根據上述職責，市人力資源和社會保障局設26個內設機構：
（壹）黨委辦公室
負責局機關及所屬單位黨的建設綜合、協調、指導工作；承擔黨的組織、宣傳和幹部管理日常工作；負責局黨委有關文件起草和會議的組織，落實局黨委會議決議、決定；負責精神文明建設、思想政治等工作，擬訂黨務工作制度並組織實施；指導本系統工會、***青團、婦聯工作。
（二）辦公室
負責綜合協調局機關日常工作；承擔局行政會議組織、文稿起草、文電處理、機要保密、政務信息、文書檔案、計劃生育、綜合治理、社會扶貧等工作；組織辦理人大代表建議和政協委員提案；負責政務、事務的督查；負責擬訂行政管理制度並組織實施。
（三）人事教育科
負責局機關及所屬單位機構編制、人事管理等工作；承擔局機關及所屬單位的工作實績目標考核；負責擬訂全市人力資源和社會保障系統幹部教育培訓計劃並組織實施。
（四）政策法規科
牽頭擬訂全市人力資源和社會保障事業發展規劃和年度計劃，組織開展人力資源和社會保障政策研究和重大正大政策，綜合性問題的調研工作；負責監督檢查相關法律法規政策的執行情況；起草市人力資源和社會保障相關的地方性法規和規章草案，承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承辦相關行政復議和行政應訴工作，承擔相關普法、法律咨詢及有關法律事務工作；負責人力資源和社會保障新聞宣傳工作。
（五）財務科
擬訂全市人力資源開發、就業、社會保障基金（資金）財務管理規章制度；組織編制人力資源開發、就業、社會保障基金（資金）預決算；承擔局機關財務和國有資產管理工作，指導局所屬單位財務工作。
（六）就業促進科（呼和浩特市農牧民工工作聯席會議辦公室）
研究提出全市就業發展規劃和年度計劃並組織實施；承擔健全公***就業服務體系建設工作，指導和規範公***就業服務管理；擬訂全市就業援助和特殊群體統籌就業政策並組織實施；貫徹落實事業保險政策，建立事業預警制度；擬訂事業保險費率確定辦法、基金增征繳規章、待遇項目和給付標準；擬訂事業保險金稽核規則並組織實施；牽頭組織研究農民工就業後的社會公***服務和權益保障事宜，承擔市農民工工作聯席會議辦公室工作；指導市人才、就業服務中心工作。
（七）公務員錄用任免科
按照管理權限，組織實施公務員職位管理與錄用、職務任免與升降、交流與回避、辭職辭退等政策規定；擬訂全市公務員登記、非領導職務任免等辦法並組織實施；按照管理權限和分工，承擔市政府機關職位設置、分類和公務員職務任免工作，會同相關部門擬訂相關年度增韌控制計劃；負責全市公務員（參照公務員法管理事業單位工作人員）烤爐申報、調任（配）、登記、遴選、競爭上崗、辭職辭退等方面工作，承擔參照公務員法管理事業單位的審查申報工作。
（八）公務員考核培訓獎懲科
組織實施公務員考核、培訓、獎懲、申訴控告等政策規定；依法對公務員法律法規實施情況進行監督檢查；按照管理權限和分工，擬訂市政府機關公務員行為規範、職業道德建設和能力建設政策，擬訂全市公務員培訓規劃和年度計劃並組織實施；承擔全市公務員（參照公務員法管理事業單位工作人員）考核工作；承辦市政府獎勵和懲戒工作；承辦公務員申訴控告工作。
（九）事業單位人事管理科
擬訂全市事業單位人事制度改革和人事管理政策並組織實施；按照管理權限，負責機關工勤人員烤爐、調配等工作；按照管理權限，承辦市直事業單位崗位設置、人員烤爐、招聘、調任（配）、考核獎懲等人事管理事宜。
