市、地、縣財政部門負責本行政區域內土地出讓收支管理，市、地、縣國土資源部門具體負責土地出讓收入征收。
中國人民銀行國庫部門應當設立專門賬戶，專門核算土地出讓收入和支出，並及時向財政部門和國土資源部門提供相關報表和資料。第四條土地出讓收入全額納入政府性基金預算管理，省、市、州分成辦法另行制定。第二章收支範圍第五條土地出讓收入是指政府以出讓方式劃撥國有土地使用權所取得的土地總價款。包括以下內容:
(壹)土地出讓總價款:以招標、拍賣、掛牌、協議等方式出讓國有土地使用權所取得的交易總價款(不含稅費)。
(二)補繳地價款:依法轉讓劃撥國有土地使用權或者將原劃撥土地用於經營性建設時應當補繳的地價款；處置國有土地使用權抵押轉讓應補繳的土地價款；房改、經濟適用住房轉讓按照規定應當繳納的土地價款；改變土地用途、容積率等土地使用條件應支付的土地價款，以及與國有土地使用權出讓或變更相關的其他收入。
(三)劃撥土地收入:土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗補償費、拆遷補償費等。(不含征地管理費)由土地使用者依法向市、州、縣、市政府繳納。
(四)其他土地出讓收入:國土資源部門依法向承租人收取的土地租金收入；出租劃撥土地上應上繳房屋的土地收益；土地出讓合同生效後，作為土地價款的定金、預付款或保證金和劃撥土地的預付款。第六條土地出讓收入的支出範圍包括:
(1)征地拆遷補償費用:包括土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗補償費、拆遷補償費。
(2)土地開發支出:包括前期土地開發支出和財政部門規定的與土地開發有關的支出，包括道路、供水、供電、供氣、排水、通訊、照明、土地平整等基礎設施建設支出及相關銀行貸款本息。
(3)支農支出:包括維持被征地農民原有生活水平的補助支出、補貼被征地農民的社會保障支出、農業土地開發支出和農村基礎設施建設支出。
(四)城市建設支出:包括城市基礎設施建設支出和改善國有土地使用功能的配套設施支出，具體為城市道路、橋涵、公共綠地、公共廁所、消防設施、城市汙水和垃圾處理設施等基礎設施建設支出。
(5)其他支出:包括土地出讓業務支出、新增建設用地有償使用費繳納、國有土地收益基金支出、城鎮廉租住房保障支出、國有企業破產改制職工安置支出等。
土地出讓業務費包括土地勘測費、基準地價和宗地評估費、公告費、場地租金、招標、拍賣、拍賣代理費、評標費及相關業務培訓費。第七條建立國有土地收益基金制度。市、州、縣、市區財政部門應當按照通過招標、拍賣、掛牌、協議方式出讓國有土地使用權取得的總成交價款的壹定比例劃出國有土地收益資金，繳入同級地方國庫，專項用於土地收購儲備。具體比例由市、縣、市政府根據當地情況確定。第八條市、州、縣、市區財政部門應當按照招標、拍賣、掛牌、協議出讓國有土地使用權成交總價的壹定比例計提農業土地開發資金，繳入同級地方國庫。具體比例由市、縣、市政府根據當地情況確定。第三章征收管理第九條國土資源部門應當按照有關規定與國有土地使用權受讓人簽訂土地出讓合同，明確約定國有土地使用權受讓人應當繳納的土地出讓收入具體數額、向地方國庫繳納的具體期限以及違約責任。第十條國土資源部門根據土地出讓合同和劃撥土地批準文件，向國有土地使用權受讓人出具由省財政廳統壹印制的繳款通知書，並按照國家統壹規定的政府收支分類科目填寫“壹般繳款書”。
國有土地使用權受讓人應當按照繳款通知書的要求，在規定時間內將應繳納的土地出讓收入繳入同級地方國庫。繳費完畢後，憑有效繳費憑證，到國土資源部門辦理用地手續。