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時間是1979。邁克爾七十多歲了。政府對他罪行的不斷追捕，讓他產生了棄惡從善的想法。他向家族提議停止開設賭場，將財富集中在合法生意上。
邁克爾的兒子托尼正在大學學習法律，但他不想當律師，而且他熱愛歌劇藝術，邁克爾決定讓長兄桑尼的私生子文森特繼承家業，成為第三代教父。文森特是個很有心計的人。他對邁克爾百依百順，所以很受他的歡迎。但他也是個好色之徒。他壹方面與女記者幽會，壹方面追求教父的女兒瑪麗。但邁克爾不允許文森特娶他的女兒，因為黑手黨的教規禁止壹個人自己的婚姻。因為這個原因，瑪麗和她父親之間產生了矛盾。雙方疏遠了。
為了救贖自己的靈魂，邁克爾想把非法所得的資產轉移到歐洲，在晚年合法化。他通過他在梵蒂岡的關系網實施了這個計劃。當梵蒂岡銀行遭遇巨額赤字時，邁克爾認為機會來了。
邁克爾同意向梵蒂岡銀行註資時，要求獲得梵蒂岡銀行控制的歐洲房地產集團的控制權。看臺的控制者魯加西和大主教欺騙了邁克爾，拿了錢不肯放棄看臺，並試圖暗殺邁克爾。
為了消滅最後幾個敵人，邁克爾派人去紐約和西西裏追蹤他們。然而，當他和歸來的妻子凱壹起觀看兒子托尼表演的歌劇時，壹場血腥的屠殺發生在他身邊。新教皇被暗殺了。壹群持槍歹徒湧入歌劇院。邁克爾在槍火中幸存，但他的女兒卻因意外受傷而死亡。權力讓邁克爾登上了榮耀的巔峰，但權力也讓邁克爾陷入了罪惡的深淵。他終於走到了路的盡頭，在悔恨和絕望中漸漸離開了這個繁華喧囂的世界。