1.企業層次不同。精選層要求企業經營業績突出或者創新能力強達到較高的公眾化水平，創新層要求企業具備較好的財務狀況或較高的市場認可度達到壹定的公眾化水平，基礎層要求企業滿足基本的掛牌條件對公眾化水平不作要求。
2.交易機制不同。精選層采用的是連續競價方式，漲跌幅為30%，創新層采用的是日內25次集合競價或做市方式，基礎層采用的是日內5次集合競價或做市方式。
3.投資門檻不同。精選層投資門檻最低十交易日日均資產達到100w即可開通創新層，投資門檻中等，交易日日均資產達到150w即可開通基礎層投資門檻最高十交易日日均資產達到200w即可開通。
對於普通的專業投資者和機構來說大部分都是申請最低資金要求100w的精選層。
"新三板"市場原指中關村科技園區非上市股份有限公司進入代辦股份系統進行轉讓試點，因掛牌企業均為高科技企業而不同於原轉讓系統內的退市企業及原STAQ、NET系統掛牌公司，故形象地稱為"新三板"。新三板的意義主要是針對公司的，會給該企業、公司帶來很大的好處。新三板不再局限於中關村科技園區非上市股份有限公司，也不局限於天津濱海、武漢東湖以及上海張江等試點地的非上市股份有限公司，而是全國性的非上市股份有限公司股權交易平臺，主要針對的是中小微型企業。2019年初有消息稱，證監會全面支持新三板市場發展的文件即將公布，其中包括分層等制度安排。這將是證監會首次對新三板發展做出全面部署 。
證監會2019年10月25日宣布，將從優化發行融資制度、完善市場分層等五方面對全國中小企業股份轉讓系統(簡稱新三板)進行全面改革。改革後將允許符合條件的創新層企業向不特定合格投資者公開發行股票。同時設立精選層，在精選層掛牌壹定期限，且符合交易所上市條件和相關規定的企業，可以直接轉板上市。2020年4月23日，公募基金投資新三板指引細則於近日落地，對公募投資新三板的參與主體、投資範圍、流動性風險管理等方面作出詳細規定 。