在當前中國轉型過程中的經濟金融結構下，除了上述三個因素外，健全和完善市場主體、市場交易和秩序穩定的制度框架也具有重要意義。
具體而言，金融穩定的基本制度框架可以主要包括以下五個方面:市場主體、市場結構與秩序、金融調控與監管、市場支持與保障、金融風險處置。我國金融業存在直接融資和間接融資、債券市場和股票市場、銀行間市場和交易所市場、流通股和非流通股等結構性失衡，金融秩序不規範，使得金融業具有內在的不穩定性，容易產生較大的金融波動，然後通過市場之間的關聯和互動，擴散到整個金融體系，最終導致金融危機。對此，應註意放松金融管制，大力推進金融市場的改革和創新，確保金融秩序的穩定。要逐步建立資本市場和貨幣市場的良性互動機制，加強銀行和保險業的深度合作，為直接金融和間接金融的協調發展搭建制度“平臺”。
具體而言，要放寬商業銀行進入證券市場、基金業和信托業的限制，構建合理解決證券公司融資需求的制度框架；推動資產證券化、貨幣市場基金等新興金融工具規範發展，規範創新機制引導金融衍生品；建立健全債券和外匯市場做市商制度，改革強制結售匯制度，完善中央銀行幹預外匯市場的相關制度；依法嚴厲打擊和懲治破壞金融秩序的違法行為。在國際上，金融穩定的政策工具有四種:壹種是相對獨立的政策工具，包括監測支付結算系統、宏觀審慎分析、緊急流動性援助和危機協調管理；二是借助貨幣政策工具穩定金融體系，包括貨幣信貸政策、短期利率、公開市場操作、信息交換和窗口指導等；第三，運用金融監管手段維護金融體系的穩定，包括審慎監管和審慎監管；四是利用風險補償制度維護金融體系的穩定。
從我國金融穩定體系建設的現狀來看，這四類金融穩定政策工具需要建立、完善和協調。首先，保證中央銀行支付清算系統的安全和效率是維護金融穩定的首要問題。因為支付結算系統是金融基礎設施的核心。世界各國央行努力使支付清算系統的監控和管理覆蓋與大額資金交易相關的所有領域。但目前中國人民銀行只負責支付清算系統的建設和相關標準的制定，銀監會負責銀行卡業務和相應的資金交易的監管。這部分仍遊離於中國人民銀行支付系統的風險監管之外，對支付系統的穩定性造成了壹定的不利影響。
其次，微觀審慎監管和宏觀審慎分析應該協調壹致。目前國內有壹種觀點認為，金融監管和金融穩定的責任是壹致的，如果每個金融機構都好，那麽這個金融體系就是好的；當壹個機構破產，導致其他金融機構的倒閉，金融體系的危機就來了。但是，如果僅僅把重點放在對單個金融機構的微觀審慎監管上，其他更重要的宏觀層面的風險就可能被忽略。國內外研究表明，最大的信用風險總是發生在經濟周期的高峰期，而此時如果應用微觀審慎監管的傳統指標，風險似乎是最小的。
第三，緊急流動性援助和道德風險不容忽視。緊急流動性援助，也被稱為最後貸款人功能，是中央銀行用來應對金融不穩定的最傳統的工具。由於存在道德風險的可能性，經濟學家提出了各種解決方案，包括對有問題的金融機構征收懲罰性利率；在提供緊急貸款時采取“建設性的、模糊的”策略；要求有問題的金融機構提供抵押品並組織私人部門參與拯救有問題機構的做法。目前，中國對緊急流動性援助的制度安排僅體現在央行和財政部發布的《地方政府向中央政府提供專項貸款管理規定》中，重點僅限於強調中央和地方政府職責分工、利益協調和案件處理的工作程序。這在壹定程度上體現了“建設性模糊”原則，但其他防範道德風險的措施仍在探索中。
最後，危機協調管理的問題是無法回避的。預防金融危機應建立在早期分析和早期糾正的基礎上。要盡快建立金融機構的風險預警體系，完善風險處置措施，特別是在個別金融機構的風險引發金融危機的時候，要有壹些機制和措施及時發現金融機構的風險，讓金融機構在風險增大或者資產質量惡化的時候有足夠的壓力盡快糾正。這就是所謂的“及時糾正措施”。同時，由於國際金融危機的不可預測性、傳染性和危害性，我們也有必要建立長期的危機應急機制，以便在突發金融危機發生時，將損失降到最低，將風險控制在最小範圍內。建立金融危機應急組織體系，制定和部署金融應急預案並組織實施。國際經驗表明，存款保險制度、證券投資者賠償制度和壽險公司賠償制度在形成有效的金融機構市場退出機制、減輕政府救助負擔、抑制單個金融機構倒閉引發的“多米諾骨牌效應”、降低系統性金融風險等方面發揮著不可替代的作用。金融安全網應該由審慎監管、風險補償機制和中央銀行的最後貸款人職能組成。從我國金融業的發展趨勢來看，建立市場化的風險補償機制，有利於發揮市場約束的力量，防範道德風險，有利於防止金融機構擠兌風險的傳遞和蔓延，從而在正常金融機構和問題金融機構之間建立“防火墻”。
目前，國際上對建立風險補償機制仍有爭論。壹些國家的經驗表明，風險補償機制設計和運行不當也可能誘發“道德風險”，進壹步加劇金融風險和金融危機。在完全的市場經濟中，投資者應該對自己的投資行為負責。在隱性政府擔保或全額風險補償機制下，金融機構可能被卷入過度風險，存款人可能很少或沒有動力監督和約束金融機構的過度投機，從而造成較高的道德風險。過去在中國，政府作為國有銀行的“最後擔保人”，實際上承擔了保護存款人合法利益的義務。國有銀行依靠政府的隱性擔保，存在過度涉足高風險高收益領域的內在動力。壹旦出現支付危機，風險就會轉嫁給政府。現在，從隱性政府擔保到探索建立有限補償的風險補償機制，將有助於我們克服這種道德風險。此外，在中國經濟轉型期，財政負擔沈重，公共資金不足。央行要“花錢買機制”，與其他部門建立有效的風險補償機制，降低系統性金融風險。