主持完成國家自然科學基金項目4項（含國家傑青項目壹項）；參加完成國家自然科學基金項目3項（含重點2項）、 科技部十壹·五科技支撐計劃項目（重大和重點）2項。
出版學術專著7部，譯著2部，論文150余篇。發表論著被SCI收錄2篇次，EI1篇次，CSCD收錄它引119篇次，CSSCI收錄它引101篇次。先後出席國際學術會議26次，並其中做主旨學術報告和發言17次。曾經在美國麻省理工學院、佐治亞理工大學、科羅拉多大學，英國倫敦大學、法國拉維萊特建築學院、清華大學、北京大學、同濟大學、南京大學、華南理工大學、西安建築科技大學、哈爾濱工業大學、沈陽建築大學、合肥工業大學、山東建築大學、臺灣大學等國內外知名大學做學術報告、數十次出任重要國際規劃和建築設計競賽評委。
指導博士生20人（其中美、泰各1名，臺灣2名，澳門1名），已答辯 8人，博士後5人、碩士生48人，已答辯37人，其中20余人的博士和碩士學位論文被推薦申報校級及以上等級的優秀學位論文。其中多篇論文已出版成書。先後四次指導本科生參加全國大學生建築設計優秀作業評選並獲獎，指導本科生獲國際設計競賽大獎壹次。 1、城鎮環境可持續發展與綠色城市設計，國家傑出青年科學基金，2002—2005，項目批準號：50125820
2、“發達地區小城市物質形態演變規律及其形體環境建設，國家自然科學基金青年基金，1991-1993，項目批準號：59008494
3、“基於可持續發展準則的綠色城市設計理論與方法研究”，國家自然科學基金資助項目，資助金額：1998-2000，項目批準號：59778004。
4、“後工業時代中國產業類歷史建築保護性再利用” ，國家自然科學基金資助項目，2006-2008. 項目批準號：50578040）
5、基於城市設計的大尺度城市空間形態演化機理和優化控制，國家自然科學基金資助項目，2010-2012. 項目批準號：50978052）
6、基於數字技術的城市空間規劃設計方法，國家自然科學基金重點項目，董衛，王建國，王伯偉，趙冰等，2003－2006，項目批準號：50238010
7、發達地區城市化進程中建築環境的保護與發展，國家自然科學基金重點項目，（吳良鏞、齊康、陶松齡等，王在東南大學課題組排名3），項目批準號：59238150 1、國家科技支撐計劃子課題：既有建築保護技術研究（2006BAJ03A04-01）
課題負責人：王建國， 董衛、陳薇、龔愷、張宏、傅秀章、石邢、彭昌海、錢敬平、吳雁2007-2010
2、城市舊區土地節約利用關鍵技術研究（2006BAJ4B067）（趙萬民、王建國、湯羽揚、陽建強、楊俊宴、吳曉、孫世界等），2007－2010 1 英國工程與物理科學研究院資助項目：國際研究網絡：城市歷史與多尺度的空間整體規劃。the City History and Multi-scale Spatial Masterplanning (CHaMSpaM) , the UK Engineering and Physical Sciences Research Council，UK-China collaborative research projects, 2007-09 中方七校參與，王為東南大學負責人，2007
2 日本文部科學省科學研究費輔助金(基盤研究,海外調查A)：關於中國型居住空間規劃技術的研究，合作單位：日本·京都大學，中國·東南大學，合肥工業大學，研究期間：2008.4-2011.3。宗本順三, 項目主持，京都大學教授；東南大學合作方：王建國、錢強、張宏，唐芃、傅秀章等. 1. Urban Form and urban design: take China as an example, University of Colorado at Denver, USA . 199105
2. The Interaction between Urban Form and urban design. Georgia Institute of Technology，Atlanta, USA . 199610
3. PRESERVATION AND REVITALIZATION OF HISTORIC QUARTER IN NANJING, Second Urban Design Forum, Yokohama, Japan, Nov.19-24, 1998
4. 法國，拉維萊特建築學院，南京城市和建築高度形態控制，巴黎，2005
5. CONSERVATION AND ADAPTIVE-REUSE OF HISTORIC INDUSTRIAL HERITAGE IN CHINA. the International Housing Symposium. Hosted by Seoul National University of Technology, Seoul, Korea, 2005
6. DIGITALIZED MULTI-FACTORS ANALYTIC APPROACH OF THE OPTIMIZATION OF LARGE-SCALED URBAN SPATIAL FORM BASED ON URBAN DESIGN, the City History and Multi-scale Spatial Masterplanning (CHaMSpaM) international research workshop, financed by the UK Engineering and Physical Sciences Research Council, UCL, Oct.11-16, 2007, London, UK
7. ONSERVATION AND ADAPTIVE-REUSE OF HISTORIC：INDUSTRIAL BUILDINGS AND SITES:TAKE CHINA AS AN EXAMPLE，University of Colorado at Denver, 20091005)
8. MULTI-FACTORS ANALYSIS OF THE OPTIMIZATION OF LARGE-SCALED URBAN SPATIAL FORM BASED ON URBAN DESIGN，MIT，Cambridge，USA , 20091009