《事業單位財務規則》規定，事業單位專項結余不參與結余分配。事業單位的結余扣除專項結余後，要按下列程序分配：
壹是按規定交納所得稅。
二是上繳上級款。
三是按核定比例提取職工福利基金。
四是轉作事業基金。
“結余分配”科目核算事業單位當年結余分配的情況和結果。貸方登記結余轉入數，借方登記結余分配數，本科目貸方余額為未分配結余，借方余額為未彌補差額。經年終轉賬後，“結余分配”科目無余額。
“結余分配”科目壹般應設置以下明細科目：應交所得稅、應繳上級款、提取職工福利基金、提取事業基金、未分配結余——事業結余、未分配結余——經營結余。
結余轉入時：
借：事業結余
經營結余
貸：結余分配—未分配結余—事業結余
結余分配—未分配結余—經營結余
分配時，會計分錄如下：
（1）交納所得稅：根據稅法規定，屬應納稅所得，按規定的稅率計算繳納應交所得稅。計提時，
借：結余分配—應交所得稅
貸：應交稅金—應交所得稅
解交時，
借：應交稅金—應交所得稅
貸：銀行存款
（2）上繳上級款：實行結余上繳辦法的單位，所得稅後結余按核定的比例或數額計算上繳上級款項。
借：結余分配—應繳上級款
貸：其他應付款—應繳上級款
（3）提取職工福利基金：按財政部門核定的比例提取職工福利基金。
借：結余分配—提取職工福利基金
貸：專用基金—職工福利基金
（4）轉作事業基金：
在事業單位的資金運動過程中，事業基金起的是“蓄水池”的作用，用來調節年度之間的收支平衡，因此，按提取職工福利基金後的余額全部轉作事業基金。如果收入大於支出，則繼續轉增事業基金，如果支出大於收入，則用以前年度的事業基金彌補其差額。在確定年初預算時，如支出安排出現缺門，也可以直接安排壹部分事業基金用於彌補差額。
經上述三項分配後結余全額轉作事業基金的壹般基金。
借：結余分配—提取事業基金
貸：事業基金—壹般基金
如單位當年“事業結余”出現紅字即負結余，則“結余分配”科目出現借方余額，經批準後可用事業基金彌補。
借：事業基金—壹般基金
貸：結余分配—未分配結余—事業結余