(壹)農牧民繳費標準不應低於每人每年10元，農牧民自籌部分由蘇木鄉鎮人民政府和村民委員會統壹籌集。對於無經濟能力繳納合作醫療資金的農牧民五保戶和貧困戶，經個人申請，通過審核、批準程序，可利用醫療救助資金資助其參加合作醫療。
(二)鼓勵社會團體和個人資助合作醫療，有條件的鄉村集體經濟組織要對本地區合作醫療給予適當扶持。
(三)自治區各級財政對參加合作醫療的農牧民給予每人每年10元資助，原則上按照4∶3∶3的比例分別由自治區、盟市、旗縣三級財政承擔。
第十三條 合作醫療基金是由農牧民自願交納、集體扶持、支付資助的民辦社會性資金，要按照以收定支、收支平衡和公開、公平、公正的原則進行管理，必須專款專用、專戶儲存，不得擠占挪用。
第十四條 旗縣合作醫療辦公室應在合作醫療管理委員會認定的國有商業銀行設立專用帳戶，統籌管理合作醫療基金。建立健全合作醫療基金管理規章制度，按照規定合理籌集，及時審核支付合作醫療基金。同時，結合財政國庫管理制度改革及完善情況，逐步實現財政直接支付。
(壹)農牧民個人繳費和蘇木鄉鎮集體經濟組織的扶持資金，由蘇木鄉鎮設立的派出機構(人員)或委托機構，負責按年匯集繳入旗縣合作醫療基金專戶。
(二)盟市、旗縣財政根據參加合作醫療實際人數，分別將政府支持資金按時足額劃撥旗縣合作醫療管理基金專用帳戶。
(三)中央和自治區財政補助旗縣合作醫療的專項資金，由自治區財政根據各地區實際參加人數和各級人民政府支持資金到位情況核定，及時劃撥盟市級財政。
第十五條 合作醫療基金的使用實行大額醫療費用補助為主、小額醫療費用補助為輔的辦法，既提高農牧民抗風險能力，又兼顧農牧民受益面。
第十六條 合作醫療基金由大病統籌基金和家庭帳戶基金兩部分構成，個人繳納部分計入家庭帳戶，財政補助部分按壹定比例劃入家庭帳戶。具體劃入比例，由各地區自行確定。大病統籌基金是除家庭帳戶以外部分，加上基金儲蓄利息。
第十七條 合作醫療實行“壹戶壹證”制。農牧民參加合作醫療，應進行註冊登記，以戶為單位辦理《合作醫療證》，持證到合作醫療定點醫療保健機構就診。家庭帳戶基金主要用於在定點村衛生室、蘇木鄉鎮衛生院就醫的門診醫藥費用，超支不補，結余轉下年繼續使用；大病統籌基金主要用於在定點蘇木鄉鎮衛生院、旗縣以上醫療保健機構就醫的住院醫藥費用。
第十八條 旗縣人民政府根據籌資總額及相關政策規定，結合當地實際，合理確定大病統籌基金的支付範圍和支付標準。在此基礎上，根據以收定支、收支平衡的原則，按照當地人均年收入或住院醫療費支出平均水平，具體制定統籌基金的起付標準、最高支付限額以及在起付標準以上最高支付限額以下的個人負擔比例。對壹年內多次住院的，起付標準可依次降低。在制定個人負擔比例時，對60歲以上人員給予適當照顧。起付標準以下的住院醫療費用，從家庭賬戶中支付或由個人自付；起付標準以上最高支付限額以下的住院醫療費用主要從大病統籌基金支付，個人也要負擔壹定比例。既要重點解決農牧民大病住院的費用補助，又要保證多數農牧民得到實惠，同時防止合作醫療基金超支或過多結余。
第十九條 各級合作醫療經辦機構要建立健全財務會計制度、預決算制度和內部審計制度，加強對合作醫療基金的管理和監督，及時掌握和分析基金收支情況，建立合作醫療基金超支預警報告制度，定期向管委會匯報並向社會公布基金收支使用情況。