國家發展改革委在履行職責過程中貫徹落實黨中央關於發展改革的方針政策和決策部署，堅持和加強黨對發展改革的集中統壹領導。
國家發展和改革委員會設有以下內設機構:
(1)辦公廳。負責機關的日常運作。承辦信息、安全、信訪、政務公開、代理財務、資產管理等工作。組織提案處理、電子政務、內部審計等。
(2)政策研究室。起草重要文件。組織研究經濟社會發展、改革開放和國際經濟的重大問題。組織新聞宣傳、輿情監測和預期管理。
(3)發展戰略與規劃部。提出國家重大發展戰略、經濟結構調整政策和重大生產力布局建議，組織制定和實施國家發展計劃。承擔統壹規劃體系建設，協調國家專項規劃、區域規劃、空間規劃與國家發展規劃的銜接。總體規劃和項目立項。提出新型城鎮化戰略、城鄉壹體化發展規劃和政策建議，編制實施省際城市群和都市圈規劃。
(4)國民經濟綜合部。組織制定和實施國民經濟和社會發展年度計劃。對宏觀經濟形勢進行監測、分析、預測和預警。研究總量平衡，提出宏觀調控目標、政策取向和調控建議，開展重大政策的預研和預評估。為建設現代化經濟體系、推動高質量發展提出政策建議。對重要商品總量平衡提出相關政策建議。組織制定國家儲備物資目錄和總體發展規劃。
(5)經濟運行調節局。監測和判斷經濟運行形勢，提出相關政策建議，協調經濟運行中的重大問題。承擔供給側結構性改革相關工作。協調煤電油氣運保障工作，組織應對重大突發事件，提出安排相關物資儲備和利用的建議。
(6)機構改革綜合司。指導推進和綜合協調經濟體制改革。研究經濟體制改革和對外開放的重大問題，制定並組織實施經濟體制改革綜合規劃和相關專項改革規劃。推進國有企業混合所有制和壟斷行業改革，提出完善產權制度、促進非公有制經濟發展的政策建議。推進要素市場化配置改革，組織實施市場準入負面清單制度。
(7)固定資產投資部。提出深化投融資體制改革的建議。起草有關固定資產投資管理的法律法規。提出政府投資項目的核準權限和對政府核準的固定資產投資項目目錄的建議。按照權限安排中央財政建設資金，審核重大項目。協調推進投資項目審批制度改革。制定促進民間投資發展的政策。按照分工組織推進政府和社會資本合作。引導工程咨詢業發展。
(8)利用外資和海外投資司(港澳臺辦公室)。提出利用外資和境外投資的戰略、規劃及相關政策建議，按權限審核重大項目。承擔全口徑外債管理相關工作。組織編制國際金融組織貸款、外國政府貸款和本外幣國際商業貸款(包括境外發債)計劃。組織制定《外商投資產業指導目錄》、《中西部地區外商投資優勢產業目錄》和外商投資準入負面清單。指導和協調基礎設施互聯互通、產能和裝備制造、能源資源等領域重大項目的國際合作。
(9)區域經濟司(京津冀協同發展領導小組辦公室)。推動實施區域協調發展戰略，組織制定區域規劃和政策。推動實施西部大開發、東北振興、中部崛起、東部率先發展和京津冀協同發展、粵港澳大灣區建設、海南全面深化改革開放等戰略、規劃和重大政策，指導推進雄安新區建設，承擔相關領導小組日常工作。承擔國家級新區的規劃布局。協調土地改良、開發、利用和保護政策。推進重點流域綜合治理和流域經濟發展。承擔實施海洋強國戰略的相關工作。
(10)區域振興部。組織制定貧困地區和其他特殊困難地區的發展規劃和政策，編制易地扶貧搬遷和以工代賑計劃。提出涉及新疆、西藏經濟社會發展的重大政策建議，統籌推進對口支援。提出完善生態保護補償機制的政策措施。統籌推進老工業城市和城市老工業區調整改造、資源型地區經濟轉型、采煤沈陷區和獨立工礦區綜合治理。組織編制重大自然災害災後恢復重建規劃，協調有關重大問題。
(11)地區開放部(推進“壹帶壹路”建設領導小組辦公室)。推進“壹帶壹路”建設的實施，承擔推進“壹帶壹路”建設工作領導小組的日常工作。根據分工指導區域開放合作，提出相關政策建議，承擔國際和區域合作相關工作。提出並推動實施沿邊開發開放規劃和政策措施。
(12)農村經濟司。提出農村經濟和生態保護與建設的發展戰略、體制改革及相關政策建議，協調有關重大問題；銜接平衡農業、林業、草原、水利、氣象、生態及相關農村基礎設施的發展規劃、計劃和政策，提出重大項目布局建議並協調實施。根據分工提出了大中型水利水電工程移民政策建議。
