財政、計劃、審計、水行政等有關部門應當認真履行職責，做好水利建設基金的征收、監督和管理工作。第四條水利建設資金的來源:
(壹)本級政府性基金(收費及附加)的3%；應從水利建設基金中退出的政府性基金(收費及附加)包括:公路養路費(含重點交通建設基金)、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、公安交通部門駕駛員培訓費、地方電力建設基金、市場管理費、個體工商管理費、征地管理費、市政設施配套費；
(二)有防洪重點任務的即墨市、膠州市、膠南市、萊西市、平度市，從本市征收的城市維護建設稅中劃出15%用於城市防洪建設；
(3)第二產業各類生產性企業當年銷售收入(或營業收入)的1‰部分；
(四)第三產業各級流通和服務企業部分按當年銷售額(或營業額)的1‰征收；金融保險機構和各類投資公司當年業務收入的2‰；
(五)私營企業和城鄉個體工商戶按當期銷售收入(或營業收入)1‰計算。第五條按照本辦法第(三)、(四)、(五)項征收的水利建設基金，由各級地方稅務機關代征代繳。第六條市級收入範圍內籌集的水利建設資金納入市級水利建設資金管理；屬區(市)收入範圍籌集的水利建設基金，60%納入區(市)水利建設基金管理，40%繳入市級水利建設基金。
地方稅務機關代收代繳的水利建設基金，應當填寫繳款書，按照前款確定的比例上繳國庫。第七條負責征收水利建設基金的稅務機關應使用市財政部門統壹印制的水利建設基金專用收據，並可按實際征收額提取5%的管理費。第八條市水利建設基金主要用於防洪、除澇、供水等大型重點水利工程建設，跨區域、跨流域水利工程建設，大中型水庫安全防護和年修工程建設，大沽河綜合治理和跨市(區)界河道整治，水土流失重點防治工程建設，鄉鎮供水工程建設， 節水灌溉工程重點示範，大中型水庫灌區配套建設，全市防汛抗旱通信和信息調度系統建設和維護。
區(市)級水利建設基金，首先用於地方中央和市級安排的大中型水利工程，其次用於同級重點水利工程建設。第九條水利建設基金屬於政府性基金，納入財政預算管理，專項列支。每年年初，水行政主管部門根據水利建設規劃和政府確定的年度水利建設計劃，向同級財政部門報送年度資金使用計劃，經同級財政部門審核後，下達年度支出計劃，並按工程進度撥付給水行政主管部門。其中，用於水利工程基本建設的水利建設基金應分別列入同級基本建設投資計劃。水利建設基金專款專用，年終結余可結轉下壹年度使用。
基本建設投資計劃的範圍是指新建的大中型水利基本建設項目和改建、擴建的大中型水利基本建設項目。投資主體屬於市並納入市基本建設投資計劃的，區(市)基本建設投資計劃屬於區(市)。投資主體的劃分以市或區(市)投資占項目總投資的比例為依據。市和區(市)投資各占50%，列入市基本建設投資計劃。第十條各級財政部門應當定期向同級計劃和水行政主管部門通報水利建設基金的征收和繳納情況；各級水行政主管部門應當定期向同級財政部門報送水利建設基金的使用報告；各級審計部門要對水利建設基金的征收和使用進行審計。
財政、計劃、審計、水行政主管部門應當認真執行國家有關法律、法規、規章，履行職能。有關單位應當配合財政、計劃、審計和水行政主管部門的工作，如實提供有關資料，不得阻礙財政、計劃、審計和水行政主管部門依法行使職權。