（十）專業技術人員管理科
擬訂市專業技術人員管理和繼續教育辦法並組織指導實施；承擔職稱改革和組織指導評審工作，負責全市中初級專業技術資格評審、評定和高級專業技術資格的審查申報工作，指導非公有制經濟專業技術職稱的評審評定工作，推行專業技術職業資格制度，完善專業技術資格考試制度，統籌執行各類專業技術人員資格標準；承擔享受政府特殊津貼專家、有突出貢獻的中青年專家等高層次專業技術人才的選拔管理工作；擬訂市引進國（境）外人才和智力政策和規劃並組織實施；根據規定，負責全市有關部門（單位）聘請外國專家的資格申報和來市工作的外國專家的管理；負責市重點聘請外國專家項目和引智成果推廣項目的組織實施、成果推廣；參與制定引智專項經費的實用管理辦法，負責市出國（境）培訓年度計劃管理和出國（境）培訓項目申報；承擔全市人力資源和社會保障的國際交流與合作工作。
（十壹）軍官專業安置科（市軍隊專業幹部安置工作領導小組辦公室）
擬訂全市軍隊專業幹部安置、培訓政策和安置計劃，指導全市軍隊專業幹部安置工作；按照管理權限，承擔市本級軍隊轉業幹部安置培訓工作；組織擬訂部分困難企業軍隊轉業幹部解困和穩定政策，擬訂自主擇業軍隊專業幹部管理服務辦法；承擔市軍隊專業幹部安置工作領導小組辦公室的具體工作；指導市軍轉服務中心工作。
（十二）工資福利科
組織實施市直機關、事業單位工作人員工資收入分配、福利和離退休政策，擬訂地區津貼和崗位津貼標準及發放辦法；負責編制全市機關事業高位年度工資總量計劃和市本級機關事業單位工資總額計劃；負責工資基金管理工作，承辦市本級機關事業單位工作人員退休、退職和工資審核工作。
（十三）職業能力建設科
擬訂全市城鄉勞動者職業培訓政策、規劃並組織實施；擬訂技工學校及職業培訓機構發展規劃和管理辦法並組織實施，完善職業技能資格制度；知道實施職業分類、職業技能國家標準和行業標準；負責職業技能鑒定機構的資質審核；指導監督市職業技能鑒定指導中心工作。
（十四）勞動關系科（呼和浩特市反戰和諧勞動關系工作聯席會議辦公室）
貫徹執行勞動關系政策，擬訂全市勞動合同和集體合同制度實施的規範性意見，提出企業職工工資宏觀調控和正常增長機制意見；指導和監督國有企業工資總額管理和企業負責人工資收入分配，知道勞動標準制定工作；落實消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊勞動保護政策；負責企業勞動工資統計工作；承擔市發展和諧勞動關系工作聯席會議辦公室工作。
（十五）人力資源市場科
擬訂並組織實施市人力資源市場發展政策和規劃，擬訂國（境）外、市區外人力資源服務機構準入管理制度；依法指導、規範人力資源市場和職業中介機構業務活動，負責人力資源市場信息收集匯總、分析和發布工作；指導市人力資源市場建設工作。
（十六）人才開發科
擬訂全市人力開發規劃，並組織實施，推進和完善人才儲備制度；擬訂各類人才的培養、引進、使用、評價、激勵政策，編制發布人才需求目錄，承擔相關人才隊伍建設和人才項目的組織實施工作；牽頭擬訂促進高校畢業生就業政策和年度工作計劃、統籌組織實施高校畢業生就業項目，擬訂高校畢業生就業項目管理服務制度；負責留學人員回市安置和非教育系統出國留學人員管理工作；負責組織申報建立博士後工作站（流動站）和留學人員創業園區工作；擬訂全市人才流動政策規定；指導市國際人才交流協會工作。
