規定費用開支範圍，按照規定的開支標準和提存比例計算應計的費用，是保證水運成本核算準確性，按照不同的成本核算對象進行成本核算的第壹步。船舶運輸成本應計入的費用主要有：包括船員和管理部門職工的工資及按工資總額計提的工資附加費；包括船舶在內的生產和管理部門耗用的燃料、物料、低值易耗品、工屬具、勞保用品等費用以及外付的裝卸費、動力及照明費；按照規定提取的船舶和其他固定資產的基本折舊基金、修理基金及中小修理費用；船舶的港口費、貨物裝卸費及代理費；船舶海損、機損和運輸過程中發生的貨損、貨差等事故損失的賠償金；生產和管理部門發生的其他應計入成本的費用。
（1）費用項目的分類
水運成本核算的準確性，還決定於費用項目分類的合理性。為了研究和分析水運成本變動的情況及其原因，需要按照成本核算不同對象的要求，對費用項目進行合理的分類。最常用的分類方法主要有以下幾種。
（2）按費用的經濟性質分類
根據費用的經濟性質，船舶運輸生產的營運費用主要包括物化勞動和活勞動兩部分消耗所需費用。物化勞動消耗所需費用包括運輸生產耗用的燃料、材料、動力的費用，因使用各種固定資產而提取的折舊，以及其他各種物質消耗的支出；活勞動消耗所需費用包括支付給船員和職工的工資及工資附加費。按這種方法分類的各種費用項目為單要素費用，或稱營運費用要素，即不論費用發生的地點，也不論成本核算的對象，凡屬同壹經濟性質的費用，均作為壹個費用要素的費用。將上述各項費用按費用要素分類組織核算是成本核算的最簡單方法，它可以從總體上研究和分析各要素的消耗情況，研究營運費用的構成，就占比重較大的費用要素采取節約費用的措施，爭取盡可能大的經濟效益。
（3）按費用的經濟用途分類
根據費用的實際用途和發生地點進行歸類，是核算各項不同業務成本的基礎。按這種方法劃分的各種費用項目稱為成本項目。因此這種分類方法又稱按成本項目分類。航運企業可以將船舶運輸成本分為船舶費用和企業管理費兩個成本項目。其中船舶費用指船舶從事客貨運輸所發生的各項費用，包括船員工資、船員夥食費、工資附加費、燃料費、潤料費、材料費、船舶基本折舊、修理基金提存、保險費、港口費、貨物費、墊艙物料費、事故損失和其他費用等。不是直接發生於營運船舶從事的運輸業務，而屬於航運企業經營各項業務***同發生的費用，如職工的工資、辦公用房的基本折舊和其他辦公費用等歸集為企業管理費。營運費用按經濟用途分類，可以據以核算企業所經營各類業務的成本,既便於研究分析成本升降的具體原因,尋求節約營運費用的途徑，也為制定費率（如運價）提供必要的依據。
（4）按費用計入成本核算對象的方法分類
營運費用按計入成本的方法可分為直接費用和間接費用，或稱直接成本和間接成本。直接費用指從事某種業務作業時直接發生的，可以直接計入而不需要通過分配方法計入成本核算對象的費用；間接費用指為進行幾種業務而***同發生的只有按照規定的分配方法和分配標準，經過分攤才能分別計入各成本核算對象的費用。在以各個營運船舶為對象核算單船成本時，所有的船舶費用均可按照費用發生地點，直接計入每壹單船成本，這些都是直接費用，而企業管理費則是經營各營運船舶***同發生的費用，只能通過壹定的分配方法，分配計入各單船成本，所以屬於間接費用。
營運費用按計入成本核算對象的方法分類的主要目的在於盡可能使各種費用計入應計入的成本核算對象中，以求正確反映成本水平，有的放矢地尋求降低成本的途徑。
（5）按費用與產品產量的關系分類
營運費用按其發生數額與產品產量的關系可分為固定費用和變動費用，或稱固定成本和變動成本。固定費用是指在壹定時期內，其數額與產品、產量、航線等沒有直接關系的費用；變動費用是指在壹定時期內，費用總額與產品、產量、航線等有直接或壹定比例關系的各項費用。當核算船舶航次成本時，船舶固定費用包括船員工資、船員夥食費、航行津貼、工資附加費、潤料費、材料費、船舶基本折舊費、修理基金提存、保險費和其他與產品、產量（客貨周轉量）無直接關系的費用，而船舶變動費用包括燃料費、港口費、貨物費、墊艙物料費等。劃分固定費用和變動費用既有利於成本分析，也便於在航次租船中就具體航次估算運價。此外，還易於探索降低成本的方向和途徑。比如固定費用與產量等因素變動的關系不大，因此，降低這部分費用，主要應該在節約支出的絕對量方面采取措施;變動費用因與產量的變動有直接關系,因此，降低這部分費用，主要應從提高船舶和港口的工作效率方面著手，同時采取措施降低各種消耗定額。