所以幽靈被迫與凱瑞甘聯手尋找啟動神殿能量所必需的兩塊水晶。當他們回來時，阿達裏斯發動了反對黑暗聖堂武士和凱瑞甘聯盟的起義。然而，起義失敗了，阿達裏斯也被凱瑞甘殺死了。這時，勇氣號終於明白了凱瑞甘的真正意圖是殺死夏庫拉星上的腦蟲，這樣她就可以自己控制蟲群了。盡管知道啟動神殿會讓凱瑞甘如願以償，但此時白靈別無選擇。坦尼斯和澤拉圖終於啟動了神殿，掃除了夏柯拉斯上所有的外來昆蟲。
在人類故事的第二階段，玩家跟隨傑拉德·杜加爾和阿列克謝·斯托科夫帶領地球聯合議會的遠征艦隊進攻泰隆帝國。起初，艦隊遇到了壹個反對帝國的特工，薩米爾·杜蘭，斯托科夫視他為特別顧問。在杜蘭的幫助下，艦隊贏得了第壹次勝利。UED很快在前聯邦首都行星塔桑尼斯發現了“隱藏的能量幹擾器”——壹種可以幹擾外星人通信的設備。
杜蘭說服了杜格爾指揮官摧毀它，但斯托科夫在最後壹刻阻止了它[14]。遠征軍隨後開始進攻帝國首都科哈星球。玩家擊敗了星球上的守軍，但大角星人蒙斯克本人卻被吉姆·雷諾茲率領的小型精靈艦隊解救。UED跟著他們來到了阿爾星球，但由於杜蘭擅自離開，他的行動受到了不同昆蟲的嚴重幹擾，蒙斯克趁機逃脫。
杜蘭的舉動震驚了斯托科夫，杜格爾並沒有意識到杜蘭的背叛。斯托科夫帶領壹個小組重建了秘密幹擾器。杜格爾聽了杜蘭的話，派他去殺斯托科夫。在死前，斯托科夫說出了真相:杜蘭是真正的敵人，他在為凱瑞甘服務。玩家隨後挫敗了杜蘭破壞隱藏能量幹擾器的陰謀，杜蘭逃脫。在秘密能量幹擾器的力量幫助下，遠征軍終於在查爾星球的外星世界用強效藥物抓獲了成長中的新主人。
在最後壹章中，莎拉·凱瑞甘帶領外星人在星區贏得了最後的勝利。入侵UED削弱了該地區所有原有的力量。在劇情開始時，凱瑞甘和杜蘭與吉姆·雷諾茲、菲尼克斯和芒斯克達成了不情願的聯盟，他們壹起摧毀了隱藏的能量幹擾器。隨後他們籌集了大量資源對科哈星球發動反攻，並很快突破了UED的防線。然而，凱瑞甘隨後背叛了她的盟友，殺死了鳳凰城和蒙斯克的將軍埃德蒙·杜克，並使帝國軍遭受重創。
後來，凱瑞甘和杜蘭在夏天來到了柯拉斯星球，劫持了瑞澤格爾，並強迫澤拉圖幫助外星昆蟲消滅了新主人，使得所有外星昆蟲都服從了凱瑞甘的統治。之後，澤拉圖試圖強行將裏澤格奪回，但在逃跑時被這名球員擊敗。拉圖爾意識到魯伊·西格已經不可挽回地被凱瑞甘感染了，所以他殺死了魯伊·西格，離開了查爾行星。
在流浪過程中，他偶然發現杜蘭正在進行壹項不為人知的精神-異蟲基因混合實驗。這時，由UED、帝國和坦尼斯率領的精靈艦隊大規模攻擊凱瑞甘。盡管如此，外星昆蟲還是徹底擊敗了三支艦隊，使凱瑞甘成為了該星區真正的統治力量。
在劇情的最後，UED遠征軍被外星昆蟲徹底摧毀，蒙斯克回到科哈星球重建他的帝國，坦尼斯回到夏·柯拉斯重建幽靈曾經輝煌的文明，而雷諾和澤拉圖則獨自在宇宙的不同方向遊蕩。
擴展數據:
原版星際爭霸故事分為三章，依次以人類、外星人、精靈為故事主線——
1，人族
《星際爭霸》中的“人”是未來世界中人的想象版本。根據遊戲手冊的內容，20世紀後期人類文明飛速發展，隨之而來的人口問題迫使國際組織“地球聯合理事會”(UED)流放了壹批“人類中的壞分子”，包括罪犯和基因突變者。
最終，他們到達了銀河系中心的Copluxing區，並很快陷入了壹場政治紛爭。壹個名為“人類聯邦”的組織最終獲勝，成為星區最強大的政權。與此同時，壹個反政府組織“凱哈之子”也在積蓄力量。然而，就在遊戲開始前，公元2499年，聯邦發現幾個邊境殖民地被壹種外星生物感染了，然後Spirit燒毀了這些星球，以避免感染的擴散。由於兩種外星人同時入侵，人族陷入極度恐慌。
2.蟲族(Zerg)
異蟲是古代薩爾納迦人創造的，通過吸收其他生物的基因來進化自己。所有的昆蟲都服從於智慧生命的“主人”。蟲群沒有思想，服從主人控制的腦蟲的命令。它們可以在任何極端環境下生存，依靠不斷的選擇性吸收和同化高等生物，達到基因的完美和純粹。它們的部隊都是由幼蟲孵化出來的，不同昆蟲的棲息地周圍都有壹種有機物“蟲苔”，不同昆蟲的建築也必須建在蟲苔上。
3.精神。
精靈是宇宙中高度發達的智慧生命種族。他們被認為是宇宙中科技最先進的種族，掌握了曲速門、等離子盾等技能。在遠古時代，他們已經被薩爾那加人改造，從而產生了以阿爾星球為中心的完整的種族精神聯系。
靈也分為兩個社會，信仰“Khala”(意為升天之路)的傳統靈和流亡的黑暗聖堂武士。勇氣號的建築也依賴於精神連接，所以必須建在水晶塔的能量範圍內。壹旦水晶塔被摧毀，建築就無法正常運作。