（十七）養老保險科
統籌擬訂全市機關、企事業單位職工基本養老保險及其補充養老保險政策，逐步提高基金統籌層次；完善全市企業職工退休政策，擬訂全市職工養老保險基金預測預警制度和基本養老保險費率並組織實施；指導全市養老保險工作。
（十八）城鄉居民社會保險科
擬訂全市城鎮居民養老、醫療等社會保險政策、規劃和標準，擬訂農村養老、醫療等社會保險政策、規劃和標準，擬訂被征地農民養老、醫療等社會保險政策、規劃和標準，並組織實施；參與擬訂農村社會保險基金管理辦法。
（十九）醫療生育保險科
統籌擬訂全市職工醫療保險、生育保險政策、規劃和標準，擬訂職工基本醫療保險、生育保險改革方案和發展計劃並組織實施；組織擬訂職工基本醫療保險和生育保險定點醫療機構和定點藥店的資格審核認定及管理辦法；監督、知道職工基本醫療保險、生育保險改革工作及各項方針政策的實施；擬訂機關、企事業單位職工補充醫療保險政策和管理辦法並組織實施；指導全市醫療生育保險工作。
（二十）工傷保險科
貫徹執行自治區工傷保險政策、規劃和標準；完善工傷預防、認定和康復政策；組織擬訂工傷傷殘等級鑒定標準；組織擬訂定點醫療機構、藥店、康復機構、殘疾輔助器具安裝機構的資格標準；負責全市機關企事業單位工作人員醫務鑒定工作。
（二十壹）審計監督科
擬訂全市人力資源開發、就業、社會保險基金（資金）審計監督管理辦法和規章制度並組織實施；依法審計監督檢查人力資源開發、就業、社會保險基金（資金）的管理使用情況；建立基金（資金）監督舉報系統，受理投訴舉報，組織查處基金（資金）管理的違紀案件；承擔局機關、所屬單位的內部財務審計監督工作。
（二十二）勞動檢查科
擬訂市勞動監察工作制度，組織實施勞動檢查，依法查處和督辦重大案件；協調勞動者維權工作，組織處理有關突發事件；指導全市勞動監察隊伍建設；承擔其他人力資源和社會保障監督檢查工作。
（二十三）調解仲裁管理科（市勞動人事爭議仲裁辦公室）
擬訂市勞動、人事爭議調解仲裁制度的實施規範，指導監督勞動、人事爭議調解仲裁工作；指導開展勞動、人事爭議預防工作；依法處理勞動、人事爭議案件，協調處理市重大勞動、人事爭議案件。
（二十四）信息科
組織發布人力資源和社會保障重要工作信息與情況通報；承擔局系統電子政務和政府信息公開工作；負責指導各類數據庫統計分析匯總工作，指導人力資源和社會保障局門戶網建設、各類數據庫建設和局屬單位信息化建設；指導局系統信息中心工作；負責全市公務員（參照公務員法管理事業單位工作人員）信息統計工作；負責事業單位人員信息統計工作。
（二十五）信訪科
負責受理、承辦涉及市人力資源和社會保障方面的人民群眾來信、來訪、來電和政策咨詢工作；負責督查研究和反映重要的信訪信息與社情民意；承辦上級黨委、政府和領導交辦的群眾來信、來訪事宜。
（二十六）行政事項審批辦公室
負責執行國家行政審批政策；研究提出本部門行政審批事項辦理流程的調整意見並具體組織實施；承辦和全程受理本部門管理的行政許可、非行政許可審批事項；承辦行政服務事項和辦理事項必須的勘察、勘驗工作；組織需市和相關部門領導參加的有關會議論證、審核、審定事項的協調工作；審核、上報需上級機關審批的事項；辦理部門領導交辦的與行政審批有關的其他事項。
紀檢監察室 負責機關及所屬事業單位紀檢監察工作。
機關黨委 負責機關黨務工作。
離退休人員工作科 負責機關離退休人員管理和服務工作，指導所屬單位離退休人員管理和服務工作。