跨境ETF存在外匯風險。在申請跨境ETF時，投資者的資金將根據投資需求轉換為跨境ETF投資區域的貨幣，贖回時將以跨境ETF投資區域貨幣表示的資金轉換為境內貨幣。這個過程中的貨幣兌換過程會使投資者面臨壹定的外匯風險。如果在此期間本幣升值，投資者可能面臨實際投資收益縮水或損失。匯率變化是投資者套利時必須考慮的因素。
跨境ETF存在時差風險。當境內證券市場交易時間與跨境ETF投資區域重疊時，跨境ETF仍然可以進行實時套利，時差風險很小，比如港股ETF。而當兩地交易時間很少或沒有重疊時，實時套利就會變得不可行，投資者只能進行延遲套利。延遲套利會讓投資者面臨更多的收益不確定性，但同時延遲套利也讓跨境ETF發揮了價格發現的作用。
國內跨境ETF受外匯管制政策影響。中國實施外匯管制政策，導致中國跨境ETF存在兩個問題。第壹，由於我國外匯管制政策，現階段國內跨境ETF將采用100%現金贖回，基金買賣成份股，而不是傳統ETF的實物和現金贖回相結合的方式。這將使跨境ETF失去壹個重要的價值，即無法通過跨境ETF對成份股進行套利。例如，當壹只成份股因重大利好/利空而停牌時，投資者通過ETF買賣該成份股進行套利。但是，隨著改革開放的進壹步深入，這個問題會逐步得到解決。第二，當跨境ETF規模接近基金管理人外匯額度上限時，會破壞跨境ETF在壹級市場的供需平衡，從而導致折價溢價的擴大。
國內跨境ETF受a股市場漲停板制度影響。a股市場實行漲停板制度，股票單日漲跌幅限制在10%。如果跨境ETF跟蹤的標的指數在跨境ETF投資漲跌幅限制放寬的區域證券市場單日上漲或下跌超過10%，或者跨境ETF跟蹤的標的指數在境內非交易日累計上漲或下跌超過10%，跨境ETF的二級市場價格將存在異常折價溢價和套利風險與機會。