在20世紀50年代，他開創了中國晚期血吸蟲病的外科治療，為數百萬患者開辟了道路。20世紀70年代，他主持了門靜脈高壓癥的外科治療。手術時間縮短了3小時，治愈率提高到80%以上。這壹成果獲得了首屆全國科學大會獎。上世紀80年代，他主持建立了中國第壹個器官移植機構，並牽頭開展器官移植研究。他主持的肝移植壹直保持著“手術數量最多”和“存活時間最長”兩項全國紀錄。他改良的胃大部切除術，在胃腸吻合前縫合胃粘膜下層的血管，大大減少了術後吻合口處的出血；改變了國外切除胃體積75%以上的舊規則，切除部分僅略超過50%。術後患者無胃輕癱癥狀，潰瘍不復發，遠期效果滿意。
1960年在胃底環紮術和胃底橫斷術的基礎上，1972年開創了獨特的賁門周圍血管離斷術，成為治療晚期血吸蟲病肝硬化門脈高壓和食管靜脈曲張出血的全新斷流術，並在國內廣泛應用。改進了20多種新的手術方法。
他被認為是外科全才。他開創了許多新的外科手術方法，稱為“邱派”，邱法祖改進了20多種外科手術。突出的有:局麻下甲狀腺次全切除術、胃次全切除術、門靜脈高壓癥的外科治療等。近10年致力於膽汁流體力學和膽結石成因的研究。在他的具體領導下，“體外培養牛黃”是從體外的牛膽汁中研制出來的，已被批準為國家壹類新藥，並開始生產。發表醫學論文200余篇，主持編寫醫學教材40余本。
邱發祖，夏穗生。膽總管與十二指腸吻合術的探討。中華外科雜誌，1955，3:351。
陳CS。日本血吸蟲病，結核，非手術治療。z Chir，1953，78: 1985
邱發祖，夏穗生，戴誌本。脾腎靜脈吻合術的體會。中華外科雜誌，191，9: 827。
邱發祖。進壹步探討門靜脈高壓癥食管靜脈曲張大出血的外科治療。中華外科雜誌，1981，19: 193。
邱發祖。門靜脈高壓癥並發上消化道出血治療的再評價。實用外科雜誌，1990，4: 195。
教材編寫
邱發祖，ed。普通外科。北京:人民衛生出版社，1973。
邱發祖，ed。手術。版1，北京:人民衛生出版社，1979；第三版，1989；第四版，1995
吳階平，邱發祖，主編。黃甲手術。第4版，北京:人民衛生出版社，1986；第五版，1991
邱發祖、張主編。中國醫學大百科全書基礎外科。上海:上海科學技術出版社，1987。
曾憲九，攻法祖，主編。中國醫學大百科全書普通外科。上海:上海科學技術出版社，1989。
學術期刊
1980年創辦中國第壹本器官移植雜誌《中國器官移植雜誌》，並任主編。
創辦《中國實驗外科雜誌》
發起同濟醫科大學與施普林格出版社合辦《德國醫學》中文版，並擔任主編。原版雜誌由德國提供，中國翻譯編輯，是中國高校與外國合辦的第壹本雜誌。
曾任《中華外科雜誌》副主編，《腹部外科》主編，《同濟醫科大學學報》(英文、德文版)主編，《德國醫學》(中文版)主編。邱發祖是臨床醫生，但他把大部分精力花在醫學教育上。在擔任醫學院校醫學專業教材編委會主任委員的22年間，主持編寫了以五年制醫學教材為主體的50余種醫學教材。國內的外科醫學主流教材都是他策劃組織的。
邱發祖也是壹位傑出的醫學教育家。他總結出壹套獨特嚴謹的因材施教、因材施教的教學方法。他還善於識別和培養人才。在他的學生中，有壹大批已成為我國醫學外科的骨幹，包括國內外著名的肝臟外科醫生吳院士、斷肢再植第壹人錢太清教授、後起之秀外科醫生魏加寧等。為了培養青年人才，邱發祖在90大壽前夕捐出了自己之前的全部資金* * * 1.4萬元，成立了邱發祖普外科醫學青年基金，獎勵在普外科領域做出突出成績的45歲以下的青年。
、秦、吳、吳在德、鄒勝全、龔建平、戴、、錢雲清。