附中前身為贛縣初級中學，於民國二十九年建校（1940），至今已有六十九的歷史，由蔣經國先生兼任校長，地點位於距城十五裏外的水西鄉善邊村的回龍古廟。
經郭宗珪先生、洪長銘先生、楊毓棻先生三位先生的苦心經營後，學校已初具規模。民國三十二年（1943），學校加設高中部及簡師科，已初為完全中學。
民國三十四年（1945），贛州光復，學校由縣屬遷回城內，由教育科長湯馬偉先生擔任校長，並撥劃城北的愛蓮書院（今贛州七中北區校園內）為校址,附中自此奠基。
民國三十六年（1947)，專任教師增至24人，兼職教師增至9人，職員12人，學生人數也由500余人增至800余人，班次由9個班增至15個班。由於學生人數激增，學校便把高中部遷往西外的鹽務新村上課。
1949年8月14日贛州城解放，10月，贛縣縣立中學與私立知行中學合並，成立贛州市市立中學，校址設東溪寺（原贛五中內），市長夏駿青兼校務委員會主任委員，朱輪兼任學校校長。
1952年，學校易名為贛州市第二中學（簡稱贛二中）。
1957年5月，學校分出壹部分班級成立贛州市第二初級中學（1959年易名贛州市第五初級中學）後，校址遷至贛州市青年路中段北側。（今贛州三中北校區內）
1958年6月，贛南師專創辦，次年7月，為了適應師專辦學的需要，經贛南行政區公署批準增設附屬中學，將贛州二中改為贛南師專附中，從贛州市青年路遷入贛南師專中師部原址（今贛南紡織廠內）。
1960年3月，經江西省人民委員會批準，贛南師專升格為贛南師院，贛南師專附中相應更名為贛南師院附中。
1962年8月，贛南師專撤並，停止招收新生，只負責培訓中學教師。
1963年6月，贛州專署發出《關於改變贛南師院附中名稱及領導關系的通知》，決定將贛南師院附中改為贛州市第八中學，由贛州市人民委員會直接領導。
1964年4月，贛南師院恢復招生，學院改名為贛南師專。10月，省教育廳批復，為了便於贛南師專試行半工半讀，同意將南康潭口初中改為贛南師專第壹附中，將原贛州市第八中學改為贛南師專第二附中。
1966年5月，經江西省教育廳同意，將贛南師專第二附中劃回贛州市，復名贛州市第八中學。
文化大革命初期，學校易名為紅旗中學。
1969年初，贛州市第八中學遷入贛南師專校內。
1974年5月，國務院批準恢復贛南師專。
1978年8月，贛州地委決定，贛南師專從9月1日起劃歸地委領導，贛州市第八中學從贛南師專遷入原贛州師範附屬小學內（今附中南園校址），兩校合並，定為贛南師專附屬學校，學校設立小學部。
1984年4月，經國家教育部批準，贛南師專升格為贛南師院，贛南師專附屬學校也易名為贛南師院附屬學校。
1990年開始，贛南師院附屬學校分為附屬中學和附屬小學，附屬小學由附屬中學統壹領導、管理。
2007年9月，附屬小學壹年級停止招生。
附中大事記 1977年恢復高考以後，由於當時學校與贛州師範學校附屬小學合並，辦學規模迅速擴大，由20多個班増至40多個教學班，但此時小學部的規模仍比較大，每個年級均在4—6個班左右，初中則每個年級4個班，雖然其間高中辦學規模較小，每個年級才4—5個教學班,但高考成績十分優異：
1984年，高三學生邱強參加全國第壹屆中學生物理競賽第二試成績居全省首位，在北京參加第三試後為北京大學免試提前錄取。
並學校仍先後有四人進入北大或清華：
廖文根（78屆學生，清華大學）
劉雲（84屆學生，清華大學）
劉經鴻（85屆學生，清華大學）
羅序昆（87屆學生，清華大學）。
1995年，在校長、書記陳正如的努力下，從省教育廳爭取到“邵逸夫教育基金”80萬港幣，建成了學校教學大樓“逸夫樓”，1998年正式投入使用，從而大大改善了學校的辦學條件，並伴隨著“逸夫樓”周邊環境的整治、優化，校容校貌煥然壹新，至此學校從根本上解決了“壹無兩有”（無危房、有教室、有課桌櫈）的辦學問題。
2002年6月，贛南師院面向全國招聘附中校長，張敏生同誌（原信豐中學書記，主持工作）脫穎而出，並於2002年9月被贛南師院聘為附屬中學校長。張敏生校長主持學校工作以來，開拓創新，銳意進取，在辦學模式上走出了壹條“英才+特長+合格”的特色之路，興辦了“小班制研究性學習班”；在人事管理上，大膽改革，推行“三級聘用制”（校長聘用年級組長、年級組長聘用班主任、班主任聘用課任教師），大力優化教師資源；在教育教學管理上，極力推行“量化管理”，實行德育“兩個量化”管理（《班務工作量化考核辦法》、《學生個人德育量化考核辦法》）和教學“兩個量化”管理（《教學常規量化考核辦法》、《教學終端量化考核獎勵辦法》），使校風、學風、教風有了長足的進步；在校園建設方面，隨著2002年10月學校被江西省教育廳列為“江西省重點建設中學”後，為適用其創建的要求，學校要求贛南師院把其原專科部（位於水西鎮聯三村）提供給附中辦學使用，2003年9月，贛南師院附中北園掛牌正式招生（高壹年級），並聘任學校副校長謝本梓為北園執行校長。至此，學校便分為南園和北園兩個校區。
在校學生達3000多人，班級數由原12個班增至40個班，高中部學生人數增至2000余人，特別是學校的高考升學率迅速攀升，在同類學校中脫穎而出，期間學校***培養出大學生（二本以上，含音體美特長生）***343人（其中2003年36人、2004年43人、2005年76人、2006年103人、2007年85人）。
2005年至2008年，我校兩個狀元、五個北大”，震撼了贛南大地。他們為：
羅思傑（2005年考取北京大學，贛州市理科狀元）
張薇（2005年考取北京大學）
羅米拉（2006年考取北京大學）
謝龍（2007年考取北京大學，贛州市理科狀元）
楊和敏（2008年考取北京大學）