負責管理船舶噸稅、油汙損害賠償基金等相關工作；負責全國海事系統統計和行風建設。
9.承辦交通運輸部交辦的其他工作。
法律依據:
中華人民共和國海警法
第十壹條
海洋警察機構管轄區域應當根據海上執法需要合理劃定和調整，可以不受行政區劃限制。
海洋警察機構管轄區域的劃定和調整，應當及時向社會公布，並通報有關機關。
第十二條
海洋警察機構應當依法履行下列職責:
(壹)巡航、警戒、守衛我國管轄海域的重點島礁，保護海上邊界，防範、制止和消除危害國家主權、安全和海洋權益的行為；
(二)對重要海上目標和重大活動實施安保，采取必要措施保護專屬經濟區和大陸架內的重點島礁、人工島嶼、設施和結構的安全；
(三)實施海上治安管理，查處違反海上治安管理、出入境管理的行為，防範和應對海上恐怖活動，維護海上治安秩序；
(四)檢查涉嫌海上走私的運輸工具或者貨物、物品、人員，查處海上走私違法行為；
(五)對職責範圍內的海域使用、海島保護、無居民海島開發利用、海洋礦產資源勘探開發、海底電(光)纜管道鋪設和保護、海洋調查測量、海洋基礎測繪、涉外海洋科學研究等活動進行監督檢查，查處違法行為；
(六)監督檢查海洋工程建設項目、海洋傾倒廢棄物造成的海洋汙染損害、自然保護區向海岸線的保護和利用等活動，查處違法行為，按照規定權限參與海洋環境汙染事故的應急處置和調查處理；
(七)監督檢查機動漁船底拖網禁漁區和特定漁業資源漁場外側水域的漁業生產作業和海洋野生動物保護等活動，查處違法行為，依法組織或者參與海上漁業生產安全事故和漁業生產糾紛的調查處理；
(八)預防、制止和調查海上犯罪活動；
(九)按照國家有關職責分工處理海上突發事件；
(十)根據法律法規和我國締結、參加的國際條約，在我國管轄範圍以外的地區承擔相關執法任務；
(十壹)法律法規規定的其他職責。
中華人民共和國海域使用管理法
第七條
國務院海洋行政主管部門負責全國海域使用的監督管理。沿海縣級以上地方人民政府海洋行政主管部門根據授權，負責本行政區域毗鄰海域使用的監督管理。漁業行政主管部門依照《中華人民共和國漁業法》對海洋漁業進行監督管理。海事管理機構依照《中華人民共和國海上交通安全法》對海上交通安全實施監督管理。
中華人民共和國國際海運條例
第四條
國務院交通主管部門和有關地方人民政府依照本條例的規定，對國際海上運輸經營活動實施監督管理，對與國際海上運輸相關的輔助經營活動實施相關監督管理。