第二十條傑出青年學者基金研究完成後，受資助人應當會同項目依托單位財務部門清理賬目，根據批準的資助項目預算如實編制資助項目決算，由項目依托單位科研管理部門和財務部門審核簽署意見並存檔備查。
項目依托單位科研管理部門根據審核後的項目經費決算表，編制項目經費決算表並簽署審核意見，於每年3月31前報送自然科學基金委。
第二十壹條經自然科學基金委員會批準中止和提前完成的項目，受資助者和項目依托單位應當及時清理賬目，編制項目配套經費決算，並納入項目依托單位決算。
第二十二條項目經費的管理和使用應接受上級財政部門、國家審計機關和自然科學基金委的檢查和監督。受贈單位和項目依托單位應積極配合，提供相關信息。
第二十三條項目依托單位應對項目經費進行不定期審計或專項審計。
第二十四條項目依托單位或個人違反本辦法和《傑出青年基金管理辦法》規定的，自然科學基金委員會將視情節輕重，采取減緩項目經費撥付、給予書面警告、通報批評、停止資助、追回已撥付經費、取消資助項目等措施。項目依托單位應對情節嚴重的相關人員進行處理，並追究其相應責任。
第二十五條自然科學基金委和財政部應當制定適合傑出青年基金特點的績效評價辦法，對項目實施情況和資金使用效率進行評價。
第二十六條自然科學基金委員會應當建立傑出青年基金項目庫，並按照規定進行管理。
第二十七條項目資金購置的資產屬於國有資產，其使用權和經營權屬於項目依托單位，必須納入項目依托單位的固定資產賬戶進行核算和管理。資產處置應當按照國家有關規定進行，防止國有資產流失。