1） 證券市場規模過小。以股票市場為例，雖然發展速度較快，但是從總體規模看，與國外還有相當大差距，參與股票投資的人數占總人數的比例，全世界平均為8%左右，發達國家的比例則更高，如英、美均在20%以上。我國股市投資者為3 300萬人，僅占全國總人口的2.7%.另外，從股市總市值占國內生產總值）的比重看，世界平均為30%左右，美、日、英等國均在80%以上，而我國為24.2%，況且在總市值中還包括大部分不流通的市值，如果扣除這壹部分，我國股市總值占GDP的比重就更低了。由此可見，我國股市規模較小，與國民經濟發展的客觀要求有較大差距，同時也可以看出在我國擴大股市規模有很大的潛力可挖。
2） 資本市場主體缺位。在市場經濟條件下，企業是資本市場的重要主體。而目前我國企業主體地位非常脆弱。政企不分、產權不清、權責不明、約束無力、活力不足仍然是我國企業的主要特征，企業主體地位殘缺。另外，我國資本市場主體殘缺還表現在投資主體主要是個人，其投資的質和量均較低，以投資基金為代表的機構投資者比重明顯不足。相比之下美國等發達國家，機構投資者成為資本市場的重要主體，其機構投資者主要有年金基金、商業銀行信托部、保險公司、***同基金等。由於機構投資者是專業性金融中介機構，其投資活動具有投資量大、交易費用低、交易風險小的特點，很受大眾投資者的歡迎。如美國，每4戶人家就有1戶向投資基金投資。由於我國資本市場機構性投資者發展滯後，這使得僅靠若幹家大機構和數以萬計的小股民散戶所支撐的股市投機盛行，股價暴漲暴跌難以避免，阻礙了股市的健康發展。
3） 市場分割，整體性差。首先，壹級市場的發行仍然按地區分配額度，限制企業進入資本市場，債券地區性發行市場也是按省分派額度（企業債券發行）和按銀行分支機構分派額度（政府債券發行）。至於二級市場分割則更為明顯，把股票市場劃分為a股、b 股和h股，構成中國股票市場發展中的壹個非常顯著的特征；即使在a股中，國家股流通與轉讓只限於極少部分，而且a股不允許在滬、深兩個交易所交叉掛牌，限制了全國性市場的發展。在股票市場中呈現出a股與b股、h股分割；個人股、內部社會個人股與內部職工股分割，個人股市場與法人股市場分割。如此繁雜的分割，不但不利於經濟體制改革，也不利於我國資本市場與國際慣例接軌。
4） 市場中介機構不完善。證券中介機構從廣義上講就是在證券市場上為參與各方提供服務的機構。我國的中介機構主要包括證券公司、信托投資公司、會計師事務所、律師事務所、資產評估機構、證券投資咨詢公司等，雖然其業務已涉足證券的承購包銷、發行、交易、自營、財務顧問等內容，但與國外投資銀行業務相比，還存在著較大的功能缺陷，例如投資銀行核心任務之壹的購並業務對於我國中介機構來說幾乎還未曾涉及。西方國家的公司購並活動大多由投資銀行策劃完成，投資銀行起著搭橋牽線、籌劃交易過程、為交易籌措資金和參與交易談判等重要作用。我國還沒有這樣的中介機構，這就嚴重制約了我國企業重組活動的順利開展。
5） 流動性不足。流動性是指市場中存在大量的流通性強的金融工具，同時又有大量參加流通的主體。檢驗市場流動性通常可從交易量和成交價的關系入手，二者的關系越密切，流動性就越差。美國股市中二者變化的關系指數為0.01，而我國滬、深a股市場的關系指數分別為0.52和0.40，說明我國股市整體流動性是比較差的。造成股市流動性差，壹方面與資本市場中介機構投資者參與不足有關，另壹方面與國家股不能進行交易、法人股在staq和nets市場交易微弱有很大關系。流動不足使股票價格扭曲，資本流動失去了動力和方向，資源配置功能受到抑制。另外，由於國有股不能流通，這將對國有資產的結構調整產生不利影響。
6） 資本市場交易工具品種單壹、結構殘缺。在發達的資本市場中，資本市場工具保持多樣化趨勢。以香港資本市場為例，國際市場上的金融衍生工具中80%以上已被其采用；在股票市場上，不僅出現了期指、期權、認股權證等投資品種，而且這類衍生工具的交投大有超過現貨市場之勢。香港上市公司在債券市場上的集資形式更為多樣化，在債券、票據和存款證3種形式的基礎上，先後出現了浮息工具、變息工具、可換投股債券、信用卡應收債券等多種形式，在聯交所掛牌買賣的債務工具已增至129種。相比之下，我國大陸的資本市場除股票外，5年以上的交易工具幾乎沒有，而1～5年的交易工具又受到種種限制，這不利於資源的有效配置。
7） 證券市場制度不健全。證券市場制度是支撐證券市場高效、公平運轉的基礎，包括信息披露制度和利益保障與實現制度等。我國證券市場的信息披露制度無論從制度本身還是從執行上看都存在信息公開不夠的問題，表現在壹些重大信息披露帶有很大的隨意性和主觀性，極大挫傷了股民、債券投資者的信心。利益保障與實現制度是指證券投資者在獲取有關信息後，被給予證券投資期收益以必要的保障和實現的制度。我國證券市場的利益保障與實現制度很不健全，使投資者面臨的市場風險過大，嚴重措傷了股民的投資積極性。
我國已制定了《公司法》、《股票發行與交易暫行條例》、《證券交易所管理辦法》證券投資基金管理暫行辦法》等。然而證券交易的基本法規《證券交易法》尚未制定，證券法規沒有形成完整體系，導致證券交易的某些環節無法可依，加之對已頒布的法規執行不力，證券交易的違規和不規範行為時有發生，我國1995年發生的“三。二七”國債期貨的嚴重事件，主要原因就是證券法規不健全、監管不嚴造成的。