從整體上看，其經濟活動的資金來源主要是財政預算撥款，即事業經費撥款。而這筆資金是國家預算對事業的支出計劃。年底國家通過核銷事業單位全年撥款總額，確認完成本年度事業預算計劃。因此，公共機構用於對外投資的資金不能從國家預算中轉換為投資資金。只有從凈余額分配中轉出的資金才能作為投資資金。即從每年的“業務結余”和“經營結余”中，扣除已繳納的所得稅和按比例提取“專用基金-職工福利基金”後，將未分配的結余轉入“業務基金-普通基金”。然後再從這個滾存結余基金中轉出，作為對外投資的資金。這說明事業單位對外投資的規模非常有限。因此，機構對外投資的目的主要是為未分配的盈余資金和閑置資金“尋找出路”。這樣可以獲得投資收益，提高資金利用率。
事業單位對外投資核算的主要內容只有初始投資成本的確定和投資損益的確認。只設置兩個會計科目，即反映投資成本的“對外投資”和確認投資損益的“其他收入”。具體的會計處理，首先是不以投資期限的長短來區分長期投資和短期投資。不應按照投資性質分為債權投資和股權投資。至於投資成本的確認，也比較簡單。投資為實物或無形資產的，投資成本按評估價或談判價入賬。投資證券的，實際支付的總額作為投資成本。即債券面額或溢價、折價金額加上相關稅費。股票價格加上相關稅費。如果您在購買證券時支付了尚未收到的債券利息，或者您宣布支付了尚未收到的現金股利，也計入證券投資成本。在轉移或收回投資或收取利息、股利時需要確認投資損益的，按實際收取的金額沖減投資的原成本，差額直接貸記或借記當期“其他收入”科目。事業單位的資金是國家財政資金，是國家預算的組成部分。因此，事業單位對外投資不僅要反映該事項的業務發生，還要反映投資資金的來源，以接受國家對事業單位預算資金使用的監督，防止國有資產流失。即借記“公募基金-普通基金”，貸記“公募基金-投資基金”。