征繳環節關註應保盡保。
1.將醫療保險明細數據與工商、稅務數據、養老保險明細數據、住房公積金明細數據對比分析，檢查是否存在尚未參保或繳費基數不實的情況；
2.將低保戶、農村五保戶、城市“三無”人員、孤兒等人員信息與醫保參保人員信息對比分析，檢查是否存在特殊群體沒有參保或者參保沒有補助的情況；
3.延伸審計調查省管、市管單位以及個人醫療保險基金的繳納情況，檢查有無行業企業或機關事業單位仍未納入屬地職工醫保管理等。
管理環節關註基金安全。
1.審查征收機構或用人單位有無虛報參保人數套取上級補助資金等問題；
2.重點關註醫保經辦機構經辦人員有無違規審核報銷醫療費用或侵占醫保基金、相關人員有無利用審批藥品目錄等便利謀取私利和經辦信息系統的安全性等。
使用環節關註違規行為。
1.審查定點醫療機構有無因監控不嚴，造成病人掛床住院或冒名頂替住院的現象，是否存在濫開藥、濫檢查等不規範醫療行為，是否存在造假騙取醫療保險基金的違法行為；
2.審查定點零售藥店有無質次、價高、搭配銷售等損害參保人員用藥安全和利益的問題。三是審查各項醫療保險基金是否擴大範圍用於規定以外的醫療保險支出等。
保值增值環節關註效益。
1.檢查醫保經辦機構和財政部門利息收入憑證，將銀行提供的計息單與中國人民銀行公布的利率核對，分析是否執行了優惠利率；
2.檢查職工個人賬戶計息的準確性，檢查有無個人賬戶不計息或者未按優惠利率計息的問題；
3.檢查經辦機構與各商業銀行執行協議存款利率簽訂書面合同（協議），是否分險種、按政策計息，確保醫療保險基金的保值增值。