基礎設施發展司(推進長江經濟帶發展領導小組辦公室)。協調能源、交通發展規劃與國家發展規劃的銜接與平衡。對能源發展戰略、重大規劃、重大產業政策、重大改革方案和重大投資項目提出審計意見。綜合分析運輸運行情況，協調重大問題，提出統籌規劃和綜合運輸發展的相關政策建議。提出重大基礎設施布局建議並協調實施。推動長江經濟帶發展戰略的實施，承擔推進長江經濟帶發展領導小組的日常工作。
(14)工業發展部。組織制定綜合性產業政策。協調和銜接產業發展規劃。制定支持實體經濟發展和加快先進制造業發展的政策措施，會同有關部門提出重大產業項目和相關行業重大項目布局建議並協調實施。協調重大技術裝備推廣應用和產業基地建設。擬訂並協調實施服務業發展戰略、規劃和政策。
(十五)創新和高技術發展司。組織制定促進創新創業和高新技術產業發展的規劃和政策，推動新興產業創新能力建設和風險投資。會同有關方面提出國家重大科技基礎設施規劃布局建議。提出國家技術經濟安全和培育經濟發展新動能的政策建議，推進相關高新技術的技術創新和產業化，組織重大示範工程。統籌戰略性新興產業和數字經濟發展，組織實施國家大數據戰略，銜接平衡信息化發展規劃和國家發展規劃。
(16)資源節約和環境保護司。制定並組織實施綠色發展相關戰略、規劃和政策，推進可持續發展戰略實施，承擔生態文明建設和改革相關工作。擬訂並協調實施能源資源節約和綜合利用、循環經濟政策規劃，提出能源消耗控制目標並組織實施。協調環保產業和清潔生產推廣。組織協調重大節能示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用。承擔國家應對氣候變化和節能減排領導小組的具體工作。
(十七)社會發展部。綜合提出並協調實施社會發展戰略、規劃和政策。協調社會事業和產業發展政策及改革重大事項。統籌推進基本公共服務體系建設。制定人口發展和應對老齡化的戰略、規劃和政策。
(十八)就業收入分配和消費部門。提出促進就業、調整收入分配和促進社會保障與經濟協調發展的戰略、規劃和政策建議，統籌推進收入分配制度和相關制度改革。提出並協調實施促進消費體制機制和擴大居民消費的政策措施。
(十九)經濟貿易司。監測和判斷國內外市場和外貿形勢，提出政策建議。承擔重要商品總量平衡和宏觀調控工作。擬訂糧棉糖化肥中央儲備計劃和總量計劃。擬訂現代物流業發展戰略、規劃和政策，協調流通體制改革的重大問題。
(20)金融與信用建設司。研究分析全社會資金平衡和財政金融體制改革情況。研究金融、貨幣政策與發展規劃、產業和區域政策的協調發展並提出相關建議。提出直接融資的發展戰略和政策建議，按照分工審核非上市公司發行公司(公司)債券。組織制定促進私募股權投資基金發展的政策措施，推動創業投資和產業投資基金的發展和制度建設。推進社會信用體系建設。
(21)物價部門。監測、預測和預警價格變化，提出價格調控目標和政策建議。推進重要商品、服務和要素價格改革。組織起草價格法規和政策草案。組織制定少數國家管理的重要商品和服務價格及重要收費政策，調整中央管理的商品和服務價格及收費標準。組織重點行業、重要農產品、重要商品和服務的成本調查，按規定承擔政府定價項目的成本監審。
(二十二)法規司。起草相關法律、法規和規章。承擔本機關相關規範性文件的合法性審查。承辦相關的行政復議和行政訴訟。按要求指導和協調招標工作。承擔整合建立統壹規範的公共資源交易平臺的相關工作。推進優化營商環境工作。
(二十三)國際合作司。承辦與外國政府有關部門、機構和國際組織的合作事宜。組織重要經濟對話相關工作，參與重大經濟外交活動，推進“壹帶壹路”國際合作，落實相關工作，協助推進重大涉外項目。進行國際經濟研究。
(24)人事部。承擔機關及直屬單位人事管理、機構編制、教育培訓、人才開發、勞動工資、績效管理等工作。
(二十五)經濟與國防協調發展司。組織制定促進經濟建設和國防建設協調發展的戰略和規劃，協調有關重大問題。協調和組織實施國民經濟動員。
(二十六)評價與監督部門。制定重大戰略規劃、重大政策和重大項目的評估和監督制度並組織實施，提出相關評估意見和改進措施建議。