2007年底，美國國立衛生研究院（NIH）宣布將投入1億1500萬美元正式啟動醞釀了兩年之久的“人類微生物組計劃”。 由美國主導的，有多個歐盟國家及日本和中國等十幾個國家參加的人類微生物組計劃將使用新壹代DNA測序儀進行人類微生物組DNA的測序工作，是人類基因組計劃完成之後的壹項規模更大的DNA測序計劃，目標是通過繪制人體不同器官中微生物元基因組圖譜，解析微生物菌群結構變化對人類健康的影響。
中國做為此項計劃的參與者壹直積極推動此項計劃的初期研究工作，其中包括由中國科學院上海生命科學研究院和上海交通大學主導的，2007年初啟動的中國—法國人體腸道元基因組科研合作計劃。參與這項研究工作的主要單位有上海生命科學研究院、上海交通大學、中科院北京基因組所、中科院微生物研究所和浙江大學。人體微生物組的研究工作在中國還處在起步階段。
2008年4月11日，歐盟宣布啟動人類元基因組第七框架項目，深圳華大基因研究院以其規模名列國際前茅的新壹代高通量測序技術平臺，作為唯壹的非歐盟國家的科研單位，參加到腸道元基因組歐盟第七框架項目中，承擔重要的測序任務。
日本也啟動了人類元基因組研究計劃。2009年，英、美、法、中等國科學家在德國海德堡成立國際人類微生物組研究聯盟(IHMC)，旨在對國際人類微生物組研究進行全面的協調。 2010年5月21日的《科學》雜誌報道，為了進壹步了解人類與在人類的身體上或身體內生活的多種細菌之間的關系，美國的國立衛生院正在對所有這些微生物的基因組進行測序。 他們研發了對在其自然環境中的微生物進行大規模基因組測序的標準化方法，他們的目標之壹是為至少900種將人體稱為住所的細菌制作出參照基因組序列。 現在，由Karen Nelson領導的Human Microbiome Jumpstart Reference Strains Consortium已經公布了他們對頭178個與人類宿主有關的細菌基因組序列的最初的分析。 到目前為止，這些結果給未來的分析工作提供了壹個重要的基線，盡管這些研究人員說，他們只是剛剛觸及了人類“微生物組”的表面而已。
這些研究人員將與其他人***享他們的數據，這樣，其他的遺傳學家如果試圖從自然環境中對大量的微生物基因組做直接采樣的話，他們可以參考這些數據。 這壹對人體上的微生物的更好的理解會在將來對了解某些人類的疾病提供線索。 在日益激烈的人類微生物組研究領域，中國科學家起步還是比較早的，已經取得壹些重要進展。
例如中英兩國科學家聯合攻關近3年，實現了通過測定宿主代謝組學特征變化來評價和鑒定腸道重要功能菌，這是壹種在人體水平定量測定和監控人體健康狀況的新的系統生物學方法，對研究腸道菌群與人體健康的關系具有普遍意義。該研究結果在《美國科學院院刊》發表後，引起國際學術界的關註。《自然評論—微生物學》在2007年4月號中以“研究亮點”的形式，專門評介了該項工作。
中國科學家近年來積極參與國際人類微生物組的各種合作計劃。2006年法國前總統希拉克訪華期間，科技部與法國國家研究署簽署了《中法腸道元基因組研究聯合聲明》；之後上海交大系統生物醫學研究院、中國科學院營養所和國家人類基因組南方中心、中國科學院北京基因組所等單位，在科技部、國家自然科學基金委和上海市的支持下，與法國農科院聯合啟動了“中法腸道元基因組合作項目”，現已完成500對肥胖與健康病例對照人群的樣品采集和體檢，正在進行代謝組學和元基因組學分析，這也是目前國際上規模最大的人類微生物組人群試驗。通過這壹研究，有望發現壹些與中國人代謝綜合征不同發展階段相關的生物標誌物，對於通過早期診斷和積極的營養幹預來遏制中國肥胖、糖尿病等代謝性疾病快速上升的勢頭有著重要意義。
值得壹提的是，中國開展人類元基因組研究有壹個其他國家所不具備的獨特優勢，那就是有著悠久歷史的中醫中藥。改變壹個人的基因是困難的，而改變生活在人體內的微生物組成是相對容易的，腸道菌群因而是理想的藥物靶點。中國的傳統醫學有許多藥物、療法都很可能是通過改變腸道菌群的結構和代謝來發揮作用的，中醫藥在人類微生物組研究中無疑將會扮演重要角色。
預防為主是解決國民健康問題的基本國策。中醫治未病的核心是通過對人體各種證候的觀測和分析，對人進行體質分型，然後針對不同的體質類型采取各種保健措施來實現對疾病的早期預防。
中醫認為，體質是由先天遺傳和後天稟賦***同作用形成的。現在看來，先天遺傳的主要是人的基因組，而出生以後進入人體並對人體代謝產生重要影響的微生物組，作為人體的第二基因組，是後天稟賦的重要承載者。對不同體質的人群進行微生物組學和代謝組學測定，有可能對中醫體質分型作出新的闡釋和發展。在早期發病階段，通過發現微生物組的變化來預測和預警疾病，並通過糾正菌群的失衡加以幹預，成本低且效果明顯，這是中醫治未病思想的價值所在。