NIH創建之初並不叫NIH，現在的NIH是在二戰結束後不久形成的。二戰後，美國逐漸認識到科學造福人類的重要性，支持健康研究成為公眾和國會熱心資助的焦點。1938年，在馬裏蘭州Bethesda設立了NIH總部後，NIH的院內研究項目(the NIH intramural research program)開始啟動， 從事研究的是政府的科學家；1946年，隨著戰時政府將與各大學、醫學院校的醫學研究協議轉由NIH接管， 並改為基金形式資助，院外研究項目(the NIH extramural research program)也正式啟動，從而確立了美國各大學、醫學院校的註冊科學家(enlisting scientists)在國家疾病與健康研究方面的重要地位。院外研究項目啟動不久，NIH就意識到應該建立壹個審閱和資助高質量申請項目的管理系統。很快，主要由非政府科學家組成的NIH評審系統(the NIH peer review system)模式形成，負責對申請標書的學術問題進行審閱。支持科學研究不單是資助單個研究項目，更重要的是要有完善的研究設施。因此， 自1947年開始，NIH的研究基金中就包含了對研究機構的補償基金，以維持研究設備的運行和基金管理。創建新的實驗竄、培訓未來的研究人員也是政府基金資助的既定目標之壹。位於Bethesda總部的院內研究項目最初定位於基礎實驗研究，1953年，成立了研究性醫院壹壹臨床醫學中心(Clinical Center)， 旨在促進實驗室發現進入臨床實踐，也為臨床發現進入實驗室研究提供了壹個基地。從此之後， 它既資助實驗室研究，也資助臨床研究成為NIH基金資助的既定方針之壹。由於能夠有機會得到資助， 美國越來越多的研究人員(他們中許多都在Bethesda總部受過培訓)開始投入到基礎和臨床研究中去，並向NIH申請資助。
在其後的20年裏，國會對NIH的資助力度明顯加大， 新的資助項目也不斷湧現。由於某些醫學研究領域需要優先得到資助。因此，不斷有新的研究所創建。經過百余年的奮鬥，NIH已經成為世界最具影響力的醫學研究和管理機構，其任務是探索生命本質和行為學方面的基礎知識，並充分運用這些知識延長人類壽命， 以及預防、診斷和治療各種疾病和殘障，從極罕見的遺傳性疾病到普通感冒均在其研究範圍之內。為此，NIH不僅有下屬實驗室從事醫學研究，還全力支持各大學、醫學院校、醫院等的非政府科學家及其他國內外研究機構的研究工作，並協助進行研究人員培訓，促進醫學信息交流 。對於目前和未來的資助內容和方向，NIH並沒有詳細和確切的規定。但是鑒於醫學研究在戰勝疾病、改善國民健康狀況方面的重要性， 以及有大量需要資助的研究項目和優秀的研究人員。因此，NIH必須要制定資助策略和選擇資助對象。
歷史證明沒有哪件事情優先於或永遠優先於其他事情，包括某種疾病、某個研究人員、研究所或研究方法。從法律上講，NIH的27個研究所及研究中心，每壹個都需要資助，而每壹個都肩負重任，或研究某種疾病或某類疾病， 或解決人類健康與生活方面的某個問題，或研究某器官，或涉及範圍較大的技術研究領域等。由於各研究所單獨從國會獲得年預算撥款。因此，它們可在各自領域自主決定優先資助對象和制定預算方案。從總統提議到國會最後通過預算決案，整個過程要求各研究所都要明確在眾多的科研領域中如何分配基金—— 包括研究人員啟動基金、院內研究項目以及研究培訓等。各研究所還要決定哪些申請項目應該得到資助，哪些項F1應該加大投入。最後，經過綜合分析，確定某個學科或某種疾病應該得到多少資助。但是，對於某種疾病的研究並非僅限於某特定研究所，將如此大的基金完全合理地分配到各疾病的研究中去極為 難，而且，某項研究最終出來的可能是另壹領域的研究成果， 誰也無法確定下壹個重要發現將會出現在哪個領域。因此，對某種疾病或研究領域很難決定確切的資助金額、撥款比例或啟動項目。但是，認識研究需要壹壹確定資助優先級啟動最具前景的醫學研究—— 促進醫學發展正是NIH的責任和工作程序。NIH聽取來自社會各界的建議和意見，協助判斷和選擇資助對象， 完善運作機制，這個過程既復雜又困難，通常稱之為設置優先級(setting priorities)。設置優先級： 聽取來自社會各界的建議和意見，包括科學家、患者、科學評審委員會、普通公眾、總統、行政管理部門、科學顧問理事會、各學術團體、企業家、NIH各研究機構工作人員、國會、科學家理事會、醫生及其他醫務人員、 業研究人員等等 。