(1)辦公室(信訪辦)。
負責政府事務；負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦信息、信訪、議案、建議、提案、保密、政府信息公開等工作；承辦重要事項的組織和監督。
(2)政策研究室。
承擔本市醫藥衛生改革與發展重大問題的調查研究，提出相關政策建議；參與制定衛生發展規劃和中長期發展規劃；承擔重要醫藥衛生文稿的起草工作；組織編纂地方誌和年鑒。
(3)法律監督室。
負責推進依法行政的全面工作；起草衛生方面的地方性法規和政府規章草案；承辦行政復議和應訴的相關工作；承擔本機關行政規範性文件的合法性審查和相關備案工作；組織實施本市消費環節的食品安全監督管理和衛生執法監督；組織整頓和規範醫療服務市場，組織打擊非法行醫，督辦重大違法案件。
(四)衛生應急辦公室(公共衛生應急指揮中心)。
制定本市突發公共衛生事件應急預案和相關專項應急預案，組織指導相關應急預案的日常演練和相關知識技能的培訓；指導突發公共衛生事件的預防與準備、監測與預警、處置與救援、風險分析與評估等衛生應急工作；建立和完善衛生應急信息系統；組織協調重大自然災害、恐怖事件、中毒事件和核輻射事故的應急醫療救援工作；組織協調重大活動的衛生應急保障；承擔北京市突發公共衛生事件應急指揮部辦公室的工作。
(5)疾病控制辦公室。
制定全市重大傳染病、地方病、常見病和慢性非傳染性疾病的防治規劃和措施；指導重大疾病防控體系建設；組織和指導全市免疫規劃的實施和預防接種異常反應事件的調查處理；組織重大傳染病、地方病的綜合預防、監測和疫情報告，實施重大突發事件的應急處理；制定公共衛生問題的幹預措施並組織實施；制定全市健康促進的規劃和計劃並組織實施。
(6)醫政科(醫療服務監管科)。
制定本市醫療機構設置規劃；負責醫療機構(含血站、急救站)的資質審批；負責醫療技術應用準入制度的實施和從業人員的資格認定與登記；制定醫療護理技術質量和服務質量以及醫療機構管理的相關政策、規範和標準，並組織實施；制定並組織實施血液安全管理規範，促進無償獻血；指導醫院感染控制系統和醫療急救系統的建設；承擔醫療機構醫療服務監管工作，建立醫療機構醫療質量評價和監管體系，組織開展醫療質量、安全、服務評價和財務監管工作；
監督管理公立醫院，推進公立醫院管理體制改革。
(7)初級保健部門。
負責綜合管理本市城鄉初級衛生工作和新型農村合作醫療，制定初級衛生工作的發展規劃、政策、措施、規範和標準並組織實施；指導基層衛生服務體系建設和鄉村醫生管理工作；負責老年人醫療保健和初級醫療康復的管理；參與基層衛生人才隊伍建設和實用技術推廣。
(8)婦幼與精神衛生科。
制定本市婦幼保健和精神衛生工作的發展規劃、政策、措施、規範和標準並組織實施；依法監督管理婦幼保健、計劃生育技術和精神衛生工作的機構和人員；指導婦幼保健和精神衛生體系建設，承擔預防和減少出生缺陷的組織協調工作；承擔重大事故群體心理危機幹預的組織協調工作。
(9)科教司。
制定本市醫學科技發展規劃；負責全市醫療衛生重點學科的評估和管理；組織和管理醫學研究基金項目；負責醫藥衛生科技成果的推薦和推廣；承擔醫療衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織開展衛生科普工作；承擔醫療衛生專業人員的畢業後教育、繼續教育及相關培訓。
(10)藥劑科。
負責醫療機構藥事管理工作；監督管理醫療機構大型醫用設備、制劑和藥品；組織處理醫療機構藥品和醫療器械突發不良事件；組織實施國家基本藥物制度和藥品集中采購，擬定北京市推薦用藥目錄。
(11)發展規劃辦公室。
負責編制全市醫藥衛生發展規劃、中長期發展規劃和區域衛生規劃；制定醫療衛生單位建設標準；編制下屬單位年度基本建設計劃並指導實施；監督管理醫療廢物的處置；指導區縣衛生基本建設項目工作。
(12)國際合作辦公室。
負責組織和指導醫藥衛生領域的多邊和雙邊官民合作與交流；組織實施衛生救助工作；組織國際醫學交流、國際醫學會議和國際科技合作；負責協調和管理世界衛生組織北京合作機構；承擔本系統的外事管理工作。
(13)審計局。
制定本系統內部審計制度，通過審計監督本系統的預算、決算和財務收支；負責對下屬單位的資產保值增值和經營狀況進行評價；負責下屬單位經濟活動的專項和跟蹤審計；負責下屬單位領導幹部的經濟責任審計；指導縣級衛生行政部門和下屬單位開展內部審計工作。
(14)北京市愛國衛生運動委員會辦公室。
制定本市愛國衛生工作措施並組織實施；協調有關部門開展愛國衛生工作；組織開展創建國家衛生城市、健康城區、健康社區和社會健康綜合評價等健康促進活動；組織農村改水、改廁、創建衛生村鎮、農民健康教育；依法負責公共場所禁止吸煙的監督檢查和城市除“四害”的組織監督。
(15)安全部門。
負責監督和指導機關及下屬單位開展安全、治安、防火和防盜工作；負責易燃易爆物品的監督管理；負責組織開展安全宣傳教育；組織協調機關和醫療衛生單位的安全生產工作；負責醫療衛生單位的後勤改革和管理。
(16)組織部。
負責本市醫療衛生系統人才工作的宏觀管理，組織、協調和實施本系統高層次人才隊伍建設；負責下屬單位的黨建工作；按照幹部管理權限，負責本系統領導班子建設和幹部管理工作；組織本系統政治工作職稱評審。
(17)宣傳部。
負責本系統的宣傳工作；協調組織首都衛生系統精神文明建設活動；組織實施本系統中心組的理論學習和幹部的理論培訓。
(18)統戰部。
組織、指導和管理本系統的統戰工作，組織學習、宣傳、交流等活動。
(19)財務部。
編制和上報部門預算、決算，管理資金使用；負責機關及下屬單位的財務和國有資產管理；參與制定建立和完善本市衛生事業經費保障機制的相關政策；負責醫療衛生行業醫療服務收費、行政事業性收費和藥品、血液、制劑收費的監督管理；參與醫療服務價格的制定。
(20)人事部門。
承辦機關及直屬單位人事、機構編制和公務員隊伍建設工作；負責組織本市衛生系列高級專業技術資格(崗位資格)評審工作；負責組織初級、中級衛生技術人員技術資格考試和衛生從業人員準入資格認定。機關黨委負責機關的黨群工作。
工會(團委)負責本機關及下屬單位的工會、* *團委和青年工作。
離退休幹部辦公室
負責機關及下屬單位離退休幹部的管理和服務工作。
北京市衛生委員會辦公室
負責研究擬定本市幹部保健工作規劃和相關政策，並監督實施；
負責北京市衛生委員會確定的保健對象和在京有醫療關系的中央單位保健對象的保健工作；
負責本市重大活動和會議的幹部保健工作；負責統籌健康醫療基地、專家團隊、專業人才和健康醫療管理人才的建設。紀檢監察機構按照有關規定派駐。