治理“老鼠倉”問題尤其需要多管齊下綜合治理。
1、在外部監管方面要加大證券市場監管力度，提高證券市場監管水平。
“老鼠倉”通常都是比較隱蔽的。基金經理往往利用其他獨立無關聯的第三人開立賬戶，這樣的賬戶具有極高的隱蔽性。這對監管當局提出了比較高的要求。
2、在內部控制方面要完善基金公司法人治理，加強公司內部控制制度。
壹方面，基金公司需要建立組織機構健全、職責劃分清晰、制衡監督有效、激勵約束合理的治理結構，保持公司規範運作，維護基金份額持有人的利益；
另壹方面，還需要建立科學合理、控制嚴密、運行高效的內部監控體系，制定科學完善的內部監控制度，保持經營運作合法、合規，保持公司內部監控健全、有效。
3、建議對於“老鼠倉”，壹經發現，監管部門應對相關責任人進行市場禁入，並追究法律責任。除了嚴肅處理當事人外，公司必須負連帶責任並接受嚴肅處理。
對於散布虛假信息，相互對倒，誘使中小投資者上鉤的非公平交易，監管部門必須從科技手段上進行嚴格監管，壹經查處，要對違規基金公司等機構投資者進行嚴肅處理，沒收其非法所得，停止其交易行為甚至勒令其退出市場。
4、提高保護投資者的有效性。除了要提醒相關機構要加強自律外，更重要的還是要依靠市場監管制度的健全和監管有效性的提高。
同時，必須想法設法拿出切實可行的措施促使機構投資者成為“專業精良、治理完善、誠信合規、運作穩健”的真正投資者，而不是更大的投機者。
總之，要想進壹步有效發揮機構投資者促進資本市場健康穩定發展的重要作用，須努力規範投資，只有靠市場監管有效性的提高與市場制度公正性的進步，才能真正做到“老鼠倉”、不公平交易與利益輸送這市場三條底線不被侵犯。
2014年上半年“捕鼠風暴”席卷基金業，引得業內噤若寒蟬，多名高管相繼離職，今年以來基金經理變更次數多達396次，幾乎相當於2012年全年的變更次數，其中離職的基金經理就有近百位。轟動壹時的博時基金馬樂壹案暫時告壹段落，華夏基金亦被證監會通報與部分內幕交易嫌疑賬戶存在關聯，近期資本市場多家機構卷入內幕交易風波。
近期，多起資本市場“老鼠倉”案件進入司法程序，監管層引入“大數據分析”查處“老鼠倉”成效明顯。然而，由於缺乏相關制度保障，違法成本較低致使震懾力度有限，“老鼠倉”加大監管背後卻又寫滿無奈。
2015年1月30日，中國證監會新聞發言人張曉軍宣布，擬對華夏、海富通等5家基金公司采取責令限期整改3到6個月不等的監管措施，期間暫停新業務，暫停受理其公募基金產品註冊，另對中郵等6家基金公司采取責令改正的監管措施。相較以往對於大批涉嫌“老鼠倉”的基金經理的查處，這是證監會首次針對涉及“老鼠倉”的基金公司進行批量處罰。
針對證監會的監管措施，不少市場人士擔心，這會影響到基金公司的發展，甚至會對股票市場構成利空。對此，英大證券首席經濟學家李大霄認為，這壹舉措短期內可能會對消除股市泡沫有壹定作用，長期來看，可保護投資者合法權益，特別是基金持有人的權益，實有裨益。武漢科技大學金融證券研究所所長董登新認為，證監會的行政處罰權力十分有限，對於因“老鼠倉”而受損的投資者，基金公司需要承擔賠償責任，但是這要求司法程序的配合。