債券基金的估值方法主要有三種可以選擇：成本法、市價法和攤余成本法。成本法主要為用於銀行間債券投資的估值，但該方法可能導致基金凈值嚴重偏離公允價值。市價法則主要用於交易所債券，不過，由於收盤價格可能異常且波動頻繁，該方法容易降低基金凈值的穩定性，不利於引導投資者進行長期、理性的投資。
例如：可能當時基金經理在市場上以90元錢折價買入壹個票面價值為100元的債券，這當中便獲得了10元的預期年化預期收益，如果該債券是30天到期的話，那麽就將10元除以30天，將預期年化預期收益攤銷到每壹天中。
這種方法在債券市場價格向上走的時候是平安無事的，但是當債券市場價格下跌時，這種方法則可能虛高了債券的凈值。再拿上面的例子來說，如果債券價格跌至80元，其實基金已經虧損，但用“攤余成本法”計算，基金表面上看並沒有虧損。而投資者在買賣的時候，卻在溢價買入和賣出該基金。
正是由於這種計算方法可能會隱藏風險，因此在“中短債基金”中還存在另壹種參考計算方法——“影子定價法”。
影子定價又稱“計算價格”、“影子價格”、“預測價格”、“最優價格”。是荷蘭經濟學家詹恩丁伯根在本世紀30年代末首次提出來的，運用線性規劃的數學方式計算的，反映社會資源獲得最佳配置的壹種價格。
影子定價就是指基金管理人於每壹計價日，采用市場預期年化利率和交易價格，對基金持有的計價對象進行重新評估，即“影子定價”。當基金資產凈值與影子定價的偏離達到或超過基金資產凈值的0.5%時，或基金管理人認為發生了其他的重大偏離時，基金管理人可以與基金托管人商定後進行調整，使基金資產凈值更能公允地反映基金資產價值，確保以攤余成本法計算的基金資產凈值不會對基金持有人造成實質性的損害。
基金按照“攤余成本法”和“影子定價”對基金進行估值。影子定價的作用在於為了避免采用攤余成本法計算的基金資產凈值與按市場預期年化利率和交易市價計算的基金資產凈值發生重大偏離，從而對基金持有人的利益產生稀釋和不公平的結果。