(1)辦公廳。
負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦信息、安全、信訪、政務公開工作；承辦財務、資產管理、內部審計等工作。
(2)政策研究室。
起草重要文件；組織研究經濟社會發展、改革開放和國際經濟的重大問題；承擔新聞發布和信息引導工作。
(3)發展規劃部。
提出國民經濟和社會發展戰略，規劃生產力布局，提出國民經濟和社會中長期發展、總量平衡和結構調整的目標和政策；組織編制國民經濟和社會發展中長期規劃、國家主體功能區規劃，並對規劃實施情況進行監測和評估；提出推進城鎮化的發展戰略和重大政策措施；協調經濟社會發展重大專項規劃和區域規劃。
(4)國民經濟綜合部。
監測分析宏觀經濟形勢和國際經濟發展變化，對宏觀經濟和社會發展進行預警；研究總量平衡，提出宏觀調控目標和運用各種經濟手段和政策的建議；開展宏觀調控政策評估；組織制定國民經濟和社會發展年度計劃；提出年度重要商品平衡的總目標和相關政策建議；提出國家重要物資儲備政策建議，制定和協調國家重要物資儲備計劃；組織研究提出國家經濟安全和整體產業安全的戰略和政策建議。
(5)經濟運行調節局。
監測經濟運行形勢，提出相關政策建議；協調解決經濟運行中的重大問題，組織煤、電、油、氣等重要物資的應急調度和運輸協調；組織應對重大突發事件，提出安排重要應急物資儲備和動用國家物資儲備的建議。
(6)綜合經濟體制改革司。
研究經濟體制改革和對外開放的重大問題，指導推進和綜合協調經濟體制改革；組織制定綜合性經濟體制改革方案；參與內部部門和有關方面擬定的專項經濟體制改革方案的研究和銜接，協調推進專項經濟體制改革；指導經濟體制改革試點和改革試驗區的工作；協調解決經濟體制改革過程中的重大問題。
(7)固定資產投資部。
監測和分析全社會固定資產投資形勢，制定全社會固定資產投資總規模和投資結構的調控目標、政策和措施；起草有關固定資產投資管理的法律法規；提出深化投資體制改革、修訂投資核準目錄的建議；安排中央財政建設資金，按照國務院規定的權限審查重大建設項目；引導工程咨詢業發展。
(八)利用外資和海外投資司。
綜合分析國際資本動向和利用外資及海外投資情況；提出利用外資和境外投資的戰略、規劃、總量平衡和結構優化目標和政策，協調有關重大政策；承擔全口徑外債總量控制、結構優化和監測；會同有關方面組織制定國際金融組織和外國政府貸款計劃，提出重大備選項目；會同有關方面制定外商投資產業目錄；按照國務院規定的權限，審核重大外商投資項目、重大境外資源開發投資項目和大型外匯投資項目。
(9)區域經濟部。
組織制定區域經濟發展規劃，提出區域經濟發展的重大政策；協調土地改良、開發、利用和保護政策，參與制定土地政策，參與編制水資源平衡和保護規劃、生態建設和環境整治規劃；組織實施主體功能區規劃；指導區域經濟合作；制定老、少、邊、窮地區的經濟發展計劃和以工代賑計劃；協調實施促進中部地區崛起的戰略、規劃和重大政策，提出重大項目布局建議並協調實施，推動中部地區內外協調合作和相關機制建設。
(10)西部開發部。
組織制定促進西部大開發的戰略、規劃和重大政策，協調有關重大問題；提出西部地區重點基礎設施建設、生態環境建設和重大項目布局的建議並協調實施。
(11)東北振興部。
組織制定振興東北老工業基地的戰略、規劃和重大政策，協調有關重大問題；提出老工業基地調整改造、資源型城市可持續發展和重大項目布局的建議並協調實施。
(12)農村經濟司。
綜合分析農業和農村經濟發展情況，提出農村經濟發展戰略、體制改革和相關政策建議，協調農業和農村經濟社會發展的重大問題；銜接平衡農業、林業、水利、氣象的發展規劃、計劃和政策，提出重大項目布局建議並協調實施。
(13)基礎工業部。
協調能源交通發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃的銜接與平衡；綜合分析能源和交通運行情況，協調重大問題，並提出相關政策建議。
(14)行業協調司。
綜合分析工業和服務業發展中的重大問題，組織制定綜合性產業政策，研究提出綜合性政策建議；協調工業和服務業發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃；協調重大技術裝備推廣應用和重大產業基地建設；會同有關方面制定服務業發展戰略和重大政策，協調服務業發展中的重大問題。
