根據《指導意見》要求，引導基金應按照“政府引導、市場運作，科學決策、防範風險”的原則進行投資運作，其扶持對象主要是按照《創業投資企業管理暫行辦法》規定程序備案的在中國境內設立的各類創業投資企業。引導基金本身不直接從事創業投資業務。中經未來產業研究中心認為，中國引導基金的主要運作模式有參股、跟進投資、風險補助、融資擔保及投資保障等。
1、階段參股
階段參股是引導基金的主要運作模式，是指引導基金向創業投資企業進行股權投資，並在約定的期限內退出，主要支持發起設立新的創業投資企業。
在該模式下，引導基金按照創投母基金（FOFs）的方式運作，與創業投資機構合作成立子基金，然後子基金投向創業企業，在此過程中，引導基金不參與子基金的日常管理，僅僅充當出資占股角色。子基金中引導基金的認購比例壹般不超過25%，且不能成為第壹大股東。該運作方式能夠通過發起設立創業投資基金引導民間資本投資初創期企業，從而起到政府資金的杠桿放大作用。
2、跟進投資
跟進投資是指對創業投資機構選定投資的初創期科技型中小企業，引導基金與創業投資機構***同投資。壹般來說，創業投資機構在選定投資項目後或實際完成投資壹年內，可以申請跟進投資。引導基金應按創業投資機構實際投資額50%以下的比例跟進投資，且每個項目投資額不超過300 萬元人民幣。引導基金跟進投資形成的股權委托***同投資的創業投資機構管理。
3、風險補助
風險補助是指引導基金對已投資於初創期科技型中小企業的創業投資機構予以壹定的補助。《引導基金管理暫行辦法》規定，引導基金按照最高不超過創業投資機構實際投資額的5%給予風險補助，補助金額最高不超過500 萬人民幣。風險補助資金主要用於彌補創業投資損失。
4、投資保障
投資保障是指創業投資機構將正在進行高新技術研發、有投資潛力的初創期科技型中小企業確定為“輔導企業”後，引導基金對“輔導企業”給予獎勵。《引導基金管理暫行辦法》規定，引導基金可以給予“輔導企業”投資前資助，資助金額最高不超過100 萬元人民幣，資助資金主要用於補助“輔導企業”高新技術研發的費用支出。