1，社會保障體系不夠完善，造成制度障礙。由於全國社會保障體系還處於建設過程中，特別是受城鄉二元結構的影響，還遠未完善，城鄉社會保障體系也處於二元分割狀態。社會保障項目在保障模式、管理體制、保障水平等方面存在巨大差異。這些差異必然帶來諸多制度性障礙，造成結構嚴重失衡、功能嚴重扭曲，成為統籌城鄉社會保障制度的最大桎梏，而這些差異。
2.社會保障體系不完善，存在制度缺陷。中國的社會保障體系建立時間不長，是壹個從無到有逐步完善的過程。許多系統仍在探索過程中，還遠未完善。不僅整體制度框架不完善，很多項目的制度建設還不夠，特別是各個項目之間的制度協調不夠。
3、社會保障管理體制不順暢，導致機制不靈活。目前，我國社會保障管理體制的現狀是分散管理、多策並舉，未能完全形成統壹協調的管理體系。
4.責任不清，導致投入不足。國家財政對社會保障的投入不足，社會保障改革遇到的資金短缺，國有企業破產改制遺留的問題，中央、地方、企業在社會保障投入上的利益之爭，原因是多方面的，但最重要的因素是責任不清、責任模糊，尤其是資金投入的財政主體責任不清。
我國社會保障管理存在的問題及改進措施：
1.優化社會保障模式，完善社會保障體系。優化社會保障模式的關鍵是強化政府財政責任，提高社會保障能力。要建立健全科學的社會保障投入分擔機制和過渡成本補償機制，在充分考慮市縣財力的基礎上，合理確定各級政府在社會保障投入中的責任。在多渠道籌集社保費用的基礎上，中央和省級政府要為社保基金承擔更多的責任和義務。
2、完善社會保障法律和政策，健全社會保障體系。國家應加強社會保障制度的頂層設計，加快社會保障法制建設，完善社會保障法律法規。在監督《中華人民共和國社會保險法》和國家有關政策法規實施的同時，抓緊研究制定與《社會保險法》相配套的社會保障項目相關的相應法律法規，妥善解決現行社會保障制度“碎片化”問題，實現各項制度的銜接和統壹。
3.優化社會保障管理體系，提高管理水平。目前，我國社會保障管理體制專業化水平低，管理層級過多，部門分割明顯，基層管理水平和效率較低。
1)，應建立和發展專業管理機構。
2)按照建設高效政府的要求，理順關系，整合機構職能並合並，明確和強化相關部門職責，推動建立自下而上、統壹高效、規範有序的社會治安綜合治理體系。比如可以把新農合和城鎮居民醫保管理機構結合起來，建立統籌城鄉的醫療運行機構；社保經辦機構要調整職能，優化工作流程，減少登記、征繳、核查等關鍵環節的社保重復，提高工作效率。
3)在專業化和綜合性的基礎上，減少管理層次。
4.加強資金監督管理，提高管理效率。要加強對社會保障基金籌集、管理和使用全過程的監督，確保基金的安全、完整和效益。