基本醫療保障審計機構，是完善審計監督體系的壹項重要措施。要重點發揮政府審計的強制性經濟監督作用，並協同內部審計、獨立審計***同建立基本醫療保障基金審計的“網絡化系統。基本醫療保障資金運動過程，涉及到不同層面的許多環節。這就需要政府審計、內容審計和獨立審計在相關環節履行各自職能，協同完成對基本醫療保險基金管理的經濟監督。
職工基本醫療保險基金審計的內容與方法。
職工基本醫療保險基金審計應重點針對以下幾方面進行：
（1）職工基本醫療保險基金籌措額審計。這壹審計重點放在籌資基數及參保人數。因為工資總額比例法是醫療基金籌集的基本方法，同時，應繳職工醫療保險費金額＝上季度人均工資總額×單位參保人數×繳費月數×繳交標準，所以籌資基礎、參保人數等各要素應作為重點審計對象。
（2）職工基本醫療保險基金繳款時間審計。按規定，保險機構收繳保險費時間是每季度壹次，也可以半年或壹年繳納壹次，壹般於上季末、年末、月底前辦理。審計重點是保險費不能及時到位的原因。
（3）基本醫療保險基金籌集的適當性及財政專戶管理的審計。對違紀、違法的基金籌集到行為進行審計，保證基本醫療保險基金籌集的合理性和有效性。同時，要充分發揮政府審計監督的強制性，聯同獨立審計對財政專戶和醫療保險機構的基金管理行為進行監督，保證財政專戶和醫療保險機構對職工基本醫療保險基金管理的科學性和有效性。應重點審計如下內容：①各項基本醫療保險基金管理制度是否健全有效；②基本醫療保險基金收入專戶存儲情況；③基本醫療保險基金個人帳戶情況；④醫療保險機構內容審計制度建立情況等。
（4）職工基本醫療保險費用支付審計。醫療保險費用的支付制度是保險經濟補償制度的壹種，它是通過壹定籌集方式，形成醫療保險基金並用於參保人疾病發生時支付醫療費用造成其經濟損失的經濟補償。適宜、有效的支付方式是控制醫療保險供方的最重要手段。醫療保險約定的醫療機構作為醫療服務的載體和醫療保險的載體，將決定如何有效地使用籌集的醫療保險費，對醫療保險資金的流向與流量起到關鍵作用。醫療保險費的支付辦法，也直接決定了提供者的激勵機制，影響了醫療保險提供者的效率、服務方式和醫療服務質量。因此，對基本醫療保險費支付審計應重點針對以下幾方面：①醫療費支付辦法的有效性；②醫療費開支範圍；③醫療費支付標準；④醫療費支付結構，⑤醫療機構服務質量；⑥醫療費控制效果等。
（5）基本醫療保險基金保值增值審計。政府審計機構要聯同獨立審計，***同對基本醫療保險基金結余、基金運作過程中保值增值情況進行審計。應重點審計：①結余基金的安全性；②結余基金規模和結構是否合理；③結合基金營運、投資的合規性；④結余基金的保值增值的安全性、可行性及有效性。
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