2020年新農合住院報銷標準:(1)鎮衛生院報銷60%；(2)二級醫院報銷40%；(3)三級醫院報銷30%。
新農合起付線以上的合規醫療費用在5萬元以下(含5萬元)，支付比例為50%；5萬元以上至654.38+萬元(含654.38+萬元)，支付比例為55%；654.38+10萬元，60%。支付比例根據醫療費用水平確定。原則上醫療費用越高，支付比例越高，盡量減輕個人醫療費用負擔。
法律依據:關於建立新型農村合作醫療制度意見的通知。基金管理
農村合作醫療基金是由農民自願繳費，集體支持，政府出資的民辦社會基金。應當按照以收定支、收支平衡和公開、公平、公正的原則進行管理。必須專款專用，專戶儲存，不得挪用。
(壹)農村合作醫療基金由農村合作醫療管理委員會及其派出機構管理。農村合作醫療經辦機構應在管委會認可的國有商業銀行設立農村合作醫療資金專用賬戶，確保資金安全完整，建立健全農村合作醫療資金管理規章制度，合理籌集並按規定及時審核支付農村合作醫療資金。
(二)農村合作醫療基金中農民個人繳費和農村集體經濟組織扶持資金，原則上由農村合作醫療經辦機構在鄉(鎮)設立的經辦機構(人員)或委托有關機構按年收取，存入農村合作醫療基金專用賬戶；地方財政扶持資金由地方各級財政部門根據實際參加新型農村合作醫療的人數撥付到農村合作醫療基金專用賬戶；中央財政補助中西部地區新型農村合作醫療的專項資金，由財政部根據各地區參加新型農村合作醫療的實際人數和資金到位情況核定，撥付到省級財政。中央和地方各級政府要確保補助資金及時足額撥付到農村合作醫療基金專用賬戶，並通過新型農村合作醫療試點逐步完善補助資金分配辦法，盡可能簡化手續，便於操作。要結合改革和完善財政國庫管理制度，逐步實現財政直接支付。新型農村合作醫療資金的具體補助辦法由財政部商有關部門研究制定。
(三)農村合作醫療基金主要用於補助參加新型農村合作醫療的農民的大額醫療費用或住院費用。有條件的地方可以實行大額醫療費用補助和小額醫療費用補助相結合，既提高了抗風險能力又兼顧了農民利益。對參加新農合且年內未使用農村合作醫療基金的農民，安排壹次常規體檢。各省、自治區、直轄市要制定農村合作醫療報銷基本藥物目錄。各縣(市)要根據籌資總額，結合本地實際，科學合理地確定農村合作醫療基金的支付範圍、支付標準和金額，確定常規體檢的具體檢查項目和方法，防止農村合作醫療基金超支或結余過多。
(四)加強農村合作醫療基金監管。農村合作醫療機構應定期向農村合作醫療管理委員會報告農村合作醫療基金的收支和使用情況；采取張榜公布等措施，定期向社會公布農村合作醫療基金的具體收支、使用情況，保障參合農民的參與權、知情權和監督權。縣級人民政府可以根據當地實際，成立由政府有關部門和參加合作醫療的農民代表組成的農村合作醫療監督委員會，定期檢查和監督農村合作醫療資金的使用和管理情況。農村合作醫療管理委員會應當定期向監督委員會和同級人民代表大會報告工作，主動接受監督。審計部門應定期對農村合作醫療基金的收支和管理情況進行審計。