交大建築系學科主要研究方向包括：創新的建築設計理論和方法研究，建築節能技術研究，集約型城市規劃技術研究，建築與城市遺產保護更新研究等。
交大建築系近5年獲得多項重要科研項目，其中包括：國家自然科學基金項目，國土資源部、住房與城鄉建設部重點項目，建設部“十壹五科技支撐計劃”課題，教育部人文社科項目，教育部留學回國人員科研啟動基金項目，上海市科學技術委員會資助項目，上海市文物管理委員會資助項目等。
2008年以來交大建築系承擔的主要科研課題（按啟動時間排序）： 2013-2017，國家自然科學基金重點項目“民用建築室內熱環境設計與評價指標體系研究” 2013-2016，國家自然科學基金“城市變遷中基於敘事視野下的記憶場所保護理論” 2013-2014， 上海高校本科重點教學改革項目“跨學科交叉互動，探索建築學本科教育新體系” 2012-2015，國家自然科學基金面上項目“基於超聲霧化的液體除濕空調系統研究” 2012-2017，國家“十二五”科技支撐計劃課題“室內健康環境表征參數及評價方法研究” 2012-2014，國家自然科學基金青年項目“基於醫學生理學的空調環境下人體睡眠質量研究” 2011-2013，上海市浦江人才計劃基金“場所敘事：都市空間的文化表征路徑與策略研究--以上海濱江歷史地段為例” 2010-2012，上海市國際科技合作基金項目“室內環境對人員工作效率的影響研究” 2010-2012，國家自然科學基金項目“快速城市化下的農村居住環境轉換及空間結構模型” 2010-2012,Co-founded project of The University of Michigan–Shanghai Jiao Tong University”Largepanel integrated light transmitting and solar energy harvesting fa?ade systemsfor net zero energy efficient buildings” 2009-2012，國家自然科學基金重點項目子課題“建築熱環境對人體熱舒適影響的醫學生理研究” 2009-2011，國家自然科學基金面上項目“室內環境下人員工作效率的評價” 2008-2010，住房和城鄉建設部重點項目“APEC建築師進入中國建築市場及執業資格審查的研究” 2008-2010，上海市科學技術委員會軟科學項目“工業遺產再利用的國際經驗及對上海的借鑒”， 2008-2012，教育部人文社科項目“城市更新中碼頭遺產及其濱水區的再生研究” 2008-2010，國家自然科學基金資助項目“風與大跨輕型空間結構流固耦合作用問題的研究與應用” 2008-2012，國土資源部試點城市項目 “廣西柳州市土地利用現狀與潛力調查”、“廣西柳州市高新技術產業開發區土地利用現狀與潛力調查”、“廣西柳州市陽和開發區土地利用現狀與潛力調查” 2008年以來，交大建築學系的學科建設堅持爭創壹流、實現跨越式發展的方向，在教學、科研等方面，均取得了長足發展。教師的設計、美術等創作成果，先後獲得多項獎勵，贏得廣泛贊譽。學術論文、論著，也有多項在專業領域產生了重要影響。
近5年所獲重大獎勵： 2012 上海市第11屆哲學社會研究成果壹等獎，陸邵明 2012 上海交通大學優秀教學成果壹等獎，範文兵、趙冬梅、劉小凱、劉士興、杜春宇 2012 中國建築學會2012年年會優秀論文獎，陸邵明 2011 徐匯中學崇思樓，2011年度全國十大文物維修工程，曹永康 2009 上海市第四中學啟明樓（崇德樓）維修加固工程，2009年上海市優秀勘查設計二等獎，曹永康 2008年以來，交大建築系貫徹產、學、研相結合原則，生產實踐方面亦取得不俗成績，研以致用服務地方建設，在國內外承擔了數十項建築與規劃項目的公開招標和委托設計。 2007/12 河南省鄭州市圖書館（市民文化中心）規劃建築方案 2008/05 河南省鄭州市檔案館建築設計方案 2008/07 新西蘭達尼丁市蘭園設計 2008/09 浙江樂清雙秦景區規劃設計 2008/10 四川都江堰青城山天師洞震後搶修設計 2008/10 上海董家渡商船會改造及周邊地區更新城市設計 2009/02 上海市閔行區雕塑總體設計 2009/08 杭州香積寺建築設計 2009/08 江蘇省常州市武進太湖灣數字狂歡谷大劇院立面設計 2010/05 柳州開元寺建築設計 2011/06 山東海陽熙湖·藍海項目方案設計 2011/08 黃檀硐古村落整治規劃 2011/12 《相約五十年》版畫藝術展覽 2012/02 廣西鹿寨縣小河屯發展規劃及核心區修建性詳細規劃 2012/03 廣西北海市濱海新區規劃設計 2012/03 江蘇省溧陽市南山景區旅遊總體規劃 2012/03 《時代的邊上》當代藝術展覽 2012/04 廣西鹿寨縣導江鄉發展規劃設計 2012/04 廣西百色市商務辦公區設計 2012/05 浙江省長興縣綜合交通規劃 2012/07 廣西融安縣中學教育集中區修建性詳細規劃 2012/09 《好藝術》上海女藝術家烏克蘭展覽； 2012/10 安徽銅陵綠源大市場規劃與建築設計 2012/12 銅陵職業技術學院圖文信息中心室內設計 2013/02 上海交通大學轉化醫學中心設計方案