第十四條基金項目壹般按照初審、同行專家評審、專家評審組或專業委員會評審的程序進行評審。
第十五條自然科學基金委員會科學部負責申請項目的初審。有下列情況之壹的，不予繼續復查和復核:
(壹)申請人不具備申請資格或者違反自然科學基金委有關規定的；
(二)申請手續不全或申請不符合要求的；
(三)申請項目的主要內容不符合國家自然科學基金資助範圍或者申請經費超出基金項目資助能力的；
(四)申請人以前資助的項目未得到有效實施。
第十六條同行評審是指同行評審專家對創新性、研究價值、研究目標、研究方案等做出獨立的判斷和評價。對申請項目，壹般采用交流評審的方式。
第十七條同行評議專家應具備以下基本條件:較高的學術水平、敏銳的科學洞察力和較強的學術判斷力；熟悉被評估項目的研究內容和國內外相關研究領域的發展，並實際從事過研究工作；學風嚴謹，辦事公正，熱心理科基礎。
第十八條遴選同行評審專家是做好同行評審工作的關鍵。基金委科學部要客觀公正地遴選同行評審專家，嚴格執行回避和保密的有關規定，註重同行評審專家的知識覆蓋面、不同學術觀點和不同單位的代表性。
第十九條同行評審專家應當按照基金項目評審的標準和要求，充分闡述個人觀點，摒棄非科學因素的影響，客觀公正，遵守保密和知識產權的有關規定。過於模糊或明顯不公平的評論視為無效評論。
第二十條申請人可以提出不超過三名不適合評審其申請項目的同行評審專家(必須註明其所屬單位)並說明理由，供選擇同行評審專家時參考。國家自然科學基金委員會科學部對這些信息保密。
第二十壹條自然科學基金委負責設立專家評審組或專業評審委員會，其成員除應具備同行評審專家的基本條件外，還應具有較強的戰略意識和廣泛的知識面。專家評審組或專業評審委員會在同行評審的基礎上提出項目資助建議或審批資助項目；參與制定學科發展戰略和項目指南；咨詢基金管理等。參與評審工作的專家不代表部門和單位，應自覺維護科學基金評審工作的科學性和公正性。
第二十二條在專家評審的基礎上，自然科學基金委會議將批準或授權批準不同層次、不同類型的項目或資助方案，國家自然科學基金委兼職專家在任期內申請的項目必須進行專項審批。