市農業委員會設9個職能科室和紀委（監察室） 。
(壹)辦公室
協調處理委機關日常工作，負責文電、機要、宣傳、信息、督辦、保密、信訪、檔案、內保等工作；管理委機關國有資產管理和政府性采購工作；負責重要會議的組織、外事聯絡和接待工作；組織有關綜合性報告、文件的起草；負責農委目標任務的分解、落實工作；負責議提案的辦理工作；擬訂委機關有關規章制度並組織實施；負責綜合治理工作；協調農業重大突發事件應急管理工作。
(二)政工科（工會）
承辦委機關和委屬單位的人事、勞動工資、機構編制工作；指導農業技術推廣隊伍、農村經營管理隊伍建設；負責全市農業系列技術人員專業技術職務的推薦、評審和農民技術員職稱評審和職業技能鑒定工作；承擔引進國外農業智力工作；負責職工出國（境）政審工作；負責機關思想政治工作；負責委系統人員的學習教育工作；負責委機關職工和委屬單位年終考核工作；負責機關離退休人員的管理服務工作；負責精神文明創建工作；負責工、青、婦及計劃生育工作；承擔委黨委日常工作。
(三)農業綜合科(農村能源辦公室)
負責落實國家惠農補貼政策；指導農業安全生產工作。研究提出農業生態建設和農村可再生能源綜合開發與利用的有關工作；指導農業生物質產業發展和農村節能減排工作；承擔農業資源汙染治理工作；參與開展農村愛國衛生工作；指導農業生態環境建設，促進生態農業和循環農業的發展。
研究提出種植業發展規劃建議，指導種植業結構布局調整和規模化、標準化生產，研究提出並組織落實種植業發展的重大技術措施；提出並組織落實耕地保護、補償與改良的政策措施；組織指導救災備荒種子、化肥等生產資料的儲備、安排；承擔農作物種子、農藥、化肥等有關管理工作；協調農作物種子及其資源的品種審定和進出口審查，指導農業植物內檢，組織農作物重大病蟲害防治工作；組織農業科技研發、示範，組織重大農業科技項目的推廣工作。
研究提出畜牧業發展的規劃建議，指導畜牧業的結構調整、標準化的生產和規模飼養；研究提出並組織落實畜牧業發展的重大技術措施；貫徹和執行畜牧、獸醫等法律法規，組織獸醫、醫政、獸藥（魚藥）藥政、藥檢工作；協調動物的防疫、檢疫和重大疫情的組織撲滅工作。
研究提出漁業發展的規劃建議，指導漁業標準化生產和健康養殖；研究提出並組織落實漁業發展的重大技術措施，保護和合理開展利用漁業資源；組織指導水生動植物疫病防控、病蟲害測報和魚藥使用的監管工作，組織漁業水域生態環境及水生野生動物保護；指導水產品加工流通；負責漁政、漁港的監督管理；指導漁業安全生產工作。
研究提出農業機械化發展的規劃建議，組織實施農業機械化促進工作及農機安全生產監督管理工作。
承擔市新農村建設領導小組辦公室日常工作
(四)行政審批科
負責本系統所有的行政許可和非行政許可審批項目的受理和辦理；負責有關上報項目的受理與轉報；負責有關許可證(照)和批準文書的制發等工作；承擔農業農村經濟地方性規範性文件草案起草工作；承擔機關規範性文件合法性的審核工作；指導協調農業行政執法及體系建設；承擔農業法制宣傳、行政復議和行政應訴工作。
(五)發展計劃科(財務管理科)
研究提出農業和農村經濟發展戰略、中長期規劃和年度發展計劃；提出農業區域布局和農村經濟結構調整的規劃建議；承擔農業固定資產投資的有關工作；負責管理、指導農業農村經濟建設重大項目；參與研究提出有關農業農村經濟發展的財政、信貸和保險等政策建議；負責財政專項資金使用和項目的監督實施；負責委機關財務管理工作；指導委屬單位的財務管理、國有資產、政府性采購和財務內審工作；負責農業招商引資工作；指導農業資源區域規劃管理工作。
研究提出特色農產品開發規劃和政策建議，組織協調特色農產品開發，指導特色農產品發展。
(六)市場信息科(“菜籃子”工程辦公室)
研究提出大宗農產品市場體系建設規劃建議；參與研究制定大宗農產品和重要農業生產資料的流通及價格政策；協調農業生產資料市場體系的建設和管理；指導農產品品牌培育、保護和發展，開展農產品品牌創建工作；承擔農業統計工作；監測分析農業農村經濟運行和農產品價格動態；指導農業信息化體系建設。組織協調“菜籃子”工程建設；承擔市無公害“菜籃子” 工程建設領導小組辦公室具體工作。
承擔農產品質量安全檢測工作，研究提出農產品質量安全監管的政策措施並組織實施；監測並發布有關農產品質量安全信息；組織協調農業投入品質量監管工作；指導農產品質量認證管理工作；指導農產品質量安全檢驗檢測體系建設。
(七)農科教統籌協調領導小組辦公室(副縣級)(科技教育科)
承擔市農科教統籌協調工作。組織實施科教興農戰略；研究提出農業科技、教育、技術推廣的規劃和相關政策建議；管理推廣農業科技成果；協調農業生物物種資源和動植物新品種的保護、管理；承擔農業自主創新工作；指導並開展農業技術教育，組織協調農業、農村基層幹部的繼續教育和農民技術培訓，組織實施開展新型農民培訓和農村勞動力轉移就業有關工作；參與農村勞動力監測工作；負責農民技術培訓、綠色證書發放及農民體育等相關工作；協調農業社會化服務體系建設。
(八)農業產業化指導科(外事外經科)
研究提出農業產業化經營和農產品加工業的發展規劃及政策建議；指導農產品加工業的結構調整、技術創新和服務體系建設；指導農業產業化經營體系建設，協調落實有關扶持政策；承擔農業產業化龍頭企業、名牌農產品、農業產業化項目的申報和管理工作。承擔市農業產業化工作指導委員會辦公室的日常工作。
承辦農業對外合作交流工作；按管理權限承擔農業利用外資項目的有關工作。
(九)農村經營管理科(合作經濟指導科)
組織開展農業農村政策的調查研究；提出穩定和完善農村基本經營制度的政策建議；指導農村土地承包、耕地使用權流轉和承包糾紛仲裁管理工作；指導農村集體經濟組織建設及財務、資產管理工作；監測分析農民收入情況；承擔監督減輕農民負擔和村民籌資籌勞管理工作；擬訂農村合作經濟組織發展規劃和政策措施；指導扶持農村合作經濟組織（農民專業合作社）和農產品行業協會建設，協調落實有關扶持政策；指導農業社團工作。承擔市農民負擔監督管理領導小組辦公室的日常工作。
(十)紀委(監察室)
根據《中國***產黨章程》和《中華人民***和國行政監察法》的有關條款，負責市農業委員會所屬範圍的紀檢、監察工作。