弗蘭克在1950被提升為國家醫學科學研究所寄生蟲學部主任，在這個學術領域享有盛譽，他的家人搬到了赫特福德郡的聖奧爾本斯。在那裏，霍金斯被視為壹種行為古怪的高級知識分子。他們非常喜歡看書，每個人都愛不釋手。即使在用餐時間，來訪的客人也經常會觀察全家人壹邊默默吃飯壹邊看書。他們過著簡單的生活。雖然他們的房子很大，但缺乏維護。交通工具是改裝的倫敦出租車。霍金患有壹種不尋常的早發型和慢發型肌萎縮側索硬化癥，俗稱漸凍癥。幾十年來，由於這種疾病，他的身體慢慢癱瘓了。這種疾病始於霍金在牛津大學的最後壹年。這時候他發現自己的動作越來越笨拙，經常無緣無故摔跤，劃船也越來越難。有壹次，他從樓梯上摔下來，頭先著地，造成輕微的暫時性失憶。在劍橋大學，情況變得更糟，他的講話有點含糊不清。霍金的父母也註意到了他的健康問題，並帶他去看專家。21歲時，醫生診斷他患有肌萎縮側索硬化癥，他只有兩年可活。然而，兩年過去了，他仍然活著。奇怪的是，他的病情惡化逐漸減緩。
不知道為什麽，到了20世紀60年代末，霍金的身體狀況又開始惡化，走路和行動都要借助拐杖，無法再定期授課。隨著霍金逐漸失去寫作能力，他開發了壹種替代的視覺方法。他在頭腦中形成了各種心智模式和心智方程式，他可以利用這些心智元素來思考物理問題。物理學家沃納？伊斯雷爾說，霍金的思維過程就像莫紮特僅憑想象寫出了壹首獨特的交響曲。
霍金不想向邪惡的疾病低頭，甚至不想接受任何幫助。他喜歡被認為是科學家，然後是科普作家，最重要的是，被認為是壹個和別人壹樣有欲望、有動力、有夢想、有抱負的正常人。傑恩後來說，“有人稱之為決心，有人稱之為固執，我以前在很多場合都稱之為既果斷又固執。”上世紀90年代末，經過不斷勸說，霍金同意使用輪椅。後來他所有的朋友都知道他是壹個危險的司機，他經常肆無忌憚地沖過馬路，好像他認為自己有優先權。霍金很受歡迎，很有幽默感，但壹些同事因為他的疾病和他在學術研究中的不禮貌態度而選擇與他保持距離。
霍金的言語功能逐年下降。到了20世紀70年代末，只有他的家人或密友能理解他。為了和別人交談，他必須依靠翻譯。在霍金的辦公樓門口，沒有供輪椅使用的殘疾人坡道，劍橋大學也不願意支付修建殘疾人坡道所需的資金。因此，霍金與劍橋發生爭執，他和妻子* * *共同發起了壹項活動，敦促劍橋改善殘疾人設施。然而，霍金對於扮演殘疾人權利代言人的態度通常是曖昧的。壹方面，他想幫助殘疾人，另壹方面，他想把自己從殘疾和隨之而來的挑戰中分離出來。他的態度引起了壹些批評。
霍金在1985訪問CERN時，感染了嚴重的肺炎，不得不使用生命支持系統。由於病情危急，醫生問簡是否應該停止生命維持系統的運作。簡的答案是“不”，替代方案是霍金必須接受氣管切開術。這個手術可以幫助他呼吸，但是會讓他不能再說話。手術後，霍金在重癥監護室休養壹段時間後被允許出院，但需要24小時護理，費用非常昂貴。雖然NHS可以支付養老院的費用，但賈恩決定帶霍金回家。當索恩得知霍恩的病情後，他建議他們向朋友默裏·蓋爾曼尋求幫助。當時，諾貝爾獎得主蓋爾曼是麥克阿瑟基金會的壹名董事，該基金會慷慨承諾承擔所有醫療費用。簡請了三個班的護士輪流照顧霍金，其中壹個是伊萊恩？梅森後來成為霍金的第二任妻子。
霍金再也說不出話來，只好用特殊的方式傳達信息。另壹個人壹手拿著字母卡，另壹只手用食指壹個字母壹個字母地指著。當他指向霍金想要的字母時，霍金會揚起眉毛，這樣他就可以慢慢拼寫出整個單詞。後來，計算機專家沃爾特·沃特斯給了他壹個名為“赤道”的程序，讓他在屏幕上選擇單詞、詞或字母。Equality擁有2500-3000字左右的詞匯量，內置語音合成器。平等最初是在臺式電腦上執行的，護士伊萊恩的丈夫大衛？梅森是壹名電腦工程師。大衛在霍金的輪椅上架設了壹臺小型電腦，並在這臺小型電腦中安裝了等號。這樣，霍金就不再需要有人做他的翻譯了。霍金高興地說，“我現在可以比失去言語功能前更滿意地傳達信息了。”霍金仍然可以稍微控制他的手來打開開關，每分鐘給出大約15個單詞。每次演講前，他都會提前準備好講稿，然後用語音合成器發布內容。有些人認為語音合成器發出的聲音帶有美國或斯堪的納維亞口音。霍金曾希望換成英國口音，但後來習慣了，以為是自己的聲音。
