遊戲中裝備系統劃分兩大類：戰艦與戰艦裝備，遊戲中近50種功能各異的戰艦與上百種戰艦裝備，玩家可在遊戲DIY配置武器裝備。
戰艦系統
小至護衛艦，大到無畏艦戰艦的不同的功能也將體現出格式戰艦在戰鬥中的不同作用。戰艦功能劃分為偵查艦、防禦艦、攻擊艦和後勤艦。
偵查艦：以偵查為主的速度火力型戰艦，其特點為靈活快速，缺點是裝甲薄弱。
防禦艦：擁有較高的裝甲與抗性，其特點為持久耐打，缺點為移動較慢，火力輸出偏低低。
攻擊艦：以火力輸出為主，其特點為武器接口較多，火力輸出較高，缺點是防禦力偏弱。
後勤艦：以戰鬥輔助為主，其特點是輔助接口較多，防禦較弱。
戰艦裝備系統
戰艦裝備按類型分為：武器裝置、防禦裝置、級輔助特殊裝置三大類。
武器裝置傷害類型劃分為：輻射傷害（激光武器）、電磁傷害（炮臺武器）、爆炸傷害（導彈武器）。
玩家在遊戲中設置某顆星球為母星後，將擁有對倉庫的操作權限。且玩家戰鬥失敗後將在自動返回母星。當玩家抵達新的星球後，可以通過“設為母星”更換母星。當玩家達到壹定要求加入軍團或者帝國後，玩家母星設置將自動跳轉至當前軍團或帝國的駐地或主星。
主角倉庫分為物資倉庫、戰機倉庫及船塢（戰艦倉庫），功能分別為道具存放、副官戰機存放、角色戰艦維修、存放。
物資倉庫：物資倉庫初始容量為12格，玩家可通過能量石擴充倉庫容量。
戰機倉庫：在艦隊配置界面中，玩家可查看購買的副官戰機儲量等相關信息。
船塢：為玩家提供戰艦存放點，玩家船塢初始戰艦存放上限為10艘。可通過VIP等級提升存放上限。同時，船塢提供戰艦更換與維修服務。 拍賣系統將為玩家提供各類物資的交易平臺，玩家可以通過拍賣系統進行拍賣與購買材料、道具、裝備甚至戰艦等物資。
拍賣系統分“星盟幣拍賣”和“能量石拍賣”兩種模式。賣家每次拍賣物資，拍賣行將會收取壹定的手續費作為傭金。
拍賣：玩家在拍賣行拍賣物資設定起拍價、壹口價並設定拍賣時間即可拍賣。拍賣系統中的特色—商品排位推薦：玩家拍賣道具設置商品推薦後可將所拍物品高亮置頂。
競拍：玩家也可以在拍賣場，通過消耗星盟幣或能量石競拍玩家拍賣的道具。
遊戲中將以各種戰鬥模式來體現遊戲中的刺激與暢快的打擊快感。戰鬥模式主體上劃分為遭遇戰、掠奪戰、攻城戰、副本戰及BOSS戰。不同的戰鬥場景也會因為劇情的改變予以不同的PVE戰鬥模式，諸如救援、防守、奇襲等模式，忍玩家暢快體驗。
遭遇戰模式：玩家與玩家（到達指定目標）、玩家與NPC遭遇後即可觸發戰鬥。
掠奪戰：玩家可以通過掠奪非本勢力/軍團星球可獲得星球產出資源，作為獎勵。
攻城戰：根據劇情發展軍團可對部分指定星球展開攻擊，占領星球後將獲得星球統治權。
副本戰：團隊性質的戰鬥模式，可通過副本戰鬥接觸各種類型PVE戰鬥模式。
戰場模式：即時戰略模式，玩家在戰鬥中，可自由支配角色參與戰鬥。玩家可通過合理的裝備搭配與配合在戰鬥中取得勝利。
《超時空艦隊》擁有豐 富的任務界面體系，壹***由6個部分組成。
①此處可以任意切換任務模式，遊戲中任務模式壹***分為三種類型，剛開始只有新手和日常任務為玩家提供選擇，其中主線任務需要完成新手任務模式之後才會出現。
新手任務
剛進入遊戲的玩家通過完成新手任務，可以對遊戲內各方面功能和操作得到壹定了解，並會得到相應的獎勵作為遊戲初期的發展基金。
日常任務
日常任務為每天更新壹次，任務種類都不相同，玩家可以通過完成這些任務來賺取資源。
主線任務
當玩家完成所有新手任務後，會得到壹條主線任務，其中在主線任務的基礎之上還有若幹分支路線，在任務最後階段會得到極高的獎勵。
② 此處主要顯示當前可以接受的任務列表，玩家可以選擇全部都接受，也可以選擇單個任務來進行，喜好由玩家自己來定。
③ 此處可以查看任務說明，同時接受和完成任務時都需要在這裏進行提交，同時放棄任務也可以在這裏進行選擇。
④ 此處是《超時空艦隊》精心玩家打造的貼心功能，當玩家找不到任務在何處完成時候，可以通過查看這個圖片指引來了解任務完成所在地，方便玩家及時找到任務開始進行。
⑤ 此處分為任務目標以及完成數量說明，玩家在進行任務中可以通過查看進度條來了解當前任務進展情況。進度條初始統壹為0.00%，根據玩家完成情況逐步增長，當進度條到達100%時，就表示玩家已經完成了任務目標，這個時候就可以去提交任務獲取獎勵了。
⑥ 此處為查看當前選擇或接受任務的詳細獎勵信息。
⑦ 此處可查看已達成的成就，可獲得成就紋章(具特殊功能)。