鞍山市醫療保障局有內設機構。
(1)綜合部
負責黨群、人事管理、機構編制、教育培訓、隊伍建設、財務預決算、日常管理和資產管理。負責機關日常運行，承擔機要、保密、安全、信訪、政務公開、新聞宣傳、文字綜合等工作。組織起草相關地方性法規和市政府規章草案，承擔規範性文件的合法性審查，承擔行政復議、行政訴訟等工作。協調推進醫療、醫保、醫藥“三醫聯動”改革。
(2)治療保護部分
制定並組織實施全市城鎮職工和城鄉居民醫保籌資和待遇保障相關政策，完善大病保險制度、公務員補貼等政策，有效銜接醫保政策和醫療救助政策，統籌推進多層次醫療保障體系建設。建立健全醫療保障關系轉移接續制度。組織制定長期護理保險制度改革方案並組織實施。
(3)醫療服務管理科
執行國家和省醫療保險目錄和支付標準政策；制定並組織實施定點醫療機構醫療保險協議及支付管理、慢性病管理、異地就醫結算管理等相關政策。負責監督管理定點醫療機構醫療服務相關政策的執行情況。組織推進醫療保險支付方式改革。
(4)藥品價格與招標采購部分
擬定並組織實施藥品和醫用耗材價格、醫療服務項目和醫療服務設施收費等政策，擬定藥品和醫用耗材招標、采購、配送、結算管理等政策，並監督實施。組織藥品、醫用耗材和醫療技術的經濟評價。建立價格信息監測和信息發布制度。
(5)資金監管科
制定醫療保險基金監督管理辦法並組織實施，建立健全醫療保險基金安全防控機制。組織實施市級醫療保險基金的監督和內部審計。指導和推進全市醫療保險信息化建設，組織醫療保險智能審核監控系統的開發和管理；承擔醫療保障相關指標信息的綜合統計、匯總和上報工作。履行醫療保險基金監督管理的行政職責，監督指導經辦機構開展日常監督管理，查處各類騙保違法行為。