霍金的健康狀況仍在慢慢惡化。2005年，他開始利用臉頰肌肉的運動來控制他的通訊設備，每分鐘可以輸出壹個單詞左右。因為這種疾病很可能導致閉鎖綜合癥，霍鄭錦和神經學家們開發了壹種新系統，可以讓計算機把他的腦電波模式翻譯成文字。2009年，他已經無法獨立駕駛輪椅，呼吸也越來越困難。他經常需要人工呼吸器，有幾次嚴重到需要去醫院治療。霍金在劍橋大學研究生院讀書時，在1963年的新年聚會上認識了準備進入倫敦大學的傑恩·懷爾德。她被霍金的幽默和獨立個性所吸引。當時，霍金的身體出現了逐漸冷凍的癥狀，盡管尚未確診。由於沒有治愈漸凍癥的方法，患者通常只能活兩到三年，然後因肺炎或呼吸肌衰竭而窒息死亡。1964 10月，霍金和傑恩文結為終身伴侶。霍金後來說，這改變了他的生活，給了他活下去的動力。傑恩覺得她想找到自己存在的目的。她猜測目的應該是為了照顧霍金。不管怎樣，他們已經相愛並結婚了。這件事似乎別無選擇。她只是決定這樣做，她做到了。第二年，他找到了壹份研究員的工作，在那裏這對年輕夫婦完成了他們的婚姻。結婚第壹年，為了完成學業，賈恩不得不在工作日住在倫敦，周末和霍金聚在壹起。幾經周折，他們在應用數學和理論物理系大樓附近租了壹間房子，霍金每天只需走壹小段路就能到達辦公室。他還買了壹輛三輪機動車，可以開到劍橋附近鄉下的天文研究所。Jain畢業於1966。為了證明自己的智力能力，為自己設定人生目標，她決定繼續在倫敦大學攻讀博士學位，專門研究和評論中世紀西班牙古籍。第二年，霍金的長子羅伯特出生了。後來第二個孩子露西生於1969，第三個孩子蒂莫西生於1979。
霍金很少談論他的疾病和身體殘疾，即使和賈恩在壹起，他也很少談論這些困難。由於行動不便，全家人幾乎都要依靠賈恩來處理每壹個細節，這樣霍金才會有更多的時間去思考身體問題。從65438年到0974年，霍金受雇於加州理工學院做研究。為了減輕負擔，賈恩提出找壹個研究生或者博士後來幫忙照顧霍金的日常生活，讓賈恩有更多的休息時間。他們找到了研究生伯納德·卡爾(Bernard Carr)，跟隨他們去加州帕薩迪納做研究。他們在那裏度過了愉快而富有成果的壹年。
Jain於1977年2月加入聖馬可教堂唱詩班。在那裏，她遇到了管風琴手喬納森·瓊斯。漸漸地，瓊斯離霍金斯越來越近了。到1980年中期，簡和瓊斯發展了壹段浪漫的友誼。簡曾透露，丈夫勉強接受了這個現實:“他不會反對，只要我持續愛他。”當時，簡和瓊斯決定不讓這個脆弱的家庭破裂。很長壹段時間，他們只是努力維持著彼此之間純粹的友誼關系。
多年來，照顧霍金病情和日常生活的護士和助手不可避免地侵入了他們的家庭生活，讓賈恩無所適從，霍金和賈恩的婚姻關系也日益緊張。他的明星身份對家庭成員和學校同事來說都是壹個挑戰。在1980的後半段，陪伴霍金出國旅行的人往往是護士伊萊恩·梅森，他們開始互相喜歡，霍金讓伊萊恩盡量陪著他。伊萊恩個性很強，她盡力保護自己與霍金的親密關系。霍金的家人，其他護士和護理員都對她很有意見。
最後，霍金和賈恩結婚快25年，終於觸礁了。1990年，霍金和賈恩分開了。1995年春天，霍金正式與賈恩離婚。4個月後，他和伊萊恩結婚時，高興地說:“太好了，我已經和我愛的人結婚了”。傑恩嫁給了瓊斯。她在1999出版了回憶錄《移動的星星的音樂》，描述了她與霍金婚姻破裂的原因。難以言說的波折，立刻在大眾媒體上引起轟動。像他處理私人生活的壹貫方式壹樣，霍金沒有做出任何公開回應，只是說他從來不讀關於自己的傳記。
霍金再婚後，家人很少有機會見到他。他們懷疑霍金可能被濫用。2004年初，媒體報道霍金被第二任妻子虐待，立即在全球引起轟動。為此，霍金在病床上發表聲明，指稱該消息不實，並表示，“我全心全意、堅決地駁斥我被虐待的說法。媒體報道純屬虛構，有些人散布這樣的假消息，我很失望。.....我和我妻子相愛了。因為她，我今天還活著。我請求媒體尊重我的私生活，讓我專註於病愈。”然而，霍金身上有許多神秘的傷疤，手腕骨折在他的臉上和嘴唇上有很深的切口。同年3月，英國警方正式向霍金詢問相關情況，並詢問了此前照顧霍金的護士，要求提供信息。但由於霍金不願意提出控訴，警方最終不得不結束此案。2006年夏天，64歲的霍金與第二任妻子伊萊恩辦理了離婚手續，結束了他們11年的夫妻共同生活。霍金與賈恩相處融洽，再次與兒孫享受天倫之樂。為了反映這壹快樂時期，賈恩編輯了他以前的著作《移動的星星的音樂》，刪除了許多令人不快的敘述，代之以對未來充滿希望的陳述，並出版了《流浪到天涯海角》壹書。