針對科技型中小企業創新活動的特點和創新基金的支持政策，創新基金采取不同的項目類型給予資助。各類項目的審查側重點是：
創新項目：重點支持科技型中小企業在新產品的研發初期、研發中期以及對於市場急需的、有較好創新性的產品中試階段的技術創新活動。技術創新性包括新技術的發明、壹項成熟技術的新應用、多項技術的集成應用。對於研發初期的項目，立項審查關註的重點是技術創新性、企業領導者素質和創業團隊狀況。對於研發中期的項目，立項審查關註的重點是項目產品的技術創新性、項目產品市場、項目承擔企業的創新能力和基礎條件。對於高技術服務業項目，支持的目的是通過資助服務中的技術創新活動，提升企業核心服務業務水平和企業的綜合競爭能力，促進高技術服務業企業的快速成長，立項關註的重點是服務的技術含量和商業模式創新。
中小企業公***技術服務機構補貼資金項目：重點支持為中小企業提供創新資源***享服務，為技術創業提供孵化服務，為中小企業技術轉移提供服務等服務業務。支持的機構需具有開放的服務模式、明確的服務對象群體、較好的服務基礎和服務能力。中小企業公***技術服務機構補貼資金項目設立的目的是通過資助，引導和鼓勵更多非營利性和公益型機構開展面向中小企業群體的技術服務，並使其形成壹個群體，更加有效地發揮中央財政的政策引導作用。中小企業公***技術服務機構補貼資金項目立項審查關註的重點是服務內容的市場需求、服務能力和服務績效。
創業投資引導基金項目：重點向有科技型中小企業投資行為的創業投資機構及被投資的中小企業進行投資或補貼，鼓勵創業投資機構投資科技型中小企業（詳細內容見有關文件）。
2013年農業領域（指南代碼700800）重點支持：良種培育、節水灌溉、農機裝備、新型肥藥、加工貯運、循環農業等。