從醫療保險基金中扣除報銷款是指從醫療保險統籌賬戶中扣除，而不是從參保人的醫保卡中扣除。每月繳納的員工醫保，公司繳納的大頭納入醫保基金，個人繳納的小部分納入個人醫保卡。報銷的錢從統籌賬戶裏扣，自費的錢可以刷醫保卡從個人賬戶裏扣。
醫療保險基金支付有限額:
醫療保險基金的支付是有限額的。至於年內限額，要看參保地的規定。職工基本醫療保險在壹個醫療年度(自然年度)內，統籌基金支付的住院費用、門診慢性病(甲類慢性病和乙類慢性病)門診費用不能超過最高支付限額。
醫療保險報銷流程:
1，在醫保定點醫院診療
每個城市都會有醫保定點醫院。只有在醫保定點醫院治療，才能用醫保報銷。因此，如果要使用醫保，壹定要到醫保定點醫院，辦理相關登記手續；
2、準備出院信息
出院時提前準備好出院資料，如疾病診斷書、出院記錄、病歷等。壹般在治療的時候和醫生聊聊。如果我們需要這些材料，醫生會幫我們準備的。拿到這些材料後最好復印壹份。壹份交醫保報銷處，壹份留作使用；
3.出院結算
拿住院清單和發票到醫院辦理結算手續。之後可以拿著相關資料去醫保報銷部門報銷審核；
4.等待費用報銷到賬。
資料移交後會收到收據，報銷金額會在15天內到賬。大家只需要耐心等待。
綜上，醫保基金裏的錢是集體的，醫保卡裏的錢是參保人自己的。而且退休後，如果符合終身享受醫保的條件，每個月不用交醫保費就可以享受相關保障。
法律依據:
《中華人民共和國社會保險法》第二條
國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險和生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、患病、工傷、失業和生育時依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。