(15)高技術產業司。
綜合分析高技術產業和產業技術發展趨勢，組織制定高技術產業發展和產業技術進步的戰略、規劃和重大政策；搞好高新技術產業化，組織重大產業化示範項目；協調信息化發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃；組織和推動技術創新和產學研聯盟；促進國民經濟新產業的形成。
(16)資源節約和環境保護司。
經濟、社會、資源、環境協調發展重大戰略問題的綜合分析；組織制定能源資源節約和綜合利用、發展循環經濟的規劃、政策和措施並協調實施，參與環境保護規劃的編制；協調環保產業和清潔生產推廣；組織協調節能減排重大示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用；承擔國家應對氣候變化和節能減排領導小組的具體工作。
(17)氣候變化部。
綜合分析氣候變化對經濟社會發展的影響，組織制定應對氣候變化的重大戰略、規劃和政策；牽頭承擔《聯合國氣候變化框架公約》國家履約相關工作，牽頭與有關各方壹道組織和參與氣候變化國際談判；協調應對氣候變化的國際合作和能力建設；組織實施清潔發展機制；承擔國家應對氣候變化和節能減排領導小組的具體工作。
(十八)社會發展部。
綜合提出社會發展戰略，組織制定和協調社會發展規劃和年度計劃；統籌人口和計劃生育、文化、教育、衛生、體育、廣播影視、旅遊、政法、民政等發展政策；推進社會事業建設；協調社會事業發展和改革的重大問題。
(十九)就業和收入分配部。
綜合分析就業與人力資源、收入分配與社會保障的關系，提出促進就業、調節收入分配、提高社會保障與經濟協調發展的戰略和政策建議；推進相關制度改革，協調解決重大相關問題。
(20)經濟貿易司。
監測和分析國內外市場狀況，承擔重要商品總量平衡和宏觀調控工作；組織制定重要農產品、工業品和原材料的進出口計劃並監督實施，根據經濟運行變化提出計劃調整建議；會同有關方面管理國家糧食、棉花、食糖等儲備；制定現代物流業發展戰略和規劃，協調流通體制改革中的重大問題。
(21)財政和貨幣事務部。
研究分析全社會資金平衡情況；研究財政政策、貨幣政策和財政金融體制改革，分析財政政策和貨幣政策的執行情況，提出建議；提出直接融資的發展戰略和政策建議，按照分工批準非上市公司發行公司債券，牽頭推進產業投資基金和創業投資的發展和制度建設。
(22)物價部門。
監測和預測價格總水平變化，提出價格總水平調控目標、政策和價格改革建議；組織起草價格和收費政策法規；提出政府價格管理的範圍、原則、方法和修訂政府定價目錄的建議；組織制定重要商品價格和收費政策，調整中央管理的商品價格和收費標準；組織重要農產品、重要商品和服務的成本調查。
(二十三)價格監督檢查與反壟斷局。
起草價格監督檢查法律法規草案；指導價格監督檢查，組織實施價格檢查，依法查處商品價格、服務價格和國家機關收費中的價格違法行為，依法查處價格壟斷行為；按規定受理價格處罰的復議案件和申訴案件。
(二十四)法規司。
起草有關法律、法規和規章草案；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦相關的行政復議和行政訴訟；按要求指導和協調招標工作。
(25)外事司。
承辦與有關國際組織、外國政府部門和機構的合作事宜；協助相關部門推進重大涉外項目；進行國際經濟研究；承擔機關的日常外事工作。
(26)人事部。
承擔機關和直屬單位的人事管理、機構設置和隊伍建設。
(27)國民經濟動員辦公室。
組織制定國民經濟動員規劃和計劃；研究國民經濟動員與國民經濟和國防建設的關系，協調相關重大問題；組織實施國民經濟動員的有關工作；統籌國民經濟平戰轉換能力建設。
(二十八)重大項目稽察特派員辦公室。
組織對重大建設項目的檢查；跟蹤檢查國家投資政策法規在相關行業和地方的執行情況；組織實施對中央財政建設資金投資安排執行情況的監督檢查；對違法行為，根據國家有關規定提出處理意見。
機關黨委負責機關、委托國家局和在京直屬單位的黨群工作。
老幹部局負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
國家物資儲備局負責制定國家戰略物資儲備的戰略和規劃，組織國家戰略物資的采購、儲存、使用、輪換和